+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41026 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3 | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | germline targeting / NHP / SOSIP / Env / HIV / BG18 / immunogen design / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | |||||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ozorowski G / Torres JL / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Vaccine priming of rare HIV broadly neutralizing antibody precursors in nonhuman primates. 著者: Jon M Steichen / Ivy Phung / Eugenia Salcedo / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Sabyasachi Baboo / Alessia Liguori / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Patrick J Madden / ...著者: Jon M Steichen / Ivy Phung / Eugenia Salcedo / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Sabyasachi Baboo / Alessia Liguori / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Patrick J Madden / Krystal M Ma / Henry J Sutton / Jeong Hyun Lee / Oleksandr Kalyuzhniy / Joel D Allen / Oscar L Rodriguez / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullen / Erik Georgeson / Michael Kubitz / Alison Burns / Shawn Barman / Rohini Mopuri / Amanda Metz / Tasha K Altheide / Jolene K Diedrich / Swati Saha / Kaitlyn Shields / Steven E Schultze / Melissa L Smith / Torben Schiffner / Dennis R Burton / Corey T Watson / Steven E Bosinger / Max Crispin / John R Yates / James C Paulson / Andrew B Ward / Devin Sok / Shane Crotty / William R Schief / 要旨: Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV and other pathogens. However, antibody-antigen recognition is typically ...Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV and other pathogens. However, antibody-antigen recognition is typically dominated by heavy chain complementarity determining region 3 (HCDR3) interactions, and vaccine priming of HCDR3-dominant bnAbs by germline-targeting immunogens has not been demonstrated in humans or outbred animals. In this work, immunization with N332-GT5, an HIV envelope trimer designed to target precursors of the HCDR3-dominant bnAb BG18, primed bnAb-precursor B cells in eight of eight rhesus macaques to substantial frequencies and with diverse lineages in germinal center and memory B cells. We confirmed bnAb-mimicking, HCDR3-dominant, trimer-binding interactions with cryo-electron microscopy. Our results demonstrate proof of principle for HCDR3-dominant bnAb-precursor priming in outbred animals and suggest that N332-GT5 holds promise for the induction of similar responses in humans. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41026.map.gz | 259.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-41026-v30.xml emd-41026.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41026_fsc.xml | 15.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41026.png | 105.1 KB | ||
マスクデータ | emd_41026_msk_1.map | 274.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41026.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_41026_half_map_1.map.gz emd_41026_half_map_2.map.gz | 254.9 MB 254.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41026 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41026 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41026_validation.pdf.gz | 898.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_41026_full_validation.pdf.gz | 898.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41026_validation.xml.gz | 22.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41026_validation.cif.gz | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41026 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41026 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41026_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_41026_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_41026_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3 Fab
全体 | 名称: MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3 Fab |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3 Fab
超分子 | 名称: MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_32 Fab and RM20A3 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
-分子 #1: MD65 N332-GT5 SOSIP gp120
分子 | 名称: MD65 N332-GT5 SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.286773 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPKLR SMMRGEIKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNYAPKLR SMMRGEIKNC SFNMTTELRD KKQKVYSLFY RLDVVQINEN QGNRSNNSNK E YRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CQNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EV IIRSENI TNNAKNILVQ LNTSVQINCT RPSNNTVKSI RIGPGQAFYY FGDVLGHVRM AHCNISKATW NETLGKVVKQ LRK HFGNNT IIRFAQSSGG DLEVTTHSFN CGGEFFYCNT SGLFNSTWIS NTSVQGSNST GSNDSLILPC WIKQIINMWQ RIGQ AMYAP PIQGVIRCVS NITGLILTRD GGSTNSTTET FRPGGGDMRD NWRSELYKYK VVKIEPLGVA PTRCKRRTVG RRRRR R |
-分子 #2: RM20A3 heavy chain Fv
分子 | 名称: RM20A3 heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 13.511111 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSS |
-分子 #3: RM20A3 light chain Fv
分子 | 名称: RM20A3 light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 13.5088 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL GQPKASPTVT LFPPSSEEL |
-分子 #4: MD65 N332-GT5 SOSIP gp41
分子 | 名称: MD65 N332-GT5 SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
分子量 | 理論値: 17.096148 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AAGIGASSDG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD |
-分子 #5: RM_N332_32 heavy chain Fv
分子 | 名称: RM_N332_32 heavy chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 13.873434 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QLQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSIS DYCWNWIRQP PGKGLEWIGY IGGSSGSTYY NPSLKGRVTI SADTSENRFS LKLSSVTAA DTAVYYCARS PITVFGVVIF DEYTTGNLDL WGPGTPISIS S |
-分子 #6: RM_N332_32 light chain Fv
分子 | 名称: RM_N332_32 light chain Fv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 11.677904 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDKVT ITCHASQDIS SWLAWYQQKP GKAPKPLIYY ASSLQSGVPS RFSGSGSGTD YTLTITSLQP EDFATYYCQ QYDDLPFTFG PGTKLDIK |
-分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 42 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 36000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |