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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41625 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Type IV pilus from Pseudomonas PAO1 strain | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Type IV pilus from Pseudomonas PAO1 strain | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Type IV pilus / T4P / PAO1 / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type IV pilus / type IV pilus-dependent motility / single-species biofilm formation on inanimate substrate / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / regulation of calcium-mediated signaling / host cell endoplasmic reticulum membrane / cell surface / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Thongchol J / Zhang J / Zeng L | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Removal of type IV pili by a small RNA virus. 著者: Jirapat Thongchol / Zihao Yu / Laith Harb / Yiruo Lin / Matthias Koch / Matthew Theodore / Utkarsh Narsaria / Joshua Shaevitz / Zemer Gitai / Yinghao Wu / Junjie Zhang / Lanying Zeng / 要旨: The retractile type IV pilus (T4P) is important for virulence of the opportunistic human pathogen . The single-stranded RNA (ssRNA) phage PP7 binds to T4P and is brought to the cell surface through ...The retractile type IV pilus (T4P) is important for virulence of the opportunistic human pathogen . The single-stranded RNA (ssRNA) phage PP7 binds to T4P and is brought to the cell surface through pilus retraction. Using fluorescence microscopy, we discovered that PP7 detaches T4P, which impairs cell motility and restricts the pathogen's virulence. Using cryo-electron microscopy, mutagenesis, optical trapping, and Langevin dynamics simulation, we resolved the structure of PP7, T4P, and the PP7/T4P complex and showed that T4P detachment is driven by the affinity between the phage maturation protein and its bound pilin, plus the pilus retraction force and speed, and pilus bending. Pilus detachment may be widespread among other ssRNA phages and their retractile pilus systems and offers new prospects for antibacterial prophylaxis and therapeutics. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41625.map.gz | 88.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41625-v30.xml emd-41625.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41625_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41625.png | 32.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41625.cif.gz | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41625 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41625 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41625_validation.pdf.gz | 548.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41625_full_validation.pdf.gz | 547.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41625_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41625_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41625 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41625 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tumMC 8tuwC 8tuxC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41625.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Type IV pilus from Pseudomonas PAO1 strain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Type IV twitching pilus
全体 | 名称: Type IV twitching pilus |
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要素 |
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-超分子 #1: Type IV twitching pilus
超分子 | 名称: Type IV twitching pilus / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: Type IV major pilin protein PilA
分子 | 名称: Type IV major pilin protein PilA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1 |
分子量 | 理論値: 14.878889 KDa |
配列 | 文字列: FTLIELMIVV AIIGILAAIA IPQYQNYVAR SEGASALATI NPLKTTVEES LSRGIAGSKI KIGTTASTAT ETYVGVEPDA NKLGVIAVA IEDSGAGDIT FTFQTGTSSP KNATKVITLN RTADGVWACK STQDPMFTPK GCDN UniProtKB: Type IV major pilin protein PilA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 1.0 x / 構成要素 - 名称: PBS 詳細: 137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 8 mM Na2HPO4, and 2 mM KH2PO4, pH 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5085 / 平均電子線量: 50.85 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |