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- EMDB-41661: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA complex in Apo ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41661
タイトルCryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA complex in Apo state conformation I
マップデータ
試料
  • 複合体: Ctf18-RFC-PCNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCtf18 / RFC2-5 / PCNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / telomere tethering at nuclear periphery ...DNA clamp unloading / Rad17 RFC-like complex / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / telomere tethering at nuclear periphery / DNA replication factor C complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / PCNA complex / Translesion Synthesis by POLH / DNA replication checkpoint signaling / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / leading strand elongation / DNA polymerase processivity factor activity / nuclear replication fork / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / DNA replication initiation / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / translesion synthesis / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA repair / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site ...Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Yuan Z / Georgescu R / O'Donnell M / Li H
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)M.E.O. 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of PCNA loading by Ctf18-RFC for leading-strand DNA synthesis.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Olga Yurieva / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific ...The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific to the leading-strand Pol (Polε). We reveal here the underlying mechanism of Ctf18-RFC specificity to Polε using cryo-electron microscopy and biochemical studies. We found that both Ctf18-RFC and Polε contain specific structural features that direct PCNA loading onto DNA. Unlike other clamp loaders, Ctf18-RFC has a disordered ATPase associated with a diverse cellular activities (AAA+) motor that requires Polε to bind and stabilize it for efficient PCNA loading. In addition, Ctf18-RFC can pry prebound Polε off of DNA, then load PCNA onto DNA and transfer the PCNA-DNA back to Polε. These elements in both Ctf18-RFC and Polε provide specificity in loading PCNA onto DNA for Polε.
履歴
登録2023年8月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41661.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41661.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 200 pix.
= 165.6 Å		0.83 Å/pix.
x 200 pix.
= 165.6 Å		0.83 Å/pix.
x 200 pix.
= 165.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013
最小 - 最大-0.025812509 - 0.05998623
平均 (標準偏差)0.0011039637 (±0.004365029)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 165.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41661_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_41661_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ctf18-RFC-PCNA complex

全体名称: Ctf18-RFC-PCNA complex
要素
  • 複合体: Ctf18-RFC-PCNA complex
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18
    • タンパク質・ペプチド: Proliferating cell nuclear antigen
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Ctf18-RFC-PCNA complex

超分子名称: Ctf18-RFC-PCNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.993582 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI ...文字列:
MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI MVCDSMSPII APIKSRCLLI RCPAPSDSEI STILSDVVTN ERIQLETKDI LKRIAQASNG NLRVSLLMLE SM ALNNELA LKSSSPIIKP DWIIVIHKLT RKIVKERSVN SLIECRAVLY DLLAHCIPAN IILKELTFSL LDVETLNTTN KSS IIEYSS VFDERLSLGN KAIFHLEGFI AKVMCCLD

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

+
分子 #2: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 35.368012 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: QLPWVEKYRP QVLSDIVGNK ETIDRLQQIA KDGNMPHMII SGMPGIGKTT SVHCLAHELL GRSYADGVLE LNASDDRGID VVRNQIKHF AQKKLHLPPG KHKIVILDEA DSMTAGAQQA LRRTMELYSN STRFAFACNQ SNKIIEPLQS RCAILRYSKL S DEDVLKRL ...文字列:
QLPWVEKYRP QVLSDIVGNK ETIDRLQQIA KDGNMPHMII SGMPGIGKTT SVHCLAHELL GRSYADGVLE LNASDDRGID VVRNQIKHF AQKKLHLPPG KHKIVILDEA DSMTAGAQQA LRRTMELYSN STRFAFACNQ SNKIIEPLQS RCAILRYSKL S DEDVLKRL LQIIKLEDVK YTNDGLEAII FTAEGDMRQA INNLQSTVAG HGLVNADNVF KIVDSPHPLI VKKMLLASNL ED SIQILRT DLWKKGYSSI DIVTTSFRVT KNLAQVKESV RLEMIKEIGL THMRILEGVG TYLQLASMLA KIHKLNNK

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

+
分子 #3: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.818879 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SKENLPWVEK YRPETLDEVY GQNEVITTVR KFVDEGKLPH LLFYGPPGTG KTSTIVALAR EIYGKNYSNM VLELNASDDR GIDVVRNQI KDFASTRQIF SKGFKLIILD EADAMTNAAQ NALRRVIERY TKNTRFCVLA NYAHKLTPAL LSRCTRFRFQ P LPQEAIER ...文字列:
SKENLPWVEK YRPETLDEVY GQNEVITTVR KFVDEGKLPH LLFYGPPGTG KTSTIVALAR EIYGKNYSNM VLELNASDDR GIDVVRNQI KDFASTRQIF SKGFKLIILD EADAMTNAAQ NALRRVIERY TKNTRFCVLA NYAHKLTPAL LSRCTRFRFQ P LPQEAIER RIANVLVHEK LKLSPNAEKA LIELSNGDMR RVLNVLQSCK ATLDNPDEDE ISDDVIYECC GAPRPSDLKA VL KSILEDD WGTAHYTLNK VRSAKGLALI DLIEGIVKIL EDYELQNEET RVHLLTKLAD IEYSISKGGN DQIQGSAVIG AIK ASFENE T

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

+
分子 #4: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.256617 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: SKLAAEQSLA QQPWVEKYRP KNLDEVTAQD HAVTVLKKTL KSANLPHMLF YGPPGTGKTS TILALTKELY GPDLMKSRIL ELNASDERG ISIVREKVKN FARLTVSKPS KHDLENYPCP PYKIIILDEA DSMTADAQSA LRRTMETYSG VTRFCLICNY V TRIIDPLA ...文字列:
SKLAAEQSLA QQPWVEKYRP KNLDEVTAQD HAVTVLKKTL KSANLPHMLF YGPPGTGKTS TILALTKELY GPDLMKSRIL ELNASDERG ISIVREKVKN FARLTVSKPS KHDLENYPCP PYKIIILDEA DSMTADAQSA LRRTMETYSG VTRFCLICNY V TRIIDPLA SRCSKFRFKA LDASNAIDRL RFISEQENVK CDDGVLERIL DISAGDLRRG ITLLQSASKG AQYLGDGKNI TS TQVEELA GVVPHDILIE IVEKVKSGDF DEIKKYVNTF MKSGWSAASV VNQLHEYYIT NDNFDTNFKN QISWLLFTTD SRL NNGTNE HIQLLNLLVK ISQL

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

+
分子 #5: Chromosome transmission fidelity protein 18

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.1825 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: NTWASSNKDS PISWFKIVNQ LFRKDPHRDI KEQFYELLNQ VELNGNSDRI LQGCFNIFPY VKYSDNGIRK PANISDWLFF HDLMYQSMY AHNGELLRYS ALVPLVFFQT FGDIANKDDI RMKNSEYEQR ELKRANSDIV SLIMRHISVQ SPLMASFTDR K SLIFEILP ...文字列:
NTWASSNKDS PISWFKIVNQ LFRKDPHRDI KEQFYELLNQ VELNGNSDRI LQGCFNIFPY VKYSDNGIRK PANISDWLFF HDLMYQSMY AHNGELLRYS ALVPLVFFQT FGDIANKDDI RMKNSEYEQR ELKRANSDIV SLIMRHISVQ SPLMASFTDR K SLIFEILP YLDSMISSDF NKIRNLKLKQ AIMEELVQLL KSFQLNLIQN RSEGFDVRGG LTIDPPIDEV VLLNPKHINE VQ HKRANNL SSLLAKIEEN R

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 18

+
分子 #6: Proliferating cell nuclear antigen

分子名称: Proliferating cell nuclear antigen / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.944051 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MLEAKFEEAS LFKRIIDGFK DCVQLVNFQC KEDGIIAQAV DDSRVLLVSL EIGVEAFQEY RCDHPVTLGM DLTSLSKILR CGNNTDTLT LIADNTPDSI ILLFEDTKKD RIAEYSLKLM DIDADFLKIE ELQYDSTLSL PSSEFSKIVR DLSQLSDSIN I MITKETIK ...文字列:
MLEAKFEEAS LFKRIIDGFK DCVQLVNFQC KEDGIIAQAV DDSRVLLVSL EIGVEAFQEY RCDHPVTLGM DLTSLSKILR CGNNTDTLT LIADNTPDSI ILLFEDTKKD RIAEYSLKLM DIDADFLKIE ELQYDSTLSL PSSEFSKIVR DLSQLSDSIN I MITKETIK FVADGDIGSG SVIIKPFVDM EHPETSIKLE MDQPVDLTFG AKYLLDIIKG SSLSDRVGIR LSSEAPALFQ FD LKSGFLQ FFLAPKFNDE E

UniProtKB: Proliferating cell nuclear antigen

+
分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 92266
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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