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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40952 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with the N-terminal domain of STAT2 ordered. | |||||||||
マップデータ | main map | |||||||||
試料 |
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キーワード | complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ISGF3 complex / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / regulation of mitochondrial fission / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / host cell mitochondrion / Regulation of IFNA/IFNB signaling ...ISGF3 complex / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / regulation of mitochondrial fission / ubiquitin-like protein ligase binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / host cell mitochondrion / Regulation of IFNA/IFNB signaling / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / regulation of protein phosphorylation / Evasion by RSV of host interferon responses / response to peptide hormone / defense response / RNA polymerase II transcription regulator complex / monoatomic ion transmembrane transport / viral capsid / double-stranded RNA binding / Interferon alpha/beta signaling / regulation of cell population proliferation / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / defense response to virus / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / Potential therapeutics for SARS / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | |||||||||
データ登録者 | Biswal M / Lu J / Song J | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: A conformational selection mechanism of flavivirus NS5 for species-specific STAT2 inhibition. 著者: Mahamaya Biswal / Wangyuan Yao / Jiuwei Lu / Jianbin Chen / Juliet Morrison / Rong Hai / Jikui Song / 要旨: Flaviviruses, including Zika virus (ZIKV) and Dengue virus (DENV), rely on their non-structural protein 5 (NS5) for both replication of viral genome and suppression of host IFN signaling. DENV and ...Flaviviruses, including Zika virus (ZIKV) and Dengue virus (DENV), rely on their non-structural protein 5 (NS5) for both replication of viral genome and suppression of host IFN signaling. DENV and ZIKV NS5s were shown to facilitate proteosome-mediated protein degradation of human STAT2 (hSTAT2). However, how flavivirus NS5s have evolved for species-specific IFN-suppression remains unclear. Here we report structure-function characterization of the DENV serotype 2 (DENV2) NS5-hSTAT2 complex. The MTase and RdRP domains of DENV2 NS5 form an extended conformation to interact with the coiled-coil and N-terminal domains of hSTAT2, thereby promoting hSTAT2 degradation in cells. Disruption of the extended conformation of DENV2/ZIKV NS5, but not the alternative compact state, impaired their hSTAT2 binding. Our comparative structural analysis of flavivirus NS5s further reveals a conserved protein-interaction platform with subtle amino-acid variations likely underpinning diverse IFN-suppression mechanisms. Together, this study uncovers a conformational selection mechanism underlying species-specific hSTAT2 inhibition by flavivirus NS5. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40952.map.gz | 125.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40952-v30.xml emd-40952.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40952.png | 86.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40952.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_40952_additional_1.map.gz emd_40952_half_map_1.map.gz emd_40952_half_map_2.map.gz | 123.1 MB 226.7 MB 226.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40952 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40952_validation.pdf.gz | 891.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40952_full_validation.pdf.gz | 891.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40952_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40952_validation.cif.gz | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40952 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40952 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t12MC 8t13C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: additional map
ファイル | emd_40952_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | additional map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_40952_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_40952_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : complex of DENV2 NS5 and huamn STAT2
全体 | 名称: complex of DENV2 NS5 and huamn STAT2 |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of DENV2 NS5 and huamn STAT2
超分子 | 名称: complex of DENV2 NS5 and huamn STAT2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Signal transducer and activator of transcription 2
分子 | 名称: Signal transducer and activator of transcription 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 98.025031 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAQWEMLQNL DSPFQDQLHQ LYSHSLLPVD IRQYLAVWIE DQNWQEAALG SDDSKATMLF FHFLDQLNYE CGRCSQDPES LLLQHNLRK FCRDIQPFSQ DPTQLAEMIF NLLLEEKRIL IQAQRAQLEQ GEPVLETPVE SQQHEIESRI LDLRAMMEKL V KSISQLKD ...文字列: MAQWEMLQNL DSPFQDQLHQ LYSHSLLPVD IRQYLAVWIE DQNWQEAALG SDDSKATMLF FHFLDQLNYE CGRCSQDPES LLLQHNLRK FCRDIQPFSQ DPTQLAEMIF NLLLEEKRIL IQAQRAQLEQ GEPVLETPVE SQQHEIESRI LDLRAMMEKL V KSISQLKD QQDVFCFRYK IQAKGKTPSL DPHQTKEQKI LQETLNELDK RRKEVLDASK ALLGRLTTLI ELLLPKLEEW KA QQQKACI RAPIDHGLEQ LETWFTAGAK LLFHLRQLLK ELKGLSCLVS YQDDPLTKGV DLRNAQVTEL LQRLLHRAFV VET QPCMPQ TPHRPLILKT GSKFTVRTRL LVRLQEGNES LTVEVSIDRN PPQLQGFRKF NILTSNQKTL TPEKGQSQGL IWDF GYLTL VEQRSGGSGK GSNKGPLGVT EELHIISFTV KYTYQGLKQE LKTDTLPVVI ISNMNQLSIA WASVLWFNLL SPNLQ NQQF FSNPPKAPWS LLGPALSWQF SSYVGRGLNS DQLSMLRNKL FGQNCRTEDP LLSWADFTKR ESPPGKLPFW TWLDKI LEL VHDHLKDLWN DGRIMGFVSR SQERRLLKKT MSGTFLLRFS ESSEGGITCS WVEHQDDDKV LIYSVQPYTK EVLQSLP LT EIIRHYQLLT EENIPENPLR FLYPRIPRDE AFGCYYQEKV NLQERRKYLK HRLIVVSNRQ VDELQQPLEL KPEPELES L ELELGLVPEP ELSLDLEPLL KAGLDLGPEL ESVLESTLEP VIEPTLCMVS QTVPEPDQGP VSQPVPEPDL PCDLRHLNT EPMEIFRNCV KIEEIMPNGD PLLAGQNTVD EVYVSRPSHF YTDGPLMPSD F UniProtKB: Signal transducer and activator of transcription 2 |
-分子 #2: Non-structural protein 5
分子 | 名称: Non-structural protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 103.264656 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GTGNTGETLG EKWKNRLNAL GKSEFQIYKK SGIQEVDRTL AKEGIKRGET DHHAVSRGSA KLRWFVERNL VTPEGKVVDL GCGRGGWSY YCGGLKNVKE VKGLTKGGPG HEEPIPMSTY GWNLVRLQSG VDVFFTPPEK CDTLLCDIGE SSPNPTVEAG R TLRVLNLV ...文字列: GTGNTGETLG EKWKNRLNAL GKSEFQIYKK SGIQEVDRTL AKEGIKRGET DHHAVSRGSA KLRWFVERNL VTPEGKVVDL GCGRGGWSY YCGGLKNVKE VKGLTKGGPG HEEPIPMSTY GWNLVRLQSG VDVFFTPPEK CDTLLCDIGE SSPNPTVEAG R TLRVLNLV ENWLNNNTQF CIKVLNPYMP SVIEKMEALQ RKYGGALVRN PLSRNSTHEM YWVSNASGNI VSSVNMISRM LI NRFTMRH KKATYEPDVD LGSGTRNIGI ESETPNLDII GKRIEKIKQE HETSWHYDQD HPYKTWAYHG SYETKQTGSA SSM VNGVVR LLTKPWDIIP MVTQMAMTDT TPFGQQRVFK EKVDTRTQEP KEGTKKLMKI TAEWLWKELG KKKTPRMCTR EEFT RKVRS NAALGAIFTD ENKWKSAREA VEDSGFWELV DKERNLHLEG KCETCVYNMM GKREKKLGEF GKAKGSRAIW YMWLG ARFL EFEALGFLNE DHWFSRENSL SGVEGEGLHK LGYILRDVSK KEGGAMYADD TAGWDTRITL EDLKNEEMVT NHMEGE HKK LAEAIFKLTY QNKVVRVQRP TPRGTVMDII SRRDQRGSGQ VVTYGLNTFT NMEAQLIRQM EGEGVFKSIQ HLTVTEE IA VKNWLVRVGR ERLSRMAISG DDCVVKPLDD RFASALTALN DMGKVRKDIQ QWEPSRGWND WTQVPFCSHH FHELIMKD G RVLVVPCRNQ DELIGRARIS QGAGWSLRET ACLGKSYAQM WSLMYFHRRD LRLAANAICS AVPSHWVPTS RTTWSIHAT HEWMTTEDML TVWNRVWIQE NPWMEDKTPV ESWEEIPYLG KREDQWCGSL IGLTSRATWA KNIQTAINQV RSLIGNEEYT DYMPSMKRF RREEEEAGVL W UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99938 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |