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万見- EMDB-40047: Structure of human ENPP1 in complex with variable heavy domain VH27.2 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40047 | |||||||||
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タイトル | Structure of human ENPP1 in complex with variable heavy domain VH27.2 | |||||||||
マップデータ | From cryosparc non-uniform refinement and local resolution filter | |||||||||
試料 |
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キーワード | phosphodiesterase / inhibitor / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism ...GTP diphosphatase activity / cyclic-GMP-AMP hydrolase activity / negative regulation of hh target transcription factor activity / inorganic diphosphate transport / Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / UTP diphosphatase activity / phosphodiesterase I / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate binding / dinucleotide phosphatase activity / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / nucleotide diphosphatase / nucleoside triphosphate catabolic process / 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate metabolic process / nucleic acid metabolic process / negative regulation of protein autophosphorylation / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / sequestering of triglyceride / melanocyte differentiation / : / intracellular phosphate ion homeostasis / ATP diphosphatase activity / negative regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of bone mineralization / phosphate ion homeostasis / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / negative regulation of D-glucose import / regulation of bone mineralization / phosphate-containing compound metabolic process / exonuclease activity / polysaccharide binding / response to ATP / negative regulation of fat cell differentiation / immunoglobulin complex / bone mineralization / phosphatase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / ATP metabolic process / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / insulin receptor binding / negative regulation of cell growth / cellular response to insulin stimulus / gene expression / basolateral plasma membrane / adaptive immune response / nucleic acid binding / immune response / lysosomal membrane / calcium ion binding / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Carozza JA / Wang H / Solomon PE / Wells JA / Li L | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2024 タイトル: Discovery of VH domains that allosterically inhibit ENPP1. 著者: Paige E Solomon / Colton J Bracken / Jacqueline A Carozza / Haoqing Wang / Elizabeth P Young / Alon Wellner / Chang C Liu / E Alejandro Sweet-Cordero / Lingyin Li / James A Wells / 要旨: Ectodomain phosphatase/phosphodiesterase-1 (ENPP1) is overexpressed on cancer cells and functions as an innate immune checkpoint by hydrolyzing extracellular cyclic guanosine monophosphate adenosine ...Ectodomain phosphatase/phosphodiesterase-1 (ENPP1) is overexpressed on cancer cells and functions as an innate immune checkpoint by hydrolyzing extracellular cyclic guanosine monophosphate adenosine monophosphate (cGAMP). Biologic inhibitors have not yet been reported and could have substantial therapeutic advantages over current small molecules because they can be recombinantly engineered into multifunctional formats and immunotherapies. Here we used phage and yeast display coupled with in cellulo evolution to generate variable heavy (VH) single-domain antibodies against ENPP1 and discovered a VH domain that allosterically inhibited the hydrolysis of cGAMP and adenosine triphosphate (ATP). We solved a 3.2 Å-resolution cryo-electron microscopy structure for the VH inhibitor complexed with ENPP1 that confirmed its new allosteric binding pose. Finally, we engineered the VH domain into multispecific formats and immunotherapies, including a bispecific fusion with an anti-PD-L1 checkpoint inhibitor that showed potent cellular activity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40047.map.gz | 5.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40047-v30.xml emd-40047.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_40047_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_40047.png | 93.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40047.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_40047_half_map_1.map.gz emd_40047_half_map_2.map.gz | 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40047 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40047 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_40047_validation.pdf.gz | 832.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_40047_full_validation.pdf.gz | 831.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_40047_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_40047_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40047 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-40047 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ghrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | From cryosparc non-uniform refinement and local resolution filter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map A from non-uniform refinement
ファイル | emd_40047_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A from non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B from non-uniform refinement
ファイル | emd_40047_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B from non-uniform refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ENPP1-VH27 complex
全体 | 名称: ENPP1-VH27 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: ENPP1-VH27 complex
超分子 | 名称: ENPP1-VH27 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1,...
分子 | 名称: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1, secreted form, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain fusion タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 115.488617 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GEKSWVEEPC ESINEPQCPA GFETPPTLLF SLDGFRAEYL HTWGGLLPVI SKLKKCGTYT KNMRPVYPTK AFPNHYSIVT GLYPESHGI IDNKMYDPKM NASFSLKSKE KFNPEWYKGE PIWVTAKYQG LKSGTFFWPG SDVEINGIFP DIYKMYNGSV P FEERILAV ...文字列: GEKSWVEEPC ESINEPQCPA GFETPPTLLF SLDGFRAEYL HTWGGLLPVI SKLKKCGTYT KNMRPVYPTK AFPNHYSIVT GLYPESHGI IDNKMYDPKM NASFSLKSKE KFNPEWYKGE PIWVTAKYQG LKSGTFFWPG SDVEINGIFP DIYKMYNGSV P FEERILAV LQWLQLPKDE RPHFYTLYLE EPDSSGHSYG PVSSEVIKAL QRVDGMVGML MDGLKELNLH RCLNLILISD HG MEQGSCK KYIYLNKYLG DVKNIKVIYG PAARLRPSDV PDKYYSFNYE GIARNLSCRE PNQHFKPYLK HFLPKRLHFA KSD RIEPLT FYLDPQWQLA LNPSERKYCG SGFHGSDNVF SNMQALFVGY GPGFKHGIEA DTFENIEVYN LMCDLLNLTP APNN GTHGS LNHLLKNPVY TPKHPKEVHP LVQCPFTRNP RDNLGCSCNP SILPIEDFQT QFNLTVAEEK IIKHETLPYG RPRVL QKEN TICLLSQHQF MSGYSQDILM PLWTSYTVDR NDSFSTEDFS NCLYQDFRIP LSPVHKCSFY KNNTKVSYGF LSPPQL NKN SSGIYSEALL TTNIVPMYQS FQVIWRYFHD TLLRKYAEER NGVNVVSGPV FDFDYDGRCD SLENLRQKRR VIRNQEI LI PTHFFIVLTS CKDTSQTPLH CENLDTLAFI LPHRTDNSES CVHGKHDSSW VEELLMLHRA RITDVEHITG LSFYQQRK E PVSDILKLKT HLPTFSQEDT SSGGGGENLY FQSSGGGSGG GEPKSCDKTH TCPPCPAPEL LGGPSVFLFP PKPKDTLMI SRTPEVTCVV VDVSHEDPEV KFNWYVDGVE VHNAKTKPRE EQYNSTYRVV SVLTVLHQDW LNGKEYKCKV SNKALPAPIE KTISKAKGQ PREPQVYTLP PSRDELTKNQ VSLTCLVKGF YPSDIAVEWE SNGQPENNYK TTPPVLDSDG SFFLYSKLTV D KSRWQQGN VFSCSVMHEA LHNHYTQKSL SLSPGKGGGG SGLNDIFEAQ KIEWHEG UniProtKB: Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 1, Immunoglobulin gamma-1 heavy chain |
-分子 #2: VH27
分子 | 名称: VH27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.564035 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFDIY YSYYIGWVRR APGKGEELVA RISPSYGSTS YADSVKGRFT ISADISKNTA YLQMNSLRV EDTAVYYCAR FAYPWYVADD ALDYWGQGTL VTVSS |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #5: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: AMP |
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分子量 | 理論値: 347.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-AMP: |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #7: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: phosphate buffered saline |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |