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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40558 | |||||||||
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タイトル | human liver mitochondrial Glutamate dehydrogenase 1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | human / liver / mitochondrial / Glutamate dehydrogenase 1 / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-leucine binding / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate catabolic process / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / Glutamate and glutamine metabolism / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamine metabolic process ...L-leucine binding / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] activity / glutamate catabolic process / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate biosynthetic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / Glutamate and glutamine metabolism / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamine metabolic process / NAD+ binding / Mitochondrial protein degradation / substantia nigra development / ADP binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial matrix / GTP binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.31 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z / Tringides M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2023 タイトル: High-Resolution Structural Proteomics of Mitochondria Using the 'Build and Retrieve' Methodology. 著者: Zhemin Zhang / Marios L Tringides / Christopher E Morgan / Masaru Miyagi / Jason A Mears / Charles L Hoppel / Edward W Yu / 要旨: The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of ...The application of integrated systems biology to the field of structural biology is a promising new direction, although it is still in the infant stages of development. Here we report the use of single particle cryo-EM to identify multiple proteins from three enriched heterogeneous fractions prepared from human liver mitochondrial lysate. We simultaneously identify and solve high-resolution structures of nine essential mitochondrial enzymes with key metabolic functions, including fatty acid catabolism, reactive oxidative species clearance, and amino acid metabolism. Our methodology also identified multiple distinct members of the acyl-CoA dehydrogenase family. This work highlights the potential of cryo-EM to explore tissue proteomics at the atomic level. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40558.map.gz | 51.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40558-v30.xml emd-40558.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40558_fsc.xml | 11 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40558.png | 143 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40558.cif.gz | 5.1 KB | ||
その他 | emd_40558_half_map_1.map.gz emd_40558_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40558 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40558 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40558_validation.pdf.gz | 952.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40558_full_validation.pdf.gz | 951.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40558_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40558_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40558 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40558 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8sk8MC 8sgpC 8sgrC 8sgsC 8sgvC 8shsC 8sk6C 8skrC 8sksC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40558_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40558_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Glutamate dehydrogenase 1
全体 | 名称: Glutamate dehydrogenase 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Glutamate dehydrogenase 1
超分子 | 名称: Glutamate dehydrogenase 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial
分子 | 名称: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 61.480746 KDa |
配列 | 文字列: MYRYLGEALL LSRAGPAALG SASADSAALL GWARGQPAAA PQPGLALAAR RHYSEAVADR EDDPNFFKMV EGFFDRGASI VEDKLVEDL RTRESEEQKR NRVRGILRII KPCNHVLSLS FPIRRDDGSW EVIEGYRAQH SQHRTPCKGG IRYSTDVSVD E VKALASLM ...文字列: MYRYLGEALL LSRAGPAALG SASADSAALL GWARGQPAAA PQPGLALAAR RHYSEAVADR EDDPNFFKMV EGFFDRGASI VEDKLVEDL RTRESEEQKR NRVRGILRII KPCNHVLSLS FPIRRDDGSW EVIEGYRAQH SQHRTPCKGG IRYSTDVSVD E VKALASLM TYKCAVVDVP FGGAKAGVKI NPKNYTDNEL EKITRRFTME LAKKGFIGPG IDVPAPDMST GEREMSWIAD TY ASTIGHY DINAHACVTG KPISQGGIHG RISATGRGVF HGIENFINEA SYMSILGMTP GFGDKTFVVQ GFGNVGLHSM RYL HRFGAK CIAVGESDGS IWNPDGIDPK ELEDFKLQHG SILGFPKAKP YEGSILEADC DILIPAASEK QLTKSNAPRV KAKI IAEGA NGPTTPEADK IFLERNIMVI PDLYLNAGGV TVSYFEWLKN LNHVSYGRLT FKYERDSNYH LLMSVQESLE RKFGK HGGT IPIVPTAEFQ DRISGASEKD IVHSGLAYTM ERSARQIMRT AMKYNLGLDL RTAAYVNAIE KVFKVYNEAG VTFT UniProtKB: Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |