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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41587 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human MRS2 with Mg2+ | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | mitochondria / pentamer / cation channel / METAL TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial magnesium ion transmembrane transport / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / lactate metabolic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding ...mitochondrial magnesium ion transmembrane transport / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / lactate metabolic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | |||||||||
データ登録者 | He Z / Mount JW / Zhang J / Yuan P | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human mitochondrial MRS2 is a Ca2+-regulated nonselective cation channel 著者: He Z / Tu Y / Tsai C / Mount JW / Zhang J / Tsai M / Yuan P | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41587.map.gz | 27.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41587-v30.xml emd-41587.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_41587.png | 99.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41587.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_41587_additional_1.map.gz emd_41587_half_map_1.map.gz emd_41587_half_map_2.map.gz | 26.3 MB 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41587 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41587_validation.pdf.gz | 667.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41587_full_validation.pdf.gz | 667 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41587_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41587_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41587 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41587 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_41587_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41587_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41587_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : hMRS2-BRIL with Mg2+
全体 | 名称: hMRS2-BRIL with Mg2+ |
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要素 |
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-超分子 #1: hMRS2-BRIL with Mg2+
超分子 | 名称: hMRS2-BRIL with Mg2+ / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Magnesium transporter MRS2 homolog, mitochondrial, Soluble cytoch...
分子 | 名称: Magnesium transporter MRS2 homolog, mitochondrial, Soluble cytochrome b562 fusion protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 55.471691 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MVAGEVHRFR TSDVSQATLA SVAPVFTVTK FDKQGNVTSF ERKKTELYQE LGLQARDLRF QHVMSITVRN NRIIMRMEYL KAVITPECL LILDYRNLNL EQWLFRELPS QLSGEGQLVT YPLPFEFRAI EALLQYWINT LQGKLSILQP LILETLDALV D PKHSSVDR ...文字列: MVAGEVHRFR TSDVSQATLA SVAPVFTVTK FDKQGNVTSF ERKKTELYQE LGLQARDLRF QHVMSITVRN NRIIMRMEYL KAVITPECL LILDYRNLNL EQWLFRELPS QLSGEGQLVT YPLPFEFRAI EALLQYWINT LQGKLSILQP LILETLDALV D PKHSSVDR SKLHILLQNG KSLSELETDI KIFKESILEI LDEEELLEEL CVSKWSDPQV FEKSSAGIDH AEEMELLLEN YY RLADDLS NAARELRVLI DDSQSIIFIN LDSHRNVMMR LNLQLTMGTF SLSLFGLMGV AFGMNLESSL EEDHRIFWLI TGI MFMGSG LIWRRLLSFL GRQLEAPLPP MMASLPKKTL LADRSMELKN SLRLDADLED NWETLNDNLK VIEKADNAAQ VKDA LTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRHG FDILVGQIDD ALKLANEGKV KEAQAAAEQL KTTRNAYIQK YLSNS LEVL FQ UniProtKB: Magnesium transporter MRS2 homolog, mitochondrial, Soluble cytochrome b562 |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 40 mM MgCl2 and 0.04 mM GDN | |||||||||||||||
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 2631 / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 120000 |