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万見
- EMDB-42845: Selenocysteine synthase- SelA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42845
タイトルSelenocysteine synthase- SelA
マップデータSelA sharpened map (B-factor = 92.5 A^2)
試料
  • 複合体: Bacterial Selenocysteine Synthase
    • タンパク質・ペプチド: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
キーワードSelenocysteine / tRNASec / Sec-synthase / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-seryl-tRNASec selenium transferase / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase activity / selenocysteine biosynthetic process / selenocysteine incorporation / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-seryl-tRNA selenium transferase N-terminal domain / Selenocysteine synthase N terminal / L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / L-seryl-tRNA selenium transferase-like / L-seryl-tRNA selenium transferase / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Balasco Serrao VH / Minari K / Pereira HM / Thiemann OH
資金援助 ブラジル, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)12/23730-1 ブラジル
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)U24GM129547 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)S10OD02509 米国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)232251/2014-2 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)140636/2013-7 ブラジル
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Bacterial selenocysteine synthase structure revealed by single-particle cryoEM.
著者: Vitor Hugo Balasco Serrão / Karine Minari / Humberto D'Muniz Pereira / Otavio Henrique Thiemann /
要旨: The 21st amino acid, selenocysteine (Sec), is synthesized on its dedicated transfer RNA (tRNA). In bacteria, Sec is synthesized from Ser-tRNA by Selenocysteine Synthase (SelA), which is a pivotal ...The 21st amino acid, selenocysteine (Sec), is synthesized on its dedicated transfer RNA (tRNA). In bacteria, Sec is synthesized from Ser-tRNA by Selenocysteine Synthase (SelA), which is a pivotal enzyme in the biosynthesis of Sec. The structural characterization of bacterial SelA is of paramount importance to decipher its catalytic mechanism and its role in the regulation of the Sec-synthesis pathway. Here, we present a comprehensive single-particle cryo-electron microscopy (SPA cryoEM) structure of the bacterial SelA with an overall resolution of 2.69 Å. Using recombinant SelA, we purified and prepared samples for single-particle cryoEM. The structural insights from SelA, combined with previous and knowledge, underscore the indispensable role of decamerization in SelA's function. Moreover, our structural analysis corroborates previous results that show that SelA adopts a pentamer of dimers configuration, and the active site architecture, substrate binding pocket, and key K295 catalytic residue are identified and described in detail. The differences in protein architecture and substrate coordination between the bacterial enzyme and its counterparts offer compelling structural evidence supporting the independent molecular evolution of the bacterial and archaea/eukarya Ser-Sec biosynthesis present in the natural world.
履歴
登録2023年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42845.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42845.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈SelA sharpened map (B-factor = 92.5 A^2)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.75419116 - 1.1713678
平均 (標準偏差)0.00005636584 (±0.021423796)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 396.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_42845_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_42845_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacterial Selenocysteine Synthase

全体名称: Bacterial Selenocysteine Synthase
要素
  • 複合体: Bacterial Selenocysteine Synthase
    • タンパク質・ペプチド: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

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超分子 #1: Bacterial Selenocysteine Synthase

超分子名称: Bacterial Selenocysteine Synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Heterologously expressed E. coli homodecameric Selenocysteine Synthase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 510 KDa

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分子 #1: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

分子名称: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO / EC番号: L-seryl-tRNASec selenium transferase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12
分子量理論値: 50.895172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTTETRSLYS QLPAIDRLLR DSSFLSLRDT YGHTRVVELL RQMLDEAREV IRGSQTLPAW CENWAQEVDA RLTKEAQSAL RPVINLTGT VLHTNLGRAL QAEAAVEAVA QAMRSPVTLE YDLDDAGRGH RDRALAQLLC RITGAEDACI VNNNAAAVLL M LAATASGK ...文字列:
MTTETRSLYS QLPAIDRLLR DSSFLSLRDT YGHTRVVELL RQMLDEAREV IRGSQTLPAW CENWAQEVDA RLTKEAQSAL RPVINLTGT VLHTNLGRAL QAEAAVEAVA QAMRSPVTLE YDLDDAGRGH RDRALAQLLC RITGAEDACI VNNNAAAVLL M LAATASGK EVVVSRGELV EIGGAFRIPD VMRQAGCTLH EVGTTNRTHA NDYRQAVNEN TALLMKVHTS NYSIQGFTKA ID EAELVAL GKELDVPVVT DLGSGSLVDL SQYGLPKEPM PQELIAAGVS LVSFSGD(LLP)LL GGPQAGIIVG KKEMIARLQ SHPLKRALRA DKMTLAALEA TLRLYLHPEA LSEKLPTLRL LTRSAEVIQI QAQRLQAPLA AHYGAEFAVQ VMPCLSQIGS GSLPVDRLP SAALTFTPHD GRGSHLESLA ARWRELPVPV IGRIYDGRLW LDLRCLEDEQ RFLEMLLK

UniProtKB: L-seryl-tRNA(Sec) selenium transferase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMKH2PO4Potassium Phosphate
100.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mM2-mercaptoethanol
10.0 uMpyridoxal 5-phosphate

詳細: 20 mM potassium phosphate pH 7.5, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, and 10 uM pyridoxal 5-phosphate.
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 気圧: 0.00035999999999999997 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The sample was blotted for 2.5 seconds using a force of -10 and then swiftly plunged frozen into liquid ethane using the Vitrobot Mark IV - Thermo Fisher Scientific..
詳細Monodisperse sample after size-exclusion chromatography

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4592 / 平均電子線量: 45.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 688602
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction from selected particles.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 223410
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 223410 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 95.2
得られたモデル

PDB-8uzw:
Selenocysteine synthase- SelA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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