+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41579 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of full-length LexA bound to a RecA filament | |||||||||
マップデータ | Sharpened map used for model building and refinement | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Damage response / signal transduction / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 repressor LexA / DNA polymerase V complex / homologous recombination / recombinational repair / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA-binding transcription repressor activity / response to ionizing radiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis ...repressor LexA / DNA polymerase V complex / homologous recombination / recombinational repair / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / DNA-binding transcription repressor activity / response to ionizing radiation / ATP-dependent activity, acting on DNA / translesion synthesis / protein-DNA complex / cell motility / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / DNA replication / damaged DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / serine-type endopeptidase activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / proteolysis / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Cory MB / Li A / Kohli RM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: The LexA-RecA* structure reveals a cryptic lock-and-key mechanism for SOS activation. 著者: Michael B Cory / Allen Li / Christina M Hurley / Peter J Carman / Ruth A Pumroy / Zachary M Hostetler / Ryann M Perez / Yarra Venkatesh / Xinning Li / Kushol Gupta / E James Petersson / Rahul M Kohli / 要旨: The bacterial SOS response plays a key role in adaptation to DNA damage, including genomic stress caused by antibiotics. SOS induction begins when activated RecA*, an oligomeric nucleoprotein ...The bacterial SOS response plays a key role in adaptation to DNA damage, including genomic stress caused by antibiotics. SOS induction begins when activated RecA*, an oligomeric nucleoprotein filament that forms on single-stranded DNA, binds to and stimulates autoproteolysis of the repressor LexA. Here, we present the structure of the complete Escherichia coli SOS signal complex, constituting full-length LexA bound to RecA*. We uncover an extensive interface unexpectedly including the LexA DNA-binding domain, providing a new molecular rationale for ordered SOS gene induction. We further find that the interface involves three RecA subunits, with a single residue in the central engaged subunit acting as a molecular key, inserting into an allosteric binding pocket to induce LexA cleavage. Given the pro-mutagenic nature of SOS activation, our structural and mechanistic insights provide a foundation for developing new therapeutics to slow the evolution of antibiotic resistance. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41579.map.gz | 57.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-41579-v30.xml emd-41579.xml | 25.4 KB 25.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41579_fsc.xml emd_41579_fsc_2.xml | 8.4 KB 8.4 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41579.png | 84.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-41579.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_41579_additional_1.map.gz emd_41579_half_map_1.map.gz emd_41579_half_map_2.map.gz | 32.5 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41579 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41579_validation.pdf.gz | 783.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_41579_full_validation.pdf.gz | 783.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41579_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41579_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41579 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8trgMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Sharpened map used for model building and refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened final map from data processing
ファイル | emd_41579_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened final map from data processing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of final map
ファイル | emd_41579_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map of final map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map of final map
ファイル | emd_41579_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map of final map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SOS Signal Complex consisting of RecA, ssDNA, and LexA
全体 | 名称: SOS Signal Complex consisting of RecA, ssDNA, and LexA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SOS Signal Complex consisting of RecA, ssDNA, and LexA
超分子 | 名称: SOS Signal Complex consisting of RecA, ssDNA, and LexA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 480 KDa |
-超分子 #2: RecA* activated filament
超分子 | 名称: RecA* activated filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
-超分子 #3: LexA Dimer
超分子 | 名称: LexA Dimer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
-分子 #1: Protein RecA
分子 | 名称: Protein RecA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 41.119551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH HHHHHHSSGE NLYFQGMAID ENKQKALAAA LGQIEKQFGK GSIMRLGEDR SMDVETISTG SLSLDIALGA GGLPMGRIV EIYGPESSGK TTLTLQVIAA AQREGKTCAF IDAEHALDPI YARKLGVDID NLLCSQPDTG EQALEICDAL A RSGAVDVI ...文字列: MGSSHHHHHH HHHHHHSSGE NLYFQGMAID ENKQKALAAA LGQIEKQFGK GSIMRLGEDR SMDVETISTG SLSLDIALGA GGLPMGRIV EIYGPESSGK TTLTLQVIAA AQREGKTCAF IDAEHALDPI YARKLGVDID NLLCSQPDTG EQALEICDAL A RSGAVDVI VVDSVAALTP KAEIEGEIGD SHMGLAARMM SQAMRKLAGN LKQSNTLLIF INQIRMKIGV MFGNPETTTG GN ALKFYAS VRLDIRRIGA VKEGENVVGS ETRVKVVKNK IAAPFKQAEF QILYGEGINF YGELVDLGVK EKLIEKAGAW YSY KGEKIG QGKANATAWL KDNPETAKEI EKKVRELLLS NPNSTPDFSV DDSEGVAETN EDF UniProtKB: Protein RecA |
-分子 #2: LexA repressor
分子 | 名称: LexA repressor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 22.612887 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSHMKALTAR QQEVFDLIRD HISQTGMPPT RAEIAQRLGF RSPNAAEEHL KALARKGVIE IVSGASRGIR LLQEEEEGLP LVGRVAAGE PLLAQQHIEG HYQVDPSLFK PNADFLLRVS GMSMKDIGIM DGDLLAVHKT QDVRNGQVVV ARIDDEVTVA R LKKQGNKV ...文字列: GSHMKALTAR QQEVFDLIRD HISQTGMPPT RAEIAQRLGF RSPNAAEEHL KALARKGVIE IVSGASRGIR LLQEEEEGLP LVGRVAAGE PLLAQQHIEG HYQVDPSLFK PNADFLLRVS GMSMKDIGIM DGDLLAVHKT QDVRNGQVVV ARIDDEVTVA R LKKQGNKV ELLPENSEFK PIVVDLRQQS FTIEGLAVGV IRNGDWL UniProtKB: LexA repressor |
-分子 #3: DNA (27-MER)
分子 | 名称: DNA (27-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 8.618482 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG) (DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG) |
-分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: AGS |
---|---|
分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 70 mM Tris, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 2 mM TCEP, 0.25 mM ATPyS | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa / 詳細: 25 mA current | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time of 7.0 s; 0.0 blot force. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
詳細 | Preliminary grid screening was done manually |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2748 / 平均露光時間: 5.35 sec. / 平均電子線量: 46.2 e/Å2 / 詳細: 40 frames collected per movie |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model 詳細: The initial model was generated via benchling plugin for full-length construct sequence |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-8trg: |