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- EMDB-4214: Structure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4214
タイトルStructure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードpre-40S ribosme / cryo-EM / ribosome assembly / ribosomes / ribosome biogenesis / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of RNA import into nucleus / Ragulator complex / ATP export / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / endocytic recycling / positive regulation of translational fidelity ...positive regulation of RNA import into nucleus / Ragulator complex / ATP export / endonucleolytic cleavage of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / endocytic recycling / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / U3 snoRNA binding / response to osmotic stress / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / poly(A)+ mRNA export from nucleus / preribosome, small subunit precursor / snoRNA binding / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / proteasome assembly / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribonucleoprotein complex binding / ribosomal subunit export from nucleus / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / unfolded protein binding / protein transport / late endosome / ribosome biogenesis / ribosome binding / late endosome membrane / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cellular response to oxidative stress / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / ribosome / protein kinase activity / structural constituent of ribosome / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase / RIO-like kinase / RIO1 family / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain ...Low temperature viability protein Ltv1 / Low temperature viability protein / Serine/threonine-protein kinase Rio2 / RIO2 kinase winged helix domain, N-terminal / Rio2, N-terminal / RIO kinase / RIO-like kinase / RIO1 family / Krr1, KH1 domain / Krr1 KH1 domain / Bystin / Bystin / Ribosome biogenesis protein BMS1/TSR1, C-terminal / AARP2CN / Bms1/Tsr1-type G domain / Ribosome biogenesis protein Bms1/Tsr1 / 40S ribosome biogenesis protein Tsr1 and BMS1 C-terminal / AARP2CN (NUC121) domain / Bms1-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / AARP2CN (NUC121) domain / Protein of unknown function (DUF663) / K Homology domain, type 1 superfamily / : / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A ...Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Protein LTV1 / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Essential nuclear protein 1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Serine/threonine-protein kinase RIO2 / Small ribosomal subunit protein uS14A / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Ribosome biogenesis protein TSR1 / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A / Pre-rRNA-processing protein PNO1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Scaiola A / Pena C / Weisser M / Boehringer D / Leibundgut M / Klingauf-Nerurkar P / Gerhardy S / Panse VG / Ban N
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2018
タイトル: Structure of a eukaryotic cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit.
著者: Alain Scaiola / Cohue Peña / Melanie Weisser / Daniel Böhringer / Marc Leibundgut / Purnima Klingauf-Nerurkar / Stefan Gerhardy / Vikram Govind Panse / Nenad Ban /
要旨: Final maturation of eukaryotic ribosomes occurs in the cytoplasm and requires the sequential removal of associated assembly factors and processing of the immature 20S pre-RNA Using cryo-electron ...Final maturation of eukaryotic ribosomes occurs in the cytoplasm and requires the sequential removal of associated assembly factors and processing of the immature 20S pre-RNA Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we have determined the structure of a yeast cytoplasmic pre-40S particle in complex with Enp1, Ltv1, Rio2, Tsr1, and Pno1 assembly factors poised to initiate final maturation. The structure reveals that the pre-rRNA adopts a highly distorted conformation of its 3' major and 3' minor domains stabilized by the binding of the assembly factors. This observation is consistent with a mechanism that involves concerted release of the assembly factors orchestrated by the folding of the rRNA in the head of the pre-40S subunit during the final stages of maturation. Our results provide a structural framework for the coordination of the final maturation events that drive a pre-40S particle toward the mature form capable of engaging in translation.
履歴
登録2017年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2018年2月28日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4214.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4214.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.01 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.14424813 - 0.39338154
平均 (標準偏差)0.0011148807 (±0.010481228)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 444.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z444.800444.800444.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1440.3930.001

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4214_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4214_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit

全体名称: Cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit
要素
  • 複合体: Cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30-A
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-rRNA-processing protein PNO1
    • タンパク質・ペプチド: Essential nuclear protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein LTV1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome biogenesis protein TSR1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase RIO2
    • RNA: 20S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S0-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S1-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S22-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25-A
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit

超分子名称: Cytoplasmic pre-40S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
分子 #1: 40S ribosomal protein S27-A

分子名称: 40S ribosomal protein S27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 8.893391 KDa
配列文字列:
MVLVQDLLHP TAASEARKHK LKTLVQGPRS YFLDVKCPGC LNITTVFSHA QTAVTCESCS TILCTPTGGK AKLSEGTSFR RK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27A

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S28-A

分子名称: 40S ribosomal protein S28-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 7.605847 KDa
配列文字列:
MDNKTPVTLA KVIKVLGRTG SRGGVTQVRV EFLEDTSRTI VRNVKGPVRE NDILVLMESE REARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28A

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S29-A

分子名称: 40S ribosomal protein S29-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 6.675723 KDa
配列文字列:
MAHENVWFSH PRRYGKGSRQ CRVCSSHTGL IRKYGLNICR QCFREKANDI GFNKFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14A

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S30-A

分子名称: 40S ribosomal protein S30-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 7.137541 KDa
配列文字列:
MAKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKTEKPKKP KGRAYKRLLY TRRFVNVTLV NGKRRMNPGP SVQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS30A

+
分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 34.841219 KDa
配列文字列: MASNEVLVLR GTLEGHNGWV TSLATSAGQP NLLLSASRDK TLISWKLTGD DQKFGVPVRS FKGHSHIVQD CTLTADGAYA LSASWDKTL RLWDVATGET YQRFVGHKSD VMSVDIDKKA SMIISGSRDK TIKVWTIKGQ CLATLLGHND WVSQVRVVPN E KADDDSVT ...文字列:
MASNEVLVLR GTLEGHNGWV TSLATSAGQP NLLLSASRDK TLISWKLTGD DQKFGVPVRS FKGHSHIVQD CTLTADGAYA LSASWDKTL RLWDVATGET YQRFVGHKSD VMSVDIDKKA SMIISGSRDK TIKVWTIKGQ CLATLLGHND WVSQVRVVPN E KADDDSVT IISAGNDKMV KAWNLNQFQI EADFIGHNSN INTLTASPDG TLIASAGKDG EIMLWNLAAK KAMYTLSAQD EV FSLAFSP NRYWLAAATA TGIKVFSLDP QYLVDDLRPE FAGYSKAAEP HAVSLAWSAD GQTLFAGYTD NVIRVWQVMT AN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #6: Pre-rRNA-processing protein PNO1

分子名称: Pre-rRNA-processing protein PNO1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 30.380623 KDa
配列文字列: MVAPTALKKA TVTPVSGQDG GSSRIIGINN TESIDEDDDD DVLLDDSDNN TAKEEVEGEE GSRKTHESKT VVVDDQGKPR FTSASKTQG NKIKFESRKI MVPPHRMTPL RNSWTKIYPP LVEHLKLQVR MNLKTKSVEL RTNPKFTTDP GALQKGADFI K AFTLGFDL ...文字列:
MVAPTALKKA TVTPVSGQDG GSSRIIGINN TESIDEDDDD DVLLDDSDNN TAKEEVEGEE GSRKTHESKT VVVDDQGKPR FTSASKTQG NKIKFESRKI MVPPHRMTPL RNSWTKIYPP LVEHLKLQVR MNLKTKSVEL RTNPKFTTDP GALQKGADFI K AFTLGFDL DDSIALLRLD DLYIETFEVK DVKTLTGDHL SRAIGRIAGK DGKTKFAIEN ATRTRIVLAD SKIHILGGFT HI RMARESV VSLILGSPPG KVYGNLRTVA SRLKERY

UniProtKB: Pre-rRNA-processing protein PNO1

+
分子 #7: Essential nuclear protein 1

分子名称: Essential nuclear protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 55.207422 KDa
配列文字列: MARASSTKAR KQRHDPLLKD LDAAQGTLKK INKKKLAQND AANHDAANEE DGYIDSKASR KILQLAKEQQ DEIEGEELAE SERNKQFEA RFTTMSYDDE DEDEDEDEEA FGEDISDFEP EGDYKEEEEI VEIDEEDAAM FEQYFKKSDD FNSLSGSYNL A DKIMASIR ...文字列:
MARASSTKAR KQRHDPLLKD LDAAQGTLKK INKKKLAQND AANHDAANEE DGYIDSKASR KILQLAKEQQ DEIEGEELAE SERNKQFEA RFTTMSYDDE DEDEDEDEEA FGEDISDFEP EGDYKEEEEI VEIDEEDAAM FEQYFKKSDD FNSLSGSYNL A DKIMASIR EKESQVEDMQ DDEPLANEQN TSRGNISSGL KSGEGVALPE KVIKAYTTVG SILKTWTHGK LPKLFKVIPS LR NWQDVIY VTNPEEWSPH VVYEATKLFV SNLTAKESQK FINLILLERF RDNIETSEDH SLNYHIYRAV KKSLYKPSAF FKG FLFPLV ETGCNVREAT IAGSVLAKVS VPALHSSAAL SYLLRLPFSP PTTVFIKILL DKKYALPYQT VDDCVYYFMR FRIL DDGSN GEDATRVLPV IWHKAFLTFA QRYKNDITQD QRDFLLETVR QRGHKDIGPE IRRELLAGAS REFVDPQEAN DDLMI DVN

UniProtKB: Essential nuclear protein 1

+
分子 #8: Protein LTV1

分子名称: Protein LTV1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 53.463254 KDa
配列文字列: MSKKFSSKNS QRYVVVHRPH DDPSFYDTDA SAHVLVPVSN PNKTSPEADL RKKDVSSTKP KGRRAHVGEA ALYGINFDDS EYDYTQHLK PIGLDPENSI FIASKGNEQK VEKKNIEDLF IEPKYRRDEI EKDDALPVFQ RGMAKPEYLL HQQDTTDEIR G FKPDMNPA ...文字列:
MSKKFSSKNS QRYVVVHRPH DDPSFYDTDA SAHVLVPVSN PNKTSPEADL RKKDVSSTKP KGRRAHVGEA ALYGINFDDS EYDYTQHLK PIGLDPENSI FIASKGNEQK VEKKNIEDLF IEPKYRRDEI EKDDALPVFQ RGMAKPEYLL HQQDTTDEIR G FKPDMNPA LREVLEALED EAYVVNDDVV VEDISKKTQL QGDNYGEEEK EDDIFAQLLG SGEAKDEDEF EDEFDEWDID NV ENFEDEN YVKEMAQFDN IENLEDLENI DYQADVRRFQ KDNSILEKHN SDDEFSNAGL DSVNPSEEED VLGELPSIQD KSK TGKKKR KSRQKKGAMS DVSGFSMSSS AIARTETMTV LDDQYDQIIN GYENYEEELE EDEEQNYQPF DMSAERSDFE SMLD DFLDN YELESGGRKL AKKDKEIERL KEAADEVSKG KLSQRRNRER QEKKKLEKVT NTLSSLKF

UniProtKB: Protein LTV1

+
分子 #9: Ribosome biogenesis protein TSR1

分子名称: Ribosome biogenesis protein TSR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 90.876539 KDa
配列文字列: MAGHSHRSSL KNGHKSYKSK HASKGALKRL YKGKVEKEPV GTGKPDKQVS KLQRKNKAKQ LRAQRILDSI ENRKLFEGKN GAAKIITIV PLVNDLDPLD ILYKLLKCAD DEGIMVQEVD SKRIFNVHIK KFKSNLKIII PDMTNFLNIL DCAKVADFVV F GLSGVQEV ...文字列:
MAGHSHRSSL KNGHKSYKSK HASKGALKRL YKGKVEKEPV GTGKPDKQVS KLQRKNKAKQ LRAQRILDSI ENRKLFEGKN GAAKIITIV PLVNDLDPLD ILYKLLKCAD DEGIMVQEVD SKRIFNVHIK KFKSNLKIII PDMTNFLNIL DCAKVADFVV F GLSGVQEV DEEFGEQIIR ALELQGIASY IGVISNLSAV HEKEKFQLDV KQSLESYFKH FFPSEERVYN LEKNSDALNV LR TLCQRLP RSINWRDNRG YVVADFVDFV ETSPDSGDLV IEGTVRGIGF NANRLVHIPD FGDFQLNKIE KISESSQKRK IIK EKATDS LSLELDLQTV FESNMNRDTL DEYAPEGTED WSDYDEDFEY DGLTTARYDD HGFLPGREQT SKKAAVPKGT SDYQ AKWYL DDVIDANEEE EAEQTNGKDE TMMEIDDEMM VEQDNEEVAG DEEYDIEDNE GFEELSPEEE ERQLREFRDM EKEDR EFPD EIELEPSESA IERLKRYRGL KNLYNCDWQV DEKDPSSPAE WKRLLRIGNY KNTKNRIIKE TKNEAQAIAG DRIRMF IRF PKFLLEKIQD PKQLLFAVYG LLLHEHKNAV VNFSLQRWEQ YDKPVPSQEP IVVQYGVRRY TIQPLFSQGS NSPNNVH KY ERFLHPDTVS VATCIAPVDF TQSPAIFFKP SPTDAKNIEL IGHGTFLNAD HSRILAKRAI LTGHPFRFHK TVVTVRYM F FRPEDVEWFK SIPLFTKSGR SGFIKESLGT HGYFKATFDG KLSAQDVVAM SLYKRMWPMP SLPWNGM

UniProtKB: Ribosome biogenesis protein TSR1

+
分子 #10: Serine/threonine-protein kinase RIO2

分子名称: Serine/threonine-protein kinase RIO2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 49.192852 KDa
配列文字列: MKLDTSHMRY LTTDDFRVLQ AVEQGSRSHE VVPTPLIHQI SGMRSQSGTN RAISDLAKLS LISKMRNVKY DGYRLTYNGI DYLALKTML NRDTVYSVGN TIGVGKESDI YKVSDKNGNP RVMKIHRLGR TSFHSVRNNR DYLKKSNQGA NWMHLSRLAA N KEYQFMSM ...文字列:
MKLDTSHMRY LTTDDFRVLQ AVEQGSRSHE VVPTPLIHQI SGMRSQSGTN RAISDLAKLS LISKMRNVKY DGYRLTYNGI DYLALKTML NRDTVYSVGN TIGVGKESDI YKVSDKNGNP RVMKIHRLGR TSFHSVRNNR DYLKKSNQGA NWMHLSRLAA N KEYQFMSM LYSKGFKVPE PFDNSRHIVV MELIEGYPMR RLRKHKNIPK LYSDLMCFIV DLANSGLIHC DFNEFNIMIK DK LEDENDC GFVVIDFPQC ISIQHQDADY YFQRDVDCIR RFFKKKLKYE PKPDSSMLDT EGFGDGYKYA YPDFKRDVKR TDN LDELVQ ASGFSKKHPG DRGLETAVES MRNAVYNSDD DMSNDEAEEE NGEGDYSEED EYYDSELDNE SSEDDSEDAQ EEEN ERIIE ALSSGVENLK MDKLGNYILE

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase RIO2

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S0-A

分子名称: 40S ribosomal protein S0-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 28.083416 KDa
配列文字列: MSLPATFDLT PEDAQLLLAA NTHLGARNVQ VHQEPYVFNA RPDGVHVINV GKTWEKLVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT FGQRAVLKF AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKEASYV NIPVIALTDL DSPSEFVDVA I PCNNRGKH ...文字列:
MSLPATFDLT PEDAQLLLAA NTHLGARNVQ VHQEPYVFNA RPDGVHVINV GKTWEKLVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT FGQRAVLKF AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKEASYV NIPVIALTDL DSPSEFVDVA I PCNNRGKH SIGLIWYLLA REVLRLRGAL VDRTQPWSIM PDLYFYRFPE EVEQQVAEEA TTEEAGEEEA KEEVTEEQAE AT EWAEENA DNVEW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2A

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S1-A

分子名称: 40S ribosomal protein S1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 28.798467 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLS KGKKGQKKRV VDPFTRKEWF DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK STGLKSASDA LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKIKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRHSYAQSS H IRAIRKVI ...文字列:
MAVGKNKRLS KGKKGQKKRV VDPFTRKEWF DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK STGLKSASDA LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKIKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRHSYAQSS H IRAIRKVI SEILTKEVQG STLAQLTSKL IPEVINKEIE NATKDIFPLQ NIHVRKVKLL KQPKFDVGAL MALHGEGSGE EK GKKVTGF KDEVLETV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1A

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 27.490826 KDa
配列文字列: MSAPEAQQQK RGGFGGRNRG RPNRRGPRNT EEKGWVPVTK LGRLVKAGKI TTIEEIFLHS LPVKEFQIID TLLPGLQDEV MNIKPVQKQ TRAGQRTRFK AVVVVGDSNG HVGLGIKTAK EVAGAIRAGI IIAKLSVIPI RRGYWGTNLG QPHSLATKTT G KCGSVTVR ...文字列:
MSAPEAQQQK RGGFGGRNRG RPNRRGPRNT EEKGWVPVTK LGRLVKAGKI TTIEEIFLHS LPVKEFQIID TLLPGLQDEV MNIKPVQKQ TRAGQRTRFK AVVVVGDSNG HVGLGIKTAK EVAGAIRAGI IIAKLSVIPI RRGYWGTNLG QPHSLATKTT G KCGSVTVR LIPAPRGSGI VASPAVKKLL QLAGVEDVYT QSNGKTRTLE NTLKAAFVAI GNTYGFLTPN LWAEQPLPVS PL DIYSDEA SAQKKRF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 26.542789 KDa
配列文字列: MVALISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEVII RATRTQDVLG ENGRRINELT LLVQKRFKYA PGTIVLYAE RVQDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVVS GKLRAARAKA MKFADGFLIH S GQPVNDFI ...文字列:
MVALISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEVII RATRTQDVLG ENGRRINELT LLVQKRFKYA PGTIVLYAE RVQDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVVS GKLRAARAKA MKFADGFLIH S GQPVNDFI DTATRHVLMR QGVLGIKVKI MRDPAKSRTG PKALPDAVTI IEPKEEEPIL APSVKDYRPA EETEAQAEPV EA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S4-A

分子名称: 40S ribosomal protein S4-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 29.46933 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RLAAPHHWLL DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TYPAGFMDV ITLDATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLGKVKKV QLGKKGVPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KIDLASGK ...文字列:
MARGPKKHLK RLAAPHHWLL DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TYPAGFMDV ITLDATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLGKVKKV QLGKKGVPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KIDLASGK ITDFIKFDAG KLVYVTGGRN LGRIGTIVHK ERHDGGFDLV HIKDSLDNTF VTRLNNVFVI GEQGKPYISL PK GKGIKLS IAEERDRRRA QQGL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4A

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 25.0726 KDa
配列文字列: MSDTEAPVEV QEDFEVVEEF TPVVLATPIP EEVQQAQTEI KLFNKWSFEE VEVKDASLVD YVQVRQPIFV AHTAGRYANK RFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKLK AVRIIKHTLD IINVLTDQNP IQVVVDAITN TGPREDTTRV GGGGAARRQA V DVSPLRRV ...文字列:
MSDTEAPVEV QEDFEVVEEF TPVVLATPIP EEVQQAQTEI KLFNKWSFEE VEVKDASLVD YVQVRQPIFV AHTAGRYANK RFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKLK AVRIIKHTLD IINVLTDQNP IQVVVDAITN TGPREDTTRV GGGGAARRQA V DVSPLRRV NQAIALLTIG AREAAFRNIK TIAETLAEEL INAAKGSSTS YAIKKKDELE RVAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S6-A

分子名称: 40S ribosomal protein S6-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 27.054486 KDa
配列文字列: MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT ...文字列:
MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR HQRALKVRNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEIRK RRASSLKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6A

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S7-A

分子名称: 40S ribosomal protein S7-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 21.658209 KDa
配列文字列: MSAPQAKILS QAPTELELQV AQAFVELENS SPELKAELRP LQFKSIREID VAGGKKALAI FVPVPSLAGF HKVQTKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRTSRQV QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKVLLDSKDV Q QIDYKLES ...文字列:
MSAPQAKILS QAPTELELQV AQAFVELENS SPELKAELRP LQFKSIREID VAGGKKALAI FVPVPSLAGF HKVQTKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRTSRQV QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKVLLDSKDV Q QIDYKLES FQAVYNKLTG KQIVFEIPSE TH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7A

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S8-A

分子名称: 40S ribosomal protein S8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 22.537803 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RSATGAKRAQ FRKKRKFELG RQPANTKIGA KRIHSVRTRG GNKKYRALRI ETGNFSWASE GISKKTRIAG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWFEAHYGQ TLGKKKNVKE EETVAKSKNA ERKWAARAAS AKIESSVESQ F SAGRLYAC ...文字列:
MGISRDSRHK RSATGAKRAQ FRKKRKFELG RQPANTKIGA KRIHSVRTRG GNKKYRALRI ETGNFSWASE GISKKTRIAG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWFEAHYGQ TLGKKKNVKE EETVAKSKNA ERKWAARAAS AKIESSVESQ F SAGRLYAC ISSRPGQSGR CDGYILEGEE LAFYLRRLTA KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8A

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S9-A

分子名称: 40S ribosomal protein S9-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 22.487893 KDa
配列文字列: MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SSRLDAELKL AGEFGLKNKK EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRVGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI TQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LDSEKHIDFA P TSPFGGAR ...文字列:
MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SSRLDAELKL AGEFGLKNKK EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRVGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI TQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LDSEKHIDFA P TSPFGGAR PGRVARRNAA RKAEASGEAA DEADEADEE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4A

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S11-A

分子名称: 40S ribosomal protein S11-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 17.785934 KDa
配列文字列:
MSTELTVQSE RAFQKQPHIF NNPKVKTSKR TKRWYKNAGL GFKTPKTAIE GSYIDKKCPF TGLVSIRGKI LTGTVVSTKM HRTIVIRRA YLHYIPKYNR YEKRHKNVPV HVSPAFRVQV GDIVTVGQCR PISKTVRFNV VKVSAAAGKA NKQFAKF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17A

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.488631 KDa
配列文字列:
MSDVEEVVEV QEETVVEQTA EVTIEDALKV VLRTALVHDG LARGLRESTK ALTRGEALLV VLVSSVTEAN IIKLVEGLAN DPENKVPLI KVADAKQLGE WAGLGKIDRE GNARKVVGAS VVVVKNWGAE TDELSMIMEH FSQQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 17.059945 KDa
配列文字列:
MGRMHSAGKG ISSSAIPYSR NAPAWFKLSS ESVIEQIVKY ARKGLTPSQI GVLLRDAHGV TQARVITGNK IMRILKSNGL APEIPEDLY YLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY RTVAVLPPNW KYESATASAL VN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S14-A

分子名称: 40S ribosomal protein S14-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.562655 KDa
配列文字列:
MSNVVQARDN SQVFGVARIY ASFNDTFVHV TDLSGKETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH VKIRATGGT RTKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11A

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 16.031907 KDa
配列文字列:
MSQAVNAKKR VFKTHSYRGV DLEKLLEMST EDFVKLAPAR VRRRFARGMT SKPAGFMKKL RAAKLAAPEN EKPAPVRTHM RNMIIVPEM IGSVVGIYNG KAFNQVEIRP EMLGHYLGEF SITYTPVRHG RAGATTSRFI PLK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S16-A

分子名称: 40S ribosomal protein S16-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.87749 KDa
配列文字列:
MSAVPSVQTF GKKKSATAVA HVKAGKGLIK VNGSPITLVE PEILRFKVYE PLLLVGLDKF SNIDIRVRVT GGGHVSQVYA IRQAIAKGL VAYHQKYVDE QSKNELKKAF TSYDRTLLIA DSRRPEPKKF GGKGARSRFQ KSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9A

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S17-A

分子名称: 40S ribosomal protein S17-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.820413 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK RASKALIERY YPKLTLDFQT NKRLCDEIAT IQSKRLRNKI AGYTTHLMKR IQKGPVRGIS FKLQEEERER KDQYVPEVS ALDLSRSNGV LNVDNQTSDL VKSLGLKLPL SVINVSAQRD RRYRKRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17A

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S18-A

分子名称: 40S ribosomal protein S18-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 17.071641 KDa
配列文字列:
MSLVVQEQGS FQHILRLLNT NVDGNIKIVY ALTTIKGVGR RYSNLVCKKA DVDLHKRAGE LTQEELERIV QIMQNPTHYK IPAWFLNRQ NDITDGKDYH TLANNVESKL RDDLERLKKI RAHRGIRHFW GLRVRGQHTK TTGRRRA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13A

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S19-A

分子名称: 40S ribosomal protein S19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.942125 KDa
配列文字列:
MPGVSVRDVA AQDFINAYAS FLQRQGKLEV PGYVDIVKTS SGNEMPPQDA EGWFYKRAAS VARHIYMRKQ VGVGKLNKLY GGAKSRGVR PYKHIDASGS INRKVLQALE KIGIVEISPK GGRRISENGQ RDLDRIAAQT LEEDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19A

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 13.929044 KDa
配列文字列:
MSDFQKEKVE EQEQQQQQII KIRITLTSTK VKQLENVSSN IVKNAEQHNL VKKGPVRLPT KVLKISTRKT PNGEGSKTWE TYEMRIHKR YIDLEAPVQI VKRITQITIE PGVDVEVVVA SN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S21-A

分子名称: 40S ribosomal protein S21-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 9.758829 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKADDHA SVQINVAKVD EEGRAIPGEY VTYALSGYVR SRGESDDSLN RLAQNDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21A

+
分子 #33: 40S ribosomal protein S22-A

分子名称: 40S ribosomal protein S22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.650062 KDa
配列文字列:
MTRSSVLADA LNAINNAEKT GKRQVLIRPS SKVIIKFLQV MQKHGYIGEF EYIDDHRSGK IVVQLNGRLN KCGVISPRFN VKIGDIEKW TANLLPARQF GYVILTTSAG IMDHEEARRK HVSGKILGFV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8A

+
分子 #34: 40S ribosomal protein S23-A

分子名称: 40S ribosomal protein S23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 16.073896 KDa
配列文字列:
MGKGKPRGLN SARKLRVHRR NNRWAENNYK KRLLGTAFKS SPFGGSSHAK GIVLEKLGIE SKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VSLLALWKEK KEKPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12A

+
分子 #35: 40S ribosomal protein S24-A

分子名称: 40S ribosomal protein S24-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.362848 KDa
配列文字列:
MSDAVTIRTR KVISNPLLAR KQFVVDVLHP NRANVSKDEL REKLAEVYKA EKDAVSVFGF RTQFGGGKSV GFGLVYNSVA EAKKFEPTY RLVRYGLAEK VEKASRQQRK QKKNRDKKIF GTGKRLAKKV ARRNAD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24A

+
分子 #36: 40S ribosomal protein S25-A

分子名称: 40S ribosomal protein S25-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 12.067272 KDa
配列文字列:
MPPKQQLSKA AKAAAALAGG KKSKKKWSKK SMKDRAQHAV ILDQEKYDRI LKEVPTYRYV SVSVLVDRLK IGGSLARIAL RHLEKEGII KPISKHSKQA IYTRATASE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25A

+
分子 #11: 20S ribosomal RNA

分子名称: 20S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 11 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 579.761938 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA AUACAUGCUU AAAAUCUCGA CCCUUUGGAA GAGAUGUAUU UAUUAGAUAA AAAAUCAAUG UCUUCGGACU CU UUGAUGA UUCAUAAUAA CUUUUCGAAU CGCAUGGCCU UGUGCUGGCG AUGGUUCAUU CAAAUUUCUG CCCUAUCAAC UUU CGAUGG UAGGAUAGUG GCCUACCAUG GUUUCAACGG GUAACGGGGA AUAAGGGUUC GAUUCCGGAG AGGGAGCCUG AGAA ACGGC UACCACAUCC AAGGAAGGCA GCAGGCGCGC AAAUUACCCA AUCCUAAUUC AGGGAGGUAG UGACAAUAAA UAACG AUAC AGGGCCCAUU CGGGUCUUGU AAUUGGAAUG AGUACAAUGU AAAUACCUUA ACGAGGAACA AUUGGAGGGC AAGUCU GGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAU AGCGUAUAUU AAAGUUGUUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GAACUUU GG GCCCGGUUGG CCGGUCCGAU UUUUUCGUGU ACUGGAUUUC CAACGGGGCC UUUCCUUCUG GCUAACCUUG AGUCCUUG U GGCUCUUGGC GAACCAGGAC UUUUACUUUG AAAAAAUUAG AGUGUUCAAA GCAGGCGUAU UGCUCGAAUA UAUUAGCAU GGAAUAAUAG AAUAGGACGU UUGGUUCUAU UUUGUUGGUU UCUAGGACCA UCGUAAUGAU UAAUAGGGAC GGUCGGGGGC AUCAGUAUU CAAUUGUCAG AGGUGAAAUU CUUGGAUUUA UUGAAGACUA ACUACUGCGA AAGCAUUUGC CAAGGACGUU U UCAUUAAU CAAGAACGAA AGUUAGGGGA UCGAAGAUGA UCAGAUACCG UCGUAGUCUU AACCAUAAAC UAUGCCGACU AG GGAUCGG GUGGUGUUUU UUUAAUGACC CACUCGGCAC CUUACGAGAA AUCAAAGUCU UUGGGUUCUG GGGGGAGUAU GGU CGCAAG GCUGAAACUU AAAGGAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGA GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGG GAAAC UCACCAGGUC CAGACACAAU AAGGAUUGAC AGAUUGAGAG CUCUUUCUUG AUUUUGUGGG UGGUGGUGCA UGGCC GUUC UUAGUUGGUG GAGUGAUUUG UCUGCUUAAU UGCGAUAACG AACGAGACCU UAACCUACUA AAUAGUGGUG CUAGCA UUU GCUGGUUAUC CACUUCUUAG AGGGACUAUC GGUUUCAAGC CGAUGGAAGU UUGAGGCAAU AACAGGUCUG UGAUGCC CU UAGACGUUCU GGGCCGCACG CGCGCUACAC UGACGGAGCC AGCGAGUCUA ACCUUGGCCG AGAGGUCUUG GUAAUCUU G UGAAACUCCG UCGUGCUGGG GAUAGAGCAU UGUAAUUAUU GCUCUUCAAC GAGGAAUUCC UAGUAAGCGC AAGUCAUCA GCUUGCGUUG AUUACGUCCC UGCCCUUUGU ACACACCGCC CGUCGCUAGU ACCGAUUGAA UGGCUUAGUG AGGCCUCAGG AUCUGCUUA GAGAAGGGGG CAACUCCAUC UCAGAGCGGA GAAUUUGGAC AAACUUGGUC AUUUAGAGGA ACUAAAAGUC G UAACAAGG UUUCCGUAGG UGAACCUGCG GAAGGAUCAU UA

GENBANK: GENBANK: CP011558.1

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分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #38: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 46 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 165168
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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