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- EMDB-42018: The structure of the PP2A-B56Delta holoenzyme mutant - E197K -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42018
タイトルThe structure of the PP2A-B56Delta holoenzyme mutant - E197K
マップデータ
試料
  • 複合体: Protein Phosphatase 2A B56 Delta holoenzyme mutant - E197K
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit delta isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードcomplex / phosphatase / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation ...meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation / peptidyl-threonine dephosphorylation / positive regulation of microtubule binding / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein antigen binding / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / ERKs are inactivated / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / protein serine/threonine phosphatase activity / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of cell differentiation / ERK/MAPK targets / T cell homeostasis / protein phosphatase activator activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / mesoderm development / phosphoprotein phosphatase activity / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / lateral plasma membrane / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of protein dephosphorylation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / protein dephosphorylation / meiotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / response to lead ion / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / regulation of protein phosphorylation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / PKR-mediated signaling / tau protein binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / spindle pole / Negative regulation of MAPK pathway / Separation of Sister Chromatids / Cyclin D associated events in G1 / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of TP53 Degradation / nervous system development / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein-containing complex assembly / intracellular signal transduction / neuron projection / membrane raft / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / signal transduction / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / : / HEAT repeat / HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 ...Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / : / HEAT repeat / HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit delta isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wu CG / Xing Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM137090-01 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: B56δ long-disordered arms form a dynamic PP2A regulation interface coupled with global allostery and Jordan's syndrome mutations.
著者: Cheng-Guo Wu / Vijaya K Balakrishnan / Ronald A Merrill / Pankaj S Parihar / Kirill Konovolov / Yu-Chia Chen / Zhen Xu / Hui Wei / Ramya Sundaresan / Qiang Cui / Brian E Wadzinski / Mark R ...著者: Cheng-Guo Wu / Vijaya K Balakrishnan / Ronald A Merrill / Pankaj S Parihar / Kirill Konovolov / Yu-Chia Chen / Zhen Xu / Hui Wei / Ramya Sundaresan / Qiang Cui / Brian E Wadzinski / Mark R Swingle / Alla Musiyenko / Wendy K Chung / Richard E Honkanen / Aussie Suzuki / Xuhui Huang / Stefan Strack / Yongna Xing /
要旨: Intrinsically disordered regions (IDR) and short linear motifs (SLiMs) play pivotal roles in the intricate signaling networks governed by phosphatases and kinases. B56δ (encoded by ) is a regulatory ...Intrinsically disordered regions (IDR) and short linear motifs (SLiMs) play pivotal roles in the intricate signaling networks governed by phosphatases and kinases. B56δ (encoded by ) is a regulatory subunit of protein phosphatase 2A (PP2A) with long IDRs that harbor a substrate-mimicking SLiM and multiple phosphorylation sites. De novo missense mutations in cause intellectual disabilities (ID), macrocephaly, Parkinsonism, and a broad range of neurological symptoms. Our single-particle cryo-EM structures of the PP2A-B56δ holoenzyme reveal that the long, disordered arms at the B56δ termini fold against each other and the holoenzyme core. This architecture suppresses both the phosphatase active site and the substrate-binding protein groove, thereby stabilizing the enzyme in a closed latent form with dual autoinhibition. The resulting interface spans over 190 Å and harbors unfavorable contacts, activation phosphorylation sites, and nearly all residues with ID-associated mutations. Our studies suggest that this dynamic interface is coupled to an allosteric network responsive to phosphorylation and altered globally by mutations. Furthermore, we found that ID mutations increase the holoenzyme activity and perturb the phosphorylation rates, and the severe variants significantly increase the mitotic duration and error rates compared to the normal variant.
履歴
登録2023年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42018.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.068 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-0.75342786 - 1.2787349
平均 (標準偏差)0.0002909812 (±0.037486028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42018_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42018_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein Phosphatase 2A B56 Delta holoenzyme mutant - E197K

全体名称: Protein Phosphatase 2A B56 Delta holoenzyme mutant - E197K
要素
  • 複合体: Protein Phosphatase 2A B56 Delta holoenzyme mutant - E197K
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit delta isoform
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

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超分子 #1: Protein Phosphatase 2A B56 Delta holoenzyme mutant - E197K

超分子名称: Protein Phosphatase 2A B56 Delta holoenzyme mutant - E197K
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.378344 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAADGDDSL YPIAVLIDEL RNEDVQLRLN SIKKLSTIAL ALGVERTRSE LLPFLTDTIY DEDEVLLALA EQLGTFTTLV GGPEYVHCL LPPLESLATV EETVVRDKAV ESLRAISHEH SPSDLEAHFV PLVKRLAGGD WFTSRTSACG LFSVCYPRVS S AVKAELRQ ...文字列:
MAAADGDDSL YPIAVLIDEL RNEDVQLRLN SIKKLSTIAL ALGVERTRSE LLPFLTDTIY DEDEVLLALA EQLGTFTTLV GGPEYVHCL LPPLESLATV EETVVRDKAV ESLRAISHEH SPSDLEAHFV PLVKRLAGGD WFTSRTSACG LFSVCYPRVS S AVKAELRQ YFRNLCSDDT PMVRRAAASK LGEFAKVLEL DNVKSEIIPM FSNLASDEQD SVRLLAVEAC VNIAQLLPQE DL EALVMPT LRQAAEDKSW RVRYMVADKF TELQKAVGPE ITKTDLVPAF QNLMKDCEAE VRAAASHKVK EFCENLSADC REN VIMSQI LPCIKELVSD ANQHVKSALA SVIMGLSPIL GKDNTIEHLL PLFLAQLKDE CPEVRLNIIS NLDCVNEVIG IRQL SQSLL PAIVELAEDA KWRVRLAIIE YMPLLAGQLG VEFFDEKLNS LCMAWLVDHV YAIREAATSN LKKLVEKFGK EWAHA TIIP KVLAMSGDPN YLHRMTTLFC INVLSEVCGQ DITTKHMLPT VLRMAGDPVA NVRFNVAKSL QKIGPILDNS TLQSEV KPI LEKLTQDQDV DVKYFAQEAL TVLSLA

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

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分子 #2: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit delta isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.089742 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPYKLKKEKE PPKVAKCTAK PSSSGKDGGG ENTEEAQPQP QPQPQPQAQS QPPSSNKRPS NSTPPPTQLS KIKYSGGPQI VKKERRQSS SRFNLSKNRE LQKLPALKDS PTQEREELFI QKLRQCCVLF DFVSDPLSDL KFKEVKRAGL NEMVEYITHS R DVVTEAIY ...文字列:
MPYKLKKEKE PPKVAKCTAK PSSSGKDGGG ENTEEAQPQP QPQPQPQAQS QPPSSNKRPS NSTPPPTQLS KIKYSGGPQI VKKERRQSS SRFNLSKNRE LQKLPALKDS PTQEREELFI QKLRQCCVLF DFVSDPLSDL KFKEVKRAGL NEMVEYITHS R DVVTEAIY PEAVTMFSVN LFRTLPPSSN PTGAEFDPKE DEPTLEAAWP HLQLVYEFFL RFLESPDFQP NIAKKYIDQK FV LALLDLF DSEDPRERDF LKTILHRIYG KFLGLRAYIR RQINHIFYRF IYETEHHNGI AELLEILGSI INGFALPLKE EHK MFLIRV LLPLHKVKSL SVYHPQLAYC VVQFLEKESS LTEPVIVGLL KFWPKTHSPK EVMFLNELEE ILDVIEPSEF SKVM EPLFR QLAKCVSSPH FQVAERALYY WNNEYIMSLI SDNAARVLPI MFPALYRNSK SHWNKTIHGL IYNALKLFME MNQKL FDDC TQQYKAEKQK GRFRMKEREE MWQKIEELAR LNPQYPMFRA PPPLPPVYSM ETETPTAEDI QLLKRTVETE AVQMLK DIK KEKVLLRRKS ELPQDVYTIK ALEAHKRAEE FLTASQEAL

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit delta isoform

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分子 #3: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha i...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-serine/threonine phosphatase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.636152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDEKVFTKEL DQWIEQLNEC KQLSESQVKS LCEKAKEILT KESNVQEVRC PVTVCGDVHG QFHDLMELFR IGGKSPDTNY LFMGDYVDR GYYSVETVTL LVALKVRYRE RITILRGNHE SRQITQVYGF YDECLRKYGN ANVWKYFTDL FDYLPLTALV D GQIFCLHG ...文字列:
MDEKVFTKEL DQWIEQLNEC KQLSESQVKS LCEKAKEILT KESNVQEVRC PVTVCGDVHG QFHDLMELFR IGGKSPDTNY LFMGDYVDR GYYSVETVTL LVALKVRYRE RITILRGNHE SRQITQVYGF YDECLRKYGN ANVWKYFTDL FDYLPLTALV D GQIFCLHG GLSPSIDTLD HIRALDRLQE VPHEGPMCDL LWSDPDDRGG WGISPRGAGY TFGQDISETF NHANGLTLVS RA HQLVMEG YNWCHDRNVV TIFSAPNYCY RCGNQAAIME LDDTLKYSFL QFDPAPRRGE PHVTRRTPDY FL

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

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分子 #4: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated by cryoSparc
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 276448
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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