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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42639 | |||||||||
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タイトル | Site-one protease and SPRING | |||||||||
マップデータ | Primary map for SPRING-S1P | |||||||||
試料 |
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キーワード | serine protease cholesterol metabolism zymogen activation Protein complex glycoprotein secretory pathway / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of cholesterol biosynthetic process / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport ...site-1 protease / CREB3 factors activate genes / positive regulation of SREBP signaling pathway / ATF6-mediated unfolded protein response / regulation of cholesterol biosynthetic process / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperones / ATF6B (ATF6-beta) activates chaperones / Assembly of active LPL and LIPC lipase complexes / membrane protein intracellular domain proteolysis / regulation of vesicle-mediated transport / Regulation of cholesterol biosynthesis by SREBP (SREBF) / Golgi stack / lysosome organization / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / protein maturation / endoplasmic reticulum unfolded protein response / cholesterol metabolic process / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / protein processing / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kober DL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: SPRING licenses S1P-mediated cleavage of SREBP2 by displacing an inhibitory pro-domain. 著者: Sebastian Hendrix / Vincent Dartigue / Hailee Hall / Shrankhla Bawaria / Jenina Kingma / Bilkish Bajaj / Noam Zelcer / Daniel L Kober / 要旨: Site-one protease (S1P) conducts the first of two cleavage events in the Golgi to activate Sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) and upregulate lipogenic transcription. S1P is also ...Site-one protease (S1P) conducts the first of two cleavage events in the Golgi to activate Sterol regulatory element binding proteins (SREBPs) and upregulate lipogenic transcription. S1P is also required for a wide array of additional signaling pathways. A zymogen serine protease, S1P matures through autoproteolysis of two pro-domains, with one cleavage event in the endoplasmic reticulum (ER) and the other in the Golgi. We recently identified the SREBP regulating gene, (SPRING), which enhances S1P maturation and is necessary for SREBP signaling. Here, we report the cryo-EM structures of S1P and S1P-SPRING at sub-2.5 Å resolution. SPRING activates S1P by dislodging its inhibitory pro-domain and stabilizing intra-domain contacts. Functionally, SPRING licenses S1P to cleave its cognate substrate, SREBP2. Our findings reveal an activation mechanism for S1P and provide insights into how spatial control of S1P activity underpins cholesterol homeostasis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42639.map.gz | 411.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42639-v30.xml emd-42639.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42639_fsc.xml | 19.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42639.png | 127.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-42639.cif.gz | 7.1 KB | ||
その他 | emd_42639_additional_1.map.gz emd_42639_half_map_1.map.gz emd_42639_half_map_2.map.gz | 422.2 MB 763.8 MB 763.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42639 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42639 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_42639_validation.pdf.gz | 884.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_42639_full_validation.pdf.gz | 883.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_42639_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_42639_validation.cif.gz | 39.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42639 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-42639 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8uw8MC 8uwcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42639.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Primary map for SPRING-S1P | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.535 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Sharpened primary map, B factor = -70
ファイル | emd_42639_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened primary map, B factor = -70 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_42639_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_42639_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of matured site-1 protease bound to SPRING
全体 | 名称: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING
超分子 | 名称: Complex of matured site-1 protease bound to SPRING / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Co-expressed and secreted ectodomains of SPRING-His10 and S1P-FLAG purified using NiNTA chromatography and gel filtration. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: Membrane-bound transcription factor site-1 protease
分子 | 名称: Membrane-bound transcription factor site-1 protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 115.048203 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MKLVNIWLLL LVVLLCGKKH LGDRLEKKSF EKAPCPGCSH LTLKVEFSST VVEYEYIVAF NGYFTAKARN SFISSALKSS EVDNWRIIP RNNPSSDYPS DFEVIQIKEK QKAGLLTLED HPNIKRVTPQ RKVFRSLKYA ESDPTVPCNE TRWSQKWQSS R PLRRASLS ...文字列: MKLVNIWLLL LVVLLCGKKH LGDRLEKKSF EKAPCPGCSH LTLKVEFSST VVEYEYIVAF NGYFTAKARN SFISSALKSS EVDNWRIIP RNNPSSDYPS DFEVIQIKEK QKAGLLTLED HPNIKRVTPQ RKVFRSLKYA ESDPTVPCNE TRWSQKWQSS R PLRRASLS LGSGFWHATG RHSSRRLLRA IPRQVAQTLQ ADVLWQMGYT GANVRVAVFD TGLSEKHPHF KNVKERTNWT NE RTLDDGL GHGTFVAGVI ASMRECQGFA PDAELHIFRV FTNNQVSYTS WFLDAFNYAI LKKIDVLNLS IGGPDFMDHP FVD KVWELT ANNVIMVSAI GNDGPLYGTL NNPADQMDVI GVGGIDFEDN IARFSSRGMT TWELPGGYGR MKPDIVTYGA GVRG SGVKG GCRALSGTSV ASPVVAGAVT LLVSTVQKRE LVNPASMKQA LIASARRLPG VNMFEQGHGK LDLLRAYQIL NSYKP QASL SPSYIDLTEC PYMWPYCSQP IYYGGMPTVV NVTILNGMGV TGRIVDKPDW QPYLPQNGDN IEVAFSYSSV LWPWSG YLA ISISVTKKAA SWEGIAQGHV MITVASPAET ESKNGAEQTS TVKLPIKVKI IPTPPRSKRV LWDQYHNLRY PPGYFPR DN LRMKNDPLDW NGDHIHTNFR DMYQHLRSMG YFVEVLGAPF TCFDASQYGT LLMVDSEEEY FPEEIAKLRR DVDNGLSL V IFSDWYNTSV MRKVKFYDEN TRQWWMPDTG GANIPALNEL LSVWNMGFSD GLYEGEFTLA NHDMYYASGC SIAKFPEDG VVITQTFKDQ GLEVLKQETA VVENVPILGL YQIPAEGGGR IVLYGDSNCL DDSHRQKDCF WLLDALLQYT SYGVTPPSLS HSGNRQRPP SGAGSVTPER MEGNHLHRYS KVLEAHLGDP KPRPLPACPR LSWAKPQPLN ETAPSNLWKH QKLLSIDLDK V VLPNFRSN RPQVRPLSPG ESGAWDIPGG IMPGRYNQEV DYKDDDDKGS DYKDDDDKGS DYKDDDDK UniProtKB: Membrane-bound transcription factor site-1 protease |
-分子 #2: SREBP regulating gene protein
分子 | 名称: SREBP regulating gene protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.200291 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DKQEERAVRD RNLLQVHDHN QPIPWKVQFN LGNSSRPSNQ CRNSIQGKHL ITDELGYVCE RKDLLVNGC CNVNVPSTKQ YCCDGCWPNG CCSAYEYCVS CCLQPNKQLL LERFLNRAAV AFQNLFMAVE DHFELCLAKC R TSSQSVQH ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DKQEERAVRD RNLLQVHDHN QPIPWKVQFN LGNSSRPSNQ CRNSIQGKHL ITDELGYVCE RKDLLVNGC CNVNVPSTKQ YCCDGCWPNG CCSAYEYCVS CCLQPNKQLL LERFLNRAAV AFQNLFMAVE DHFELCLAKC R TSSQSVQH ENTYRDPIAK YCYGESPPEL FPAHHHHHHH HHH UniProtKB: SREBP regulating gene protein |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 75 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 50 mM HEPES-NaOH and 150 mM NaCl | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa / 詳細: 30 mA | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4885 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 / 詳細: CDS mode, 8 electrons per second, 50 frames. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |