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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41189 | |||||||||
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タイトル | Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena thermophila | |||||||||
マップデータ | The baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia | |||||||||
試料 |
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キーワード | complex / Cilia / axoneme / nexin-dynein regulatory complex / PROTEIN BINDING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal dynein complex / flagellated sperm motility / motile cilium ...regulation of cilium movement / axonemal dynein complex assembly / epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal dynein complex / flagellated sperm motility / motile cilium / positive regulation of cell motility / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cell projection / cell motility / small GTPase binding / cilium / microtubule binding / microtubule / cytoskeleton / Golgi apparatus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Ghanaeian AG / Black CS / Yang SK / Bui KH | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Integrated modeling of the Nexin-dynein regulatory complex reveals its regulatory mechanism. 著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M ...著者: Avrin Ghanaeian / Sumita Majhi / Caitlyn L McCafferty / Babak Nami / Corbin S Black / Shun Kai Yang / Thibault Legal / Ophelia Papoulas / Martyna Janowska / Melissa Valente-Paterno / Edward M Marcotte / Dorota Wloga / Khanh Huy Bui / 要旨: Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein ...Cilia are hairlike protrusions that project from the surface of eukaryotic cells and play key roles in cell signaling and motility. Ciliary motility is regulated by the conserved nexin-dynein regulatory complex (N-DRC), which links adjacent doublet microtubules and regulates and coordinates the activity of outer doublet complexes. Despite its critical role in cilia motility, the assembly and molecular basis of the regulatory mechanism are poorly understood. Here, using cryo-electron microscopy in conjunction with biochemical cross-linking and integrative modeling, we localize 12 DRC subunits in the N-DRC structure of Tetrahymena thermophila. We also find that the CCDC96/113 complex is in close contact with the DRC9/10 in the linker region. In addition, we reveal that the N-DRC is associated with a network of coiled-coil proteins that most likely mediates N-DRC regulatory activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41189.map.gz | 466.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41189-v30.xml emd-41189.xml | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41189_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41189.png | 92.7 KB | ||
マスクデータ | emd_41189_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_41189_half_map_1.map.gz emd_41189_half_map_2.map.gz | 412.6 MB 412.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41189 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41189_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41189_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41189_validation.xml.gz | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41189_validation.cif.gz | 33.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41189 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tekMC 8th8C 8tidC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41189_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half map of baseplate domain of N-DRC...
ファイル | emd_41189_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The half map of baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half map of baseplate domain of N-DRC...
ファイル | emd_41189_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The half map of baseplate domain of N-DRC on doublet microtubule in Tetrahymena thermophila cilia | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena the...
+超分子 #1: Baseplate of Nexin-dynein regulatory complex from Tetrahymena the...
+分子 #1: Dynein regulatory complex protein 1/2 N-terminal domain-containin...
+分子 #2: Coiled-coil protein, putative
+分子 #3: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
+分子 #4: Growth-arrest-specific microtubule-binding protein
+分子 #5: Cilia- and flagella-associated protein 91
+分子 #6: Flagella associated protein
+分子 #7: Coiled-coil protein, putative
+分子 #8: DUF4201 domain-containing protein
+分子 #9: Flagellar associated protein
+分子 #10: CFAP20
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |