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万見
- EMDB-41152: Cryo-EM Structure of Spike Glycoprotein from Civet Coronavirus SZ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41152
タイトルCryo-EM Structure of Spike Glycoprotein from Civet Coronavirus SZ3 in Closed Conformation
マップデータ
試料
  • ウイルス: Civet SARS CoV SZ3/2003 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID
  • リガンド: water
キーワードSpike / Glycoprotein / Coronavirus / VIRAL PROTEIN
生物種Civet SARS CoV SZ3/2003 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Bostina M / Hills FR / Eruera A
資金援助 ニュージーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Other private ニュージーランド
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2024
タイトル: Variation in structural motifs within SARS-related coronavirus spike proteins.
著者: Francesca R Hills / Alice-Roza Eruera / James Hodgkinson-Bean / Fátima Jorge / Richard Easingwood / Simon H J Brown / James C Bouwer / Yi-Ping Li / Laura N Burga / Mihnea Bostina /
要旨: SARS-CoV-2 is the third known coronavirus (CoV) that has crossed the animal-human barrier in the last two decades. However, little structural information exists related to the close genetic species ...SARS-CoV-2 is the third known coronavirus (CoV) that has crossed the animal-human barrier in the last two decades. However, little structural information exists related to the close genetic species within the SARS-related coronaviruses. Here, we present three novel SARS-related CoV spike protein structures solved by single particle cryo-electron microscopy analysis derived from bat (bat SL-CoV WIV1) and civet (cCoV-SZ3, cCoV-007) hosts. We report complex glycan trees that decorate the glycoproteins and density for water molecules which facilitated modeling of the water molecule coordination networks within structurally important regions. We note structural conservation of the fatty acid binding pocket and presence of a linoleic acid molecule which are associated with stabilization of the receptor binding domains in the "down" conformation. Additionally, the N-terminal biliverdin binding pocket is occupied by a density in all the structures. Finally, we analyzed structural differences in a loop of the receptor binding motif between coronaviruses known to infect humans and the animal coronaviruses described in this study, which regulate binding to the human angiotensin converting enzyme 2 receptor. This study offers a structural framework to evaluate the close relatives of SARS-CoV-2, the ability to inform pandemic prevention, and aid in the development of pan-neutralizing treatments.
履歴
登録2023年6月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41152.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0807
最小 - 最大-0.31002897 - 0.82914317
平均 (標準偏差)0.00090661045 (±0.02037502)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41152_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41152_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Civet SARS CoV SZ3/2003

全体名称: Civet SARS CoV SZ3/2003 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Civet SARS CoV SZ3/2003 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: LINOLEIC ACID
  • リガンド: water

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超分子 #1: Civet SARS CoV SZ3/2003

超分子名称: Civet SARS CoV SZ3/2003 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 231513 / 生物種: Civet SARS CoV SZ3/2003 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Civet SARS CoV SZ3/2003 (ウイルス)
分子量理論値: 122.511094 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: LDRCTTFDDV QAPNYTQHTS SMRGVYYPDE IFRSDTLYLT QDLFLPFYSN VTGFHTINHT FDNPVIPFKD GIYFAATEKS NVVRGWVFG STMNNKSQSV IIINNSTNVV IRACNFELCD NPFFAVSKPM GTQTHTMIFD NAFNCTFEYI SDAFSLDVSE K SGNFKHLR ...文字列:
LDRCTTFDDV QAPNYTQHTS SMRGVYYPDE IFRSDTLYLT QDLFLPFYSN VTGFHTINHT FDNPVIPFKD GIYFAATEKS NVVRGWVFG STMNNKSQSV IIINNSTNVV IRACNFELCD NPFFAVSKPM GTQTHTMIFD NAFNCTFEYI SDAFSLDVSE K SGNFKHLR EFVFKNKDGF LYVYKGYQPI DVVRDLPSGF NTLKPIFKLP LGIKITNFRA ILTAFLPAQD TWGTSAAAYF VG YLKPTKF MLKYDENGTI TDAVDCSQNP LAELKCSVKS FEIDKGIYQT SNFRVVPSGD VVRFPNITNL CPFGEVFNAT KFP SVYAWE RKRISNCVAD YSVLYNSTSF STFKCYGVSA TKLNDLCFSN VYADSFVVKG DDVRQIAPGQ TGVIADYNYK LPDD FMGCV LAWNTRNIDA TSTGNYNYKY RYLRHGKLRP FERDISNVPF SPDGKPCTPP ALNCYWPLKD YGFYTTSGIG YQPYR VVVL SFELLNAPAT VCGPKLSTDL IKNQCVNFNF NGLTGTGVLT PSSKRFQPFQ QFGRDVSDFT DSVRDPKTSE ILDISP CSF GGVSVITPGT NASSEVAVLY QDVNCTDVPT AIHADQLTPA WRIYSTGNNV FQTQAGCLIG AEHVDTSYEC DIPIGAG IC ASYHTVSSLR STSQKSIVAY TMSLGADSSI AYSNNTIAIP TNFLISITTE VMPVSMAKTS VDCNMYICGD STECANLL L QYGSFCAQLN RALSGIAVEQ DRNTREVFAQ VKQMYKTPTL KDFGGFNFSQ ILPDPLKPTK RSFIEDLLFN KVTLADAGF MKQYGECLGD INARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDDMIAAY TAALVSGTAT AGWTFGAGAA LQIPFAMQMA YRFNGIGVAQ NVLYENQKQ IANQFNKAIS QIQESLTTTS TALGKLQDVV NQNAQALNTL VKQLSSNFGA ISSVLNDILS RLDKVEAEVQ I DRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FCGKGYHLMS FPQAAPHGVV FLHVTYVPSQ ER NFTTAPA ICHEGKAYFP REGVFVFNGT SWFITQRNFF SPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIINNTVYD

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #8: LINOLEIC ACID

分子名称: LINOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: EIC
分子量理論値: 280.445 Da
Chemical component information

ChemComp-EIC:
LINOLEIC ACID / リノ-ル酸

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 352 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 59.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7e7b

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 750000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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