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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab | |||||||||
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![]() | Virus / glycoprotein / antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() host cell endosome membrane / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
![]() | Goldsmith JA / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Single-cell analysis of memory B cells from top neutralizers reveals multiple sites of vulnerability within HCMV Trimer and Pentamer. 著者: Matthias Zehner / Mira Alt / Artem Ashurov / Jory A Goldsmith / Rebecca Spies / Nina Weiler / Justin Lerma / Lutz Gieselmann / Dagmar Stöhr / Henning Gruell / Eric P Schultz / Christoph ...著者: Matthias Zehner / Mira Alt / Artem Ashurov / Jory A Goldsmith / Rebecca Spies / Nina Weiler / Justin Lerma / Lutz Gieselmann / Dagmar Stöhr / Henning Gruell / Eric P Schultz / Christoph Kreer / Linda Schlachter / Hanna Janicki / Kerstin Laib Sampaio / Cora Stegmann / Michelle D Nemetchek / Sabrina Dähling / Leon Ullrich / Ulf Dittmer / Oliver Witzke / Manuel Koch / Brent J Ryckman / Ramin Lotfi / Jason S McLellan / Adalbert Krawczyk / Christian Sinzger / Florian Klein / ![]() ![]() 要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) can cause severe diseases in fetuses, newborns, and immunocompromised individuals. Currently, no vaccines are approved, and treatment options are limited. Here, we ...Human cytomegalovirus (HCMV) can cause severe diseases in fetuses, newborns, and immunocompromised individuals. Currently, no vaccines are approved, and treatment options are limited. Here, we analyzed the human B cell response of four HCMV top neutralizers from a cohort of 9,000 individuals. By single-cell analyses of memory B cells targeting the pentameric and trimeric HCMV surface complexes, we identified vulnerable sites on the shared gH/gL subunits as well as complex-specific subunits UL and gO. Using high-resolution cryogenic electron microscopy, we revealed the structural basis of the neutralization mechanisms of antibodies targeting various binding sites. Moreover, we identified highly potent antibodies that neutralized a broad spectrum of HCMV strains, including primary clinical isolates, that outperform known antibodies used in clinical trials. Our study provides a deep understanding of the mechanisms of HCMV neutralization and identifies promising antibody candidates to prevent and treat HCMV infection. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 131.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.6 KB 17.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 47.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tcoMC ![]() 8teaC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.94 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
全体 | 名称: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab
超分子 | 名称: HCMV Trimer in complex with CS2it1p2_F7K Fab and CS4tt1p1_E3K Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Envelope glycoprotein H
分子 | 名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 84.538617 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRPGLPPYLT VFTVYLLSHL PSQRYGADAA SEALDPHAFH LLLNTYGRPI RFLRENTTQC TYNSSLRNST VVRENAISFN FFQSYNQYY VFHMPRCLFA GPLAEQFLNQ VDLTETLERY QQRLNTYALV SKDLASYRSF SQQLKAQDSL GQQPTTVPPP I DLSIPHVW ...文字列: MRPGLPPYLT VFTVYLLSHL PSQRYGADAA SEALDPHAFH LLLNTYGRPI RFLRENTTQC TYNSSLRNST VVRENAISFN FFQSYNQYY VFHMPRCLFA GPLAEQFLNQ VDLTETLERY QQRLNTYALV SKDLASYRSF SQQLKAQDSL GQQPTTVPPP I DLSIPHVW MPPQTTPHDW KGSHTTSGLH RPHFNQTCIL FDGHDLLFST VTPCLHQGFY LMDELRYVKI TLTEDFFVVT VS IDDDTPM LLIFGHLPRV LFKAPYQRDN FILRQTEKHE LLVLVKKAQL NRHSYLKDSD FLDAALDFNY LDLSALLRNS FHR YAVDVL KSGRCQMLDR RTVEMAFAYA LALFAAARQE EAGTEISIPR ALDRQAALLQ IQEFMITCLS QTPPRTTLLL YPTA VDLAK RALWTPDQIT DITSLVRLVY ILSKQNQQHL IPQWALRQIA DFALQLHKTH LASFLSAFAR QELYLMGSLV HSMLV HTTE RREIFIVETG LCSLAELSHF TQLLAHPHHE YLSDLYTPCS SSGRRDHSLE RLTRLFPDAT VPATVPAALS ILSTMQ PST LETFPDLFCL PLGESFSALT VSEHVSYVVT NQYLIKGISY PVSTTVVGQS LIITQTDSQT KCELTRNMHT THSITAA LN ISLENCAFCQ SALLEYDDTQ GVINIMYMHD SDDVLFALDP YNEVVVSSPR THYLMLLKNG TVLEVTDVVV DATDSRLL M MSVYALSAII GIYLLYRMLK TC UniProtKB: Envelope glycoprotein H |
-分子 #2: Envelope glycoprotein L
分子 | 名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 29.877336 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSVPTQVLGL LLLWLTDARC VAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF QGDKYESWLR PLVNVTRRDG PLSQLIRYRP VTPEAANSV LLDDAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC RGYDLTRLSY G RSIFTEHV ...文字列: MSVPTQVLGL LLLWLTDARC VAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF QGDKYESWLR PLVNVTRRDG PLSQLIRYRP VTPEAANSV LLDDAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC RGYDLTRLSY G RSIFTEHV LGFELVPPSL FNVVVAIRNE ATRTNRAVRL PVSTAAAPEG ITLFYGLYNA VKEFCLRHQL DPPLLRHLDK YY AGLPPEL KQTRVNLPAH SRYGPQAVDA R UniProtKB: Envelope glycoprotein L |
-分子 #3: Envelope glycoprotein O
分子 | 名称: Envelope glycoprotein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.299551 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGRKEMMVRD VPKMVFLISI SFLLVSFINC KVMSKALYNR PWRGLVLSKI GKYKLDQLKL EILRQLETTI STKYNVSKQP VKNLTMNMT EFPQYYILAG PIQNYSITYL WFDFYSTQLR KPAKYVYSQY NHTAKTITFR PPPCGTVPSM TCLSEMLNVS K RNDTGEQG ...文字列: MGRKEMMVRD VPKMVFLISI SFLLVSFINC KVMSKALYNR PWRGLVLSKI GKYKLDQLKL EILRQLETTI STKYNVSKQP VKNLTMNMT EFPQYYILAG PIQNYSITYL WFDFYSTQLR KPAKYVYSQY NHTAKTITFR PPPCGTVPSM TCLSEMLNVS K RNDTGEQG CGNFTTFNPM FFNVPRWNTK LYVGPTKVNV DSQTIYFLGL TALLLRYAQR NCTHSFYLVN AMSRNLFRVP KY INGTKLK NTMRKLKRKQ APVKEQFEKK AKKTQSTTTP YFSYTTSAAL NVTTNVTYSI TTAARRVSTS TIAYRPDSSF MKS IMATQL RDLATWVYTT LRYRQNPFCE PSRNRTAVSE FMKNTHVLIR NETPYTIYGT LDMSSLYYNE TMFVENKTAS DSNK TTPTS PSMGFQRTFI DPLWDYLDSL LFLDEIRNFS LRSPTYVNLT PPEHRRAVNL STLNSLWWWL Q UniProtKB: Envelope glycoprotein O |
-分子 #4: CS4tt1p1_E3K Fab light chain
分子 | 名称: CS4tt1p1_E3K Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.793338 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQNIY NWLAWYQQKP GQAPKLLIFD ASTLEGGVPS RFGGSGSGTD FTLTISNLRP EDFATYFCQ HYYNYPPWTF GQGTKVTFRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: DIQLTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQNIY NWLAWYQQKP GQAPKLLIFD ASTLEGGVPS RFGGSGSGTD FTLTISNLRP EDFATYFCQ HYYNYPPWTF GQGTKVTFRR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #5: CS4tt1p1_E3K Fab heavy chain
分子 | 名称: CS4tt1p1_E3K Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.053139 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVRLVESGGG FVQTGGSLRL SCAASGYTFD QYSMHWVRQV PGKGLQFVST ISSNGGSRYY ADSVKGRFVV SRDEEKEVLY LQMGRLRTD DTGIYFCARA KKIFGGIIPP SGMDVWGRGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列: EVRLVESGGG FVQTGGSLRL SCAASGYTFD QYSMHWVRQV PGKGLQFVST ISSNGGSRYY ADSVKGRFVV SRDEEKEVLY LQMGRLRTD DTGIYFCARA KKIFGGIIPP SGMDVWGRGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPK |
-分子 #6: CS2it1p2_F7K Fab heavy chain
分子 | 名称: CS2it1p2_F7K Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.41534 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVRV SCKVSGYTLT DLSIHWVRQA PGKGLEWMGG FDPEHGEIMY AQKFQGRVTV TEDTSTHTTY MEVNSLRSE DTAVYYCATD SSIAMTGTYF SDLFALDVWG QGTTVIVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVRV SCKVSGYTLT DLSIHWVRQA PGKGLEWMGG FDPEHGEIMY AQKFQGRVTV TEDTSTHTTY MEVNSLRSE DTAVYYCATD SSIAMTGTYF SDLFALDVWG QGTTVIVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP K |
-分子 #7: CS2it1p2_F7K Fab light chain
分子 | 名称: CS2it1p2_F7K Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.607836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRLPAQLLGL LLLWLRGARC DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQTIN TNLNWYQQKP GKAPRLLIFG TFSLKSGVPS RFSGGGSGT DFTLTISSLQ PEDFAAYFCQ QSHSPPHTFG QGTKLELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW ...文字列: MRLPAQLLGL LLLWLRGARC DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRASQTIN TNLNWYQQKP GKAPRLLIFG TFSLKSGVPS RFSGGGSGT DFTLTISSLQ PEDFAAYFCQ QSHSPPHTFG QGTKLELKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-分子 #10: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 7 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 376687 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |