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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40642 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the respiratory syncytial virus polymerase (L:P) bound to the trailer complementary promoter | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Respiratory syncytial virus (RSウイルス) / RNA-dependent RNA polymerase (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / VIRAL PROTEIN-RNA complex (ウイルス性) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity ...NNS virus cap methyltransferase / GDP polyribonucleotidyltransferase / negative stranded viral RNA replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / GTPase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Cao D / Gao Y / Chen Z / Gooneratne I / Roesler C / Mera C / Liang B | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structures of the promoter-bound respiratory syncytial virus polymerase. 著者: Dongdong Cao / Yunrong Gao / Zhenhang Chen / Inesh Gooneratne / Claire Roesler / Cristopher Mera / Paul D'Cunha / Anna Antonova / Deepak Katta / Sarah Romanelli / Qi Wang / Samantha Rice / ...著者: Dongdong Cao / Yunrong Gao / Zhenhang Chen / Inesh Gooneratne / Claire Roesler / Cristopher Mera / Paul D'Cunha / Anna Antonova / Deepak Katta / Sarah Romanelli / Qi Wang / Samantha Rice / Wesley Lemons / Anita Ramanathan / Bo Liang / 要旨: The respiratory syncytial virus (RSV) polymerase is a multifunctional RNA-dependent RNA polymerase composed of the large (L) protein and the phosphoprotein (P). It transcribes the RNA genome into ten ...The respiratory syncytial virus (RSV) polymerase is a multifunctional RNA-dependent RNA polymerase composed of the large (L) protein and the phosphoprotein (P). It transcribes the RNA genome into ten viral mRNAs and replicates full-length viral genomic and antigenomic RNAs. The RSV polymerase initiates RNA synthesis by binding to the conserved 3'-terminal RNA promoters of the genome or antigenome. However, the lack of a structure of the RSV polymerase bound to the RNA promoter has impeded the mechanistic understanding of RSV RNA synthesis. Here we report cryogenic electron microscopy structures of the RSV polymerase bound to its genomic and antigenomic viral RNA promoters, representing two of the first structures of an RNA-dependent RNA polymerase in complex with its RNA promoters in non-segmented negative-sense RNA viruses. The overall structures of the promoter-bound RSV polymerases are similar to that of the unbound (apo) polymerase. Our structures illustrate the interactions between the RSV polymerase and the RNA promoters and provide the structural basis for the initiation of RNA synthesis at positions 1 and 3 of the RSV promoters. These structures offer a deeper understanding of the pre-initiation state of the RSV polymerase and could aid in antiviral research against RSV. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40642.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40642-v30.xml emd-40642.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40642_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40642.png | 118.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40642.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_40642_half_map_1.map.gz emd_40642_half_map_2.map.gz | 23.4 MB 23.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40642 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40642 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8snyMC 8snxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40642.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.058 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40642_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40642_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) bound to the tra...
全体 | 名称: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) bound to the trailer complementary promoter |
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要素 |
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-超分子 #1: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) bound to the tra...
超分子 | 名称: The respiratory syncytial virus polymerase (L:P) bound to the trailer complementary promoter タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
分子量 | 理論値: 250.704484 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDPIINGNSA NVYLTDSYLK GVISFSECNA LGSYIFNGPY LKNDYTNLIS RQNPLIEHMN LKKLNITQSL ISKYHKGEIK LEEPTYFQS LLMTYKSMTS SEQIATTNLL KKIIRRAIEI SDVKVYAILN KLGLKEKDKI KSNNGQDEDN SVITTIIKDD I LSAVKDNQ ...文字列: MDPIINGNSA NVYLTDSYLK GVISFSECNA LGSYIFNGPY LKNDYTNLIS RQNPLIEHMN LKKLNITQSL ISKYHKGEIK LEEPTYFQS LLMTYKSMTS SEQIATTNLL KKIIRRAIEI SDVKVYAILN KLGLKEKDKI KSNNGQDEDN SVITTIIKDD I LSAVKDNQ SHLKADKNHS TKQKDTIKTT LLKKLMCSMQ HPPSWLIHWF NLYTKLNNIL TQYRSNEVKN HGFTLIDNQT LS GFQFILN QYGCIVYHKE LKRITVTTYN QFLTWKDISL SRLNVCLITW ISNCLNTLNK SLGLRCGFNN VILTQLFLYG DCI LKLFHN EGFYIIKEVE GFIMSLILNI TEEDQFRKRF YNSMLNNITD AANKAQKNLL SRVCHTLLDK TVSDNIINGR WIIL LSKFL KLIKLAGDNN LNNLSELYFL FRIFGHPMVD ERQAMDAVKI NCNETKFYLL SSLSMLRGAF IYRIIKGFVN NYNRW PTLR NAIVLPLRWL TYYKLNTYPS LLELTERDLI VLSGLRFYRE FRLPKKVDLE MIINDKAISP PKNLIWTSFP RNYMPS HIQ NYIEHEKLKF SESDKSRRVL EYYLRDNKFN ECDLYNCVVN QSYLNNPNHV VSLTGKEREL SVGRMFAMQP GMFRQVQ IL AEKMIAENIL QFFPESLTRY GDLELQKILE LKAGISNKSN RYNDNYNNYI SKCSIITDLS KFNQAFRYET SCICSDVL D ELHGVQSLFS WLHLTIPHVT IICTYRHAPP YIGDHIVDLN NVDEQSGLYR YHMGGIEGWC QKLWTIEAIS LLDLISLKG KFSITALING DNQSIDISKP IRLMEGQTHA QADYLLALNS LKLLYKEYAG IGHKLKGTET YISRDMQFMS KTIQHNGVYY PASIKKVLR VGPWINTILD DFKVSLESIG SLTQELEYRG ESLLCSLIFR NVWLYNQIAL QLKNHALCNN KLYLDILKVL K HLKTFFNL DNIDTALTLY MNLPMLFGGG DPNLLYRSFY RRTPDFLTEA IVHSVFILSY YTNHDLKDKL QDLSDDRLNK FL TCIITFD KNPNAEFVTL MRDPQALGSE RQAKITSEIN RLAVTEVLST APNKIFSKSA QHYTTTEIDL NDIMQNIEPT YPH GLRVVY ESLPFYKAEK IVNLISGTKS ITNILEKTSA IDLTDIDRAT EMMRKNITLL IRILPLDCNR DKREILSMEN LSIT ELSKY VRERSWSLSN IVGVTSPSIM YTMDIKYTTS TISSGIIIEK YNVNSLTRGE RGPTKPWVGS STQEKKTMPV YNRQV LTKK QRDQIDLLAK LDWVYASIDN KDEFMEELSI GTLGLTYEKA KKLFPQYLSV NYLHRLTVSS RPCEFPASIP AYRTTN YHF DTSPINRILT EKYGDEDIDI VFQNCISFGL SLMSVVEQFT NVCPNRIILI PKLNEIHLMK PPIFTGDVDI HKLKQVI QK QHMFLPDKIS LTQYVELFLS NKTLKSGSHV NSNLILAHKI SDYFHNTYIL STNLAGHWIL IIQLMKDSKG IFEKDWGE G YITDHMFINL KVFFNAYKTY LLCFHKGYGK AKLECDMNTS DLLCVLELID SSYWKSMSKV FLEQKVIKYI LSQDASLHR VKGCHSFKLW FLKRLNVAEF TVCPWVVNID YHPTHMKAIL TYIDLVRMGL INIDRIHIKN KHKFNDEFYT SNLFYINYNF SDNTHLLTK HIRIANSELE NNYNKLYHPT PETLENILAN PIKSNDKKTL NDYCIGKNVD SIMLPLLSNK KLIKSSAMIR T NYSKQDLY NLFPMVVIDR IIDHSGNTAK SNQLYTTTSH QISLVHNSTS LYCMLPWHHI NRFNFVFSST GCKISIEYIL KD LKIKDPN CIAFIGEGAG NLLLRTVVEL HPDIRYIYRS LKDCNDHSLP IEFLRLYNGH INIDYGENLT IPATDATNNI HWS YLHIKF AEPISLFVCD AELSVTVNWS KIIIEWSKHV RKCKYCSSVN KCMLIVKYHA QDDIDFKLDN ITILKTYVCL GSKL KGSEV YLVLTIGPAN IFPVFNVVQN AKLILSRTKN FIMPKKADKE SIDANIKSLI PFLCYPITKK GINTALSKLK SVVSG DILS YSIAGRNEVF SNKLINHKHM NILKWFNHVL NFRSTELNYN HLYMVESTYP YLSELLNSLT TNELKKLIKI TGSLLY NFH NE UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-分子 #2: Phosphoprotein
分子 | 名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.165838 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD ...文字列: MEKFAPEFHG EDANNRATKF LESIKGKFTS PKDPKKKDSI ISVNSIDIEV TKESPITSNS TIINPTNETD DTAGNKPNYQ RKPLVSFKE DPTPSDNPFS KLYKETIETF DNNEEESSYS YEEINDQTND NITARLDRID EKLSEILGML HTLVVASAGP T SARDGIRD AMVGLREEMI EKIRTEALMT NDRLEAMARL RNEESEKMAK DTSDEVSLNP TSEKLNNLLE GNDSDNDLSL ED F UniProtKB: Phosphoprotein |
-分子 #3: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*GP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*GP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Respiratory syncytial virus A2 (RSウイルス) |
分子量 | 理論値: 3.053772 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUCUCGU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.86 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |