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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing llama nanobody G36 targeting the CD4-binding site | |||||||||
![]() | cryo-EM density of llama nanobody G36 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP | |||||||||
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![]() | HIV-1 Envelope / antibody / nanobody / VHH / llama / BG505 DS-SOSIP / neutralization / immunization / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | |||||||||
![]() | Zhou T / Kwong PD / Xu J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing llama nanobody G36 targeting the CD4-binding site 著者: Xu J / Zhou T | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 41.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 83.7 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 78.8 MB 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 812.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM density of llama nanobody G36 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened cryo-EM density map of llama nanobody G36...
ファイル | emd_41416_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened cryo-EM density map of llama nanobody G36 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half density map of llama nanobody G36...
ファイル | emd_41416_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half density map of llama nanobody G36 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: cryo-EM half density map of llama nanobody G36...
ファイル | emd_41416_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | cryo-EM half density map of llama nanobody G36 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex between HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and llama nanobody G36
全体 | 名称: Complex between HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and llama nanobody G36 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and llama nanobody G36
超分子 | 名称: Complex between HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and llama nanobody G36 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 252 KDa |
-分子 #1: HIV-1 BG505 DS-SOSIP gp120
分子 | 名称: HIV-1 BG505 DS-SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.086324 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SACTQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV MIRSENI TNNAKNILVQ FNTPVQINCT RPNNNTRKSI RIGPGQAFYA TGDIIGDIRQ AHCNVSKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFANSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSITLPC RIKQIINMWQ RIGQ CMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRVVG RRRRR R UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #2: HIV-1 BG505 DS-SOSIP gp41
分子 | 名称: HIV-1 BG505 DS-SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 17.146482 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160 |
-分子 #3: CD4-binding site nanobody G36
分子 | 名称: CD4-binding site nanobody G36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.81927 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQESGGG SVQPGGSLRL SCAVSGLDVE SVTIGWIRQA PGKEREEVGC ISGNFDQTYY VDSVKGRFTI SRVNEENTVY LQMDNLKPE DTATYYCVTD RQFYCALHRL PVSQYRGQGT QVTVSS |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 27 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Purified complex by FPLC and concentrated to final concentration. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |