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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | ssRNA phage PhiCb5 virion | |||||||||
![]() | map | |||||||||
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![]() | ssRNA phage / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Assembly protein / Phage maturation protein / virion attachment to host cell pilus / virion component / viral capsid / Maturation protein / Coat protein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
![]() | Wang Y / Zhang J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with an RNA virus. 著者: Yuhang Wang / Matthew Theodore / Zhongliang Xing / Utkarsh Narsaria / Zihao Yu / Lanying Zeng / Junjie Zhang / ![]() 要旨: Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV ... Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV pilins, Tad pilins lack the typical globular β sheet domain responsible for pilus assembly and phage binding. The mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with phage ΦCb5 have been elusive. Using cryo-electron microscopy, we unveiled the Tad pilus assembly mechanism, featuring a unique network of hydrogen bonds at its core. We then identified the Tad pilus binding to the ΦCb5 maturation protein (Mat) through its β region. Notably, the amino terminus of ΦCb5 Mat is exposed outside the capsid and phage/pilus interface, enabling the attachment of fluorescent and affinity tags. These engineered ΦCb5 virions can be efficiently assembled and purified in , maintaining infectivity against , which presents promising applications, including RNA delivery and phage display. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 456.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 475.3 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half
ファイル | emd_42163_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half
ファイル | emd_42163_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
全体 | 名称: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell |
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要素 |
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-超分子 #1: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
超分子 | 名称: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.1 MDa |
-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 178 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.498981 KDa |
配列 | 文字列: ALGDTLTITL GGSGGTAKVL RKINQDGYTS EYYLPETSSS FRAKVRHTKE SVKPNQVQYE RHNVEFTETV YASGSTPEFV RQAYVVIRH KVGDVSATVS DLGEALSFYL NEALYGKLIG WES UniProtKB: Coat protein |
-分子 #2: Maturation protein
分子 | 名称: Maturation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.725336 KDa |
配列 | 文字列: MARIRNRSSI ASSGMSTFYL FGTPIVNEEI IVRNTEWCSD VIGNPGDNPL DIHKQEWTIK PLSGQIIFGS GTYRSLQCPP EYCRGASLS HLSLPSQSGL GTTALARTNP SRPAFNLPAF IGELRDLPRM FKIAGDTMLR KGANAFLSYQ FGWKPLISDI S KALDFSAT ...文字列: MARIRNRSSI ASSGMSTFYL FGTPIVNEEI IVRNTEWCSD VIGNPGDNPL DIHKQEWTIK PLSGQIIFGS GTYRSLQCPP EYCRGASLS HLSLPSQSGL GTTALARTNP SRPAFNLPAF IGELRDLPRM FKIAGDTMLR KGANAFLSYQ FGWKPLISDI S KALDFSAT VRTRSDEWHR LYSNGGLKRR INLGVDIEQK KENDVVLHSS NGFVVASHTV ITVRKTWATV RWRPDAGSLP PI TKSSSEK HARALLGLGV GGLIEGAWQL MPWSWMVDWF GNVGTFLQAS NNTIGASPGL VNIMTTTTTN HQFSVKRDLS DGW IKGGDC SATVTSKARS QSSGPTITAS IPNLSGRQLS ILGALGIQRV PRHLLR UniProtKB: Maturation protein |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 236 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 20mM tris, 2mM MgCl2, 3mM CaCl2 | ||||||||||||
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 25.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |