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万見
- EMDB-39983: Cryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-packed connec... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39983
タイトルCryo-EM structure of Mycobacteriophage Douge genome-packed connector (gp5, gp9, gp10, gp12 and gp13)
マップデータ
試料
  • ウイルス: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
    • タンパク質・ペプチド: Portal Protein (gp5)
    • タンパク質・ペプチド: Stopper Protein (gp10)
    • タンパク質・ペプチド: Tail Tube Protein (gp13)
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor Protein (gp9)
    • タンパク質・ペプチド: Terminator Protein (gp12)
キーワードMycobacteriophage / phage structure / Icosahedral / cryo-EM / protein assembly / VIRUS / VIRAL PROTEIN
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Maharana J / Wang CH / Tsai LA / Lowary TL / Ho MC
資金援助 台湾, 2件
OrganizationGrant number国
Academia Sinica (Taiwan) 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mycobacteriophage cryo-EM studies reveal the siphophage architecture at the amino acid level and its host interaction for viral genome ejection
著者: Maharana J / Wang CH / Tsai LA / Lowary TL / Ho MC
履歴
登録2024年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39983.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39983.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 543.232 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 543.232 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 543.232 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.7433553 - 1.1568037
平均 (標準偏差)-0.0027606671 (±0.039421253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 543.232 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39983_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39983_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

全体名称: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
要素
  • ウイルス: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
    • タンパク質・ペプチド: Portal Protein (gp5)
    • タンパク質・ペプチド: Stopper Protein (gp10)
    • タンパク質・ペプチド: Tail Tube Protein (gp13)
    • タンパク質・ペプチド: Adaptor Protein (gp9)
    • タンパク質・ペプチド: Terminator Protein (gp12)

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超分子 #1: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155

超分子名称: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 246196 / 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Portal Protein (gp5)

分子名称: Portal Protein (gp5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 56.662449 KDa
配列文字列: IELPDAISDG EVRKLVENEF WPEFVRRREK LDRIAQWARG EQPDYLIQNA NREKRALLKL AKTPWLGLVV THFTQALFVD GYRAEGSKE NAKGPWQTWN ANKMQSKQIA IHRAALTYGY SYARVLPGVA LDGANQAEIH GVSPRRLLAL YEDQINDEYP K YALELANN ...文字列:
IELPDAISDG EVRKLVENEF WPEFVRRREK LDRIAQWARG EQPDYLIQNA NREKRALLKL AKTPWLGLVV THFTQALFVD GYRAEGSKE NAKGPWQTWN ANKMQSKQIA IHRAALTYGY SYARVLPGVA LDGANQAEIH GVSPRRLLAL YEDQINDEYP K YALELANN GKTVRLYTDT DYYELRMPSP GNFPNEQVIK KVHHGVGVCP FVRYVNMMDL DGFTMGEVEY LVPVASKIDK TD YDRLLAQ HYNSWKVKVA TGIDDLSEDA TPEEQQRAKL ILAQDDILMH GNHEAKFYTL PETSLDGFIA AHTQDVEILA NNA QVPVWI LNGQLANLSA DALTAATKGT IQKLYERQVT FGAAHNQVLR LAAHVEGDTE GARDFTASVS WQDTSVRSLA QAVD AYGKA ATMLGMPKEF LWGLIPGITK TDVEAMRQHF NDDDEMTQML LWWTPNGPGG EFAAEIEVDS QTQIIEAQGD VQKDL QDAQ AKAQADLAKQ NAAAQQRQAV AV

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分子 #2: Stopper Protein (gp10)

分子名称: Stopper Protein (gp10) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.334563 KDa
配列文字列:
MNDETLTVYR GATDNKGNPN KQVHGTVKGV FAWGPGTSTN KFGRDRNFKG ESSSLTAELY VKRGADLKAR DRIRRANGEE YSVVGHAAW DQGHPFDGFD FGYMVFQVEA VN

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分子 #3: Tail Tube Protein (gp13)

分子名称: Tail Tube Protein (gp13) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 31.98083 KDa
配列文字列: TDFYTIKDAQ ADLAIAPLNL TVLLAPYSTT PATTLESPTD GSLAIPPGYK SVGHFEKQAG LTLGNEFDSK DIEAYGEPEP IRTIINKRT TTFDFAMYQN QRNVLELIWT QDFSNIQPSE FGGIVLEAPK VPKNIYYRAI LVGMDDRNDR PIWLYWLMPK V KLDKLDNQ ...文字列:
TDFYTIKDAQ ADLAIAPLNL TVLLAPYSTT PATTLESPTD GSLAIPPGYK SVGHFEKQAG LTLGNEFDSK DIEAYGEPEP IRTIINKRT TTFDFAMYQN QRNVLELIWT QDFSNIQPSE FGGIVLEAPK VPKNIYYRAI LVGMDDRNDR PIWLYWLMPK V KLDKLDNQ TLNDDNVIEY KPTLKAFRDD VVGYSVAQGF AGPGWRDLVA TAGFGEALTA LTITPGSPTV TVATGASHTA QL LVEGDNG INYTPDVVFT SSAPDKASVS AAGLVTGVAA GSATITATKG ALTATATVTV TA

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分子 #4: Adaptor Protein (gp9)

分子名称: Adaptor Protein (gp9) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.174126 KDa
配列文字列:
AGLATIDELQ TLMSTVFEDD ALEQAQLVLD IVSSWARVVS GQMWPDAPAN VPDDVRAVVL QASRRELKNP DRVISRQMGP FNVQYSQPP DGFFYPAELA ILKRFKRSGG LMTVSTSRGE EGRPWAGKTA YIRYGDGL

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分子 #5: Terminator Protein (gp12)

分子名称: Terminator Protein (gp12) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 19.002715 KDa
配列文字列:
AVVLPDWYEE AFVNVENLFI DMFTDLLPDY ESGCWAPDDW LADEIEVKPT IWFFRLPGGR VDWDGRKDEC QLQVMVVTGS RDDSWRLMD FVRAMLLPMQ GDKYKMADGY TAQIRCAGEV AGPQLLTPGQ RIDTRVVTAT FKVSVSMKSA KNYKQKLYEL W QALRG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.43 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 28210
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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