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- EMDB-41636: Ghanaian virus fusion glycoprotein (GhV F) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41636
タイトルGhanaian virus fusion glycoprotein (GhV F)
マップデータ
試料
  • 複合体: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGhV F / Glycoprotein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Inhibitor / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lyase activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0 / 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Henipavirus ghanaense (ウイルス) / Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Park YJ / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structure and design of Langya virus glycoprotein antigens.
著者: Zhaoqian Wang / Matthew McCallum / Lianying Yan / Cecily A Gibson / William Sharkey / Young-Jun Park / Ha V Dang / Moushimi Amaya / Ashley Person / Christopher C Broder / David Veesler /
要旨: Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which ...Langya virus (LayV) is a recently discovered henipavirus (HNV), isolated from febrile patients in China. HNV entry into host cells is mediated by the attachment (G) and fusion (F) glycoproteins which are the main targets of neutralizing antibodies. We show here that the LayV F and G glycoproteins promote membrane fusion with human, mouse, and hamster target cells using a different, yet unknown, receptor than Nipah virus (NiV) and Hendra virus (HeV) and that NiV- and HeV-elicited monoclonal and polyclonal antibodies do not cross-react with LayV F and G. We determined cryoelectron microscopy structures of LayV F, in the prefusion and postfusion states, and of LayV G, revealing their conformational landscape and distinct antigenicity relative to NiV and HeV. We computationally designed stabilized LayV G constructs and demonstrate the generalizability of an HNV F prefusion-stabilization strategy. Our data will support the development of vaccines and therapeutics against LayV and closely related HNVs.
履歴
登録2023年8月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41636.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41636.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 67 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 260 pix.
= 260. Å		1 Å/pix.
x 260 pix.
= 260. Å		1 Å/pix.
x 260 pix.
= 260. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-4.2997975 - 5.6787806
平均 (標準偏差)0.002704572 (±0.15169315)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ260260260
Spacing260260260
セルA=B=C: 260.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_41636_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41636_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41636_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via a...

全体名称: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker
要素
  • 複合体: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via a...

超分子名称: Prefusion Ghanian henipavirus F fused to the I53-50A trimer via an intervening 16 GS linker
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Henipavirus ghanaense (ウイルス)

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase...

分子名称: Fusion glycoprotein F0,2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) / 株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8
分子量理論値: 96.991531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKKKTDNPTI SKRGHNHSRG IKSRALLRET DNYSNGLIVE NLVRNCHHPS KNNLNYTKTQ KRDSTIPYRV EERKGHYPKI KHLIDKSYK HIKRGKRRNG HNGNIITIIL LLILILKTQM SEGAIHYETL SKIGLIKGIT REYKVKGTPS SKDIVIKLIP N VTGLNKCT ...文字列:
MKKKTDNPTI SKRGHNHSRG IKSRALLRET DNYSNGLIVE NLVRNCHHPS KNNLNYTKTQ KRDSTIPYRV EERKGHYPKI KHLIDKSYK HIKRGKRRNG HNGNIITIIL LLILILKTQM SEGAIHYETL SKIGLIKGIT REYKVKGTPS SKDIVIKLIP N VTGLNKCT NISMENYKEQ LDKILIPINN IIELYANSTK SAPGNARFAG VIIAGVALGV AAAAQITAGI ALHEARQNAE RI NLLKDSI SATNNAVAEL QEATGGIVNV ITGMQDYINT NLVPQIDKLQ CSQIKTALDI SLSQYYSEIL TVFGPNLQNP VTT SMSIQA ISQSFGGNID LLLNLLGYTA NDLLDLLESK SITGQITYIN LEHYFMVIRV YYPIMTTISN AYVQELIKIS FNVD GSEWV SLVPSYILIR NSYLSNIDIS ECLITKNSVI CRHDFAMPMS YTLKECLTGD TEKCPREAVV TSYVPRFAIS GGVIY ANCL STTCQCYQTG KVIAQDGSQT LMMIDNQTCS IVRIEEILIS TGKYLGSQEY NTMHVSVGNP VFTDKLDITS QISNIN QSI EQSKFYLDKS KAILDKINLN LIGMKQIEDK IEEILSKIYH IENEIARIKK LIGEAPGGIE GRGGSGSGGS GGSGSEK AA KAEEAARKME ELFKKHKIVA VLRANSVEEA IEKAVAVFAG GVHLIEITFT VPDADTVIKA LSVLKEKGAI IGAGTVTS V EQARKAVESG AEFIVSPHLD EEISQFAKEK GVFYMPGVMT PTELVKAMKL GHTILKLFPG EVVGPQFVKA MKGPFPNVK FVPTGGVNLD NVAEWFKAGV LAVGVGSALV KGTPDEVREK AKAFVEKIRG ATEGGSGGSH HHHHHGSGGG SGLNDIFEAQ KIEWHE

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0, 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 60207
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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