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万見
- PDB-8t13: Cryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t13
タイトルCryo-EM structure of DENV2 NS5 in complex with human STAT2 with the N-terminal domain of STAT2 disordered
要素
  • Non-structural protein 5
  • Signal transducer and activator of transcription 2
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Complex / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ISGF3 complex / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / regulation of protein phosphorylation / ubiquitin-like protein ligase binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion ...ISGF3 complex / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / Interleukin-20 family signaling / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of mitochondrial fission / regulation of protein phosphorylation / ubiquitin-like protein ligase binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / defense response / response to peptide hormone / Evasion by RSV of host interferon responses / RNA polymerase II transcription regulator complex / Interferon alpha/beta signaling / viral capsid / regulation of cell population proliferation / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / methyltransferase cap1 activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / virion attachment to host cell / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / virion membrane / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain ...Signal transducer and activation of transcription 2, C-terminal / STAT2, SH2 domain / Signal transducer and activator of transcription 2 C terminal / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / : / STAT transcription factor, coiled-coil domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / p53-like transcription factor, DNA-binding / Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal transducer and activator of transcription 2 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Biswal, M. / Lu, J. / Song, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: A conformational selection mechanism of flavivirus NS5 for species-specific STAT2 inhibition.
著者: Mahamaya Biswal / Wangyuan Yao / Jiuwei Lu / Jianbin Chen / Juliet Morrison / Rong Hai / Jikui Song /
要旨: Flaviviruses, including Zika virus (ZIKV) and Dengue virus (DENV), rely on their non-structural protein 5 (NS5) for both replication of viral genome and suppression of host IFN signaling. DENV and ...Flaviviruses, including Zika virus (ZIKV) and Dengue virus (DENV), rely on their non-structural protein 5 (NS5) for both replication of viral genome and suppression of host IFN signaling. DENV and ZIKV NS5s were shown to facilitate proteosome-mediated protein degradation of human STAT2 (hSTAT2). However, how flavivirus NS5s have evolved for species-specific IFN-suppression remains unclear. Here we report structure-function characterization of the DENV serotype 2 (DENV2) NS5-hSTAT2 complex. The MTase and RdRP domains of DENV2 NS5 form an extended conformation to interact with the coiled-coil and N-terminal domains of hSTAT2, thereby promoting hSTAT2 degradation in cells. Disruption of the extended conformation of DENV2/ZIKV NS5, but not the alternative compact state, impaired their hSTAT2 binding. Our comparative structural analysis of flavivirus NS5s further reveals a conserved protein-interaction platform with subtle amino-acid variations likely underpinning diverse IFN-suppression mechanisms. Together, this study uncovers a conformational selection mechanism underlying species-specific hSTAT2 inhibition by flavivirus NS5.
履歴
登録2023年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Signal transducer and activator of transcription 2
B: Non-structural protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,4214
ポリマ－201,2902
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Signal transducer and activator of transcription 2 / p113


分子量: 98025.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STAT2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P52630
#2: タンパク質 Non-structural protein 5


分子量: 103264.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91H74
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of DENV2 NS5 with human STAT2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
31Dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)11060
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86928 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0029511
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50412856
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6471263
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0371409
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031643

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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