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- EMDB-42284: The structure of the Clostridium thermocellum AdhE spirosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42284
タイトルThe structure of the Clostridium thermocellum AdhE spirosome
マップデータMap of the AdhE spirosome
試料
  • 複合体: Homo-oligomer complex of AdhE
    • タンパク質・ペプチド: Aldehyde-alcohol dehydrogenase
  • リガンド: FE (III) ION
キーワードAldehyde-alcohol dehydrogenase / Complex / Spirosome / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / butanol dehydrogenase (NAD+) activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / alcohol metabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / carbon utilization / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Butanol dehydrogenase-like / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Butanol dehydrogenase-like / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase / Bifunctional aldehyde-alcohol dehydrogenase, C-terminal domain / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 2. / Iron-containing alcohol dehydrogenases signature 1. / Alcohol dehydrogenase, iron-type, conserved site / Alcohol dehydrogenase, iron-type/glycerol dehydrogenase GldA / Iron-containing alcohol dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde-alcohol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Ziegler SJ / Gruber JN
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Structural characterization and dynamics of AdhE ultrastructures from Clostridium thermocellum: A containment strategy for toxic intermediates
著者: Ziegler S / Knott B / Gruber J / Hengge N / Xu Q / Olson D / Romero E / Joubert L / Bomble Y
履歴
登録2023年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月21日-
マップ公開2024年8月21日-
更新2024年8月21日-
現状2024年8月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 266.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the AdhE spirosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 412 pix.
= 337.84 Å		0.82 Å/pix.
x 412 pix.
= 337.84 Å		0.82 Å/pix.
x 412 pix.
= 337.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.029
最小 - 最大-0.1703934 - 0.244692
平均 (標準偏差)-0.00000012616374 (±0.010509993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ412412412
Spacing412412412
セルA=B=C: 337.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42284_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_42284_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_42284_half_map_2.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo-oligomer complex of AdhE

全体名称: Homo-oligomer complex of AdhE
要素
  • 複合体: Homo-oligomer complex of AdhE
    • タンパク質・ペプチド: Aldehyde-alcohol dehydrogenase
  • リガンド: FE (III) ION

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超分子 #1: Homo-oligomer complex of AdhE

超分子名称: Homo-oligomer complex of AdhE / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)

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分子 #1: Aldehyde-alcohol dehydrogenase

分子名称: Aldehyde-alcohol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acetivibrio thermocellus DSM 1313 (バクテリア)
分子量理論値: 97.93868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHENL YFQGMTKIAN KYEVIDNVEK LEKALKRLRE AQSVYATYTQ EQVDKIFFEA AMAANKMRIP LAKMAVEETG MGVVEDKVI KNHYASEYIY NAYKNTKTCG VIEEDPAFGI KKIAEPLGVI AAVIPTTNPT STAIFKTLIA LKTRNAIIIS P HPRAKNST ...文字列:
MHHHHHHENL YFQGMTKIAN KYEVIDNVEK LEKALKRLRE AQSVYATYTQ EQVDKIFFEA AMAANKMRIP LAKMAVEETG MGVVEDKVI KNHYASEYIY NAYKNTKTCG VIEEDPAFGI KKIAEPLGVI AAVIPTTNPT STAIFKTLIA LKTRNAIIIS P HPRAKNST IEAAKIVLEA AVKAGAPEGI IGWIDVPSLE LTNLVMREAD VILATGGPGL VKAAYSSGKP AIGVGAGNTP AI IDDSADI VLAVNSIIHS KTFDNGMICA SEQSVIVLDG VYKEVKKEFE KRGCYFLNED ETEKVRKTII INGALNAKIV GQK AHTIAN LAGFEVPETT KILIGEVTSV DISEEFAHEK LCPVLAMYRA KDFDDALDKA ERLVADGGFG HTSSLYIDTV TQKE KLQKF SERMKTCRIL VNTPSSQGGI GDLYNFKLAP SLTLGCGSWG GNSVSDNVGV KHLLNIKTVA ERRENMLWFR TPEKI YIKR GCLPVALDEL KNVMGKKKAF IVTDNFLYNN GYTKPITDKL DEMGIVHKTF FDVSPDPSLA SAKAGAAEML AFQPDT IIA VGGGSAMDAA KIMWVMYEHP EVDFMDMAMR FMDIRKRVYT FPKMGQKAYF IAIPTSAGTG SEVTPFAVIT DEKTGIK YP LADYELLPDM AIVDADMMMN APKGLTAASG IDALTHALEA YVSMLATDYT DSLALRAIKM IFEYLPRAYE NGASDPVA R EKMANAATIA GMAFANAFLG VCHSMAHKLG AFYHLPHGVA NALMINEVIR FNSSEAPTKM GTFPQYDHPR TLERYAEIA DYIGLKGKNN EEKVENLIKA IDELKEKVGI RKTIKDYDID EKEFLDRLDE MVEQAFDDQC TGTNPRYPLM NEIRQMYLNA YYGGAKK

UniProtKB: Aldehyde-alcohol dehydrogenase

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分子 #2: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mM(HOCH2)3CNH2Tris
150.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 20 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 10 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 504494
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cylinder generated by RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90912
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8uhw:
The structure of the Clostridium thermocellum AdhE spirosome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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