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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Complex of NPR1 ectodomain and REGN5381 Fab in an active-like state with no ANP bound | |||||||||
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![]() | Atrial natriuretic peptide / antibody / activator / pulmonary hypertension / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / body fluid secretion / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / positive regulation of renal sodium excretion / peptide receptor activity / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity ...ANPR-A receptor complex / natriuretic peptide receptor activity / positive regulation of cGMP-mediated signaling / body fluid secretion / receptor guanylyl cyclase signaling pathway / positive regulation of renal sodium excretion / peptide receptor activity / guanylate cyclase / cGMP biosynthetic process / guanylate cyclase activity / Physiological factors / regulation of vascular permeability / hormone binding / positive regulation of urine volume / G protein-coupled peptide receptor activity / adenylate cyclase activity / dopamine metabolic process / cGMP-mediated signaling / peptide hormone binding / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / negative regulation of cell growth / regulation of blood pressure / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / protein kinase activity / GTP binding / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å | |||||||||
![]() | Franklin MC / Romero Hernandez A | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Complex of NPR1 ectodomain and REGN5381 Fab in an active-like state with no ANP bound 著者: Franklin MC / Romero Hernandez A | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 107.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 123 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 105.6 MB 105.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tgaMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41234_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41234_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Active-like complex of NPR1 ectodomain and REGN5381 Fab, with no ...
全体 | 名称: Active-like complex of NPR1 ectodomain and REGN5381 Fab, with no ANP present |
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要素 |
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-超分子 #1: Active-like complex of NPR1 ectodomain and REGN5381 Fab, with no ...
超分子 | 名称: Active-like complex of NPR1 ectodomain and REGN5381 Fab, with no ANP present タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Atrial natriuretic peptide receptor 1
分子 | 名称: Atrial natriuretic peptide receptor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: guanylate cyclase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 52.263723 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GNLTVAVVLP LANTSYPWSW ARVGPAVELA LAQVKARPDL LPGWTVRTVL GSSENALGVC SDTAAPLAAV DLKWEHNPAV FLGPGCVYA AAPVGRFTAH WRVPLLTAGA PALGFGVKDE YALTTRAGPS YAKLGDFVAA LHRRLGWERQ ALMLYAYRPG D EEHCFFLV ...文字列: GNLTVAVVLP LANTSYPWSW ARVGPAVELA LAQVKARPDL LPGWTVRTVL GSSENALGVC SDTAAPLAAV DLKWEHNPAV FLGPGCVYA AAPVGRFTAH WRVPLLTAGA PALGFGVKDE YALTTRAGPS YAKLGDFVAA LHRRLGWERQ ALMLYAYRPG D EEHCFFLV EGLFMRVRDR LNITVDHLEF AEDDLSHYTR LLRTMPRKGR VIYICSSPDA FRTLMLLALE AGLCGEDYVF FH LDIFGQS LQGGQGPAPR RPWERGDGQD VSARQAFQAA KIITYKDPDN PEYLEFLKQL KHLAYEQFNF TMEDGLVNTI PAS FHDGLL LYIQAVTETL AHGGTVTDGE NITQRMWNRS FQGVTGYLKI DSSGDRETDF SLWDMDPENG AFRVVLNYNG TSQE LVAVS GRKLNWPLGY PPPDIPKCGF DNEDPACNQD HLSTLEEQKL ISEEDLGGEQ KLISEEDLHH HHHH UniProtKB: Atrial natriuretic peptide receptor 1 |
-分子 #2: REGN5381 Fab light chain
分子 | 名称: REGN5381 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.323898 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: NIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSID SYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASSLQSGVPS RFSGSGSGKD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSIPTFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK ...文字列: NIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQSID SYLNWYQQKP GKAPKLLIYV ASSLQSGVPS RFSGSGSGKD FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSYSIPTFGQ GTRLEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY PREAKVQWKV DNALQSGNSQ E SVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC |
-分子 #3: REGN5381 Fab heavy chain
分子 | 名称: REGN5381 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 24.81877 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCKASGYTFT DYYMHWVRQA PGQGLEWMGW IKPNSGGTNS AQRFQGRITM TWDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCSRG GPVMNYYYYY GMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVTV SCKASGYTFT DYYMHWVRQA PGQGLEWMGW IKPNSGGTNS AQRFQGRITM TWDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCSRG GPVMNYYYYY GMDVWGQGTT VTVSSASTKG PSVFPLAPCS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTKTYTCN VDHKPSNTKV DKRVESKYGP P |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |