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万見
- EMDB-39858: Cryo-EM structure of the insect olfactory receptor OR5-Orco heter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39858
タイトルCryo-EM structure of the insect olfactory receptor OR5-Orco heterocomplex from Acyrthosiphon pisum bound with geranyl acetate
マップデータ
試料
  • 複合体: OR-Orco heterocomplex
    • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor, ApisOrco
    • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor, ApisOR5
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: [(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] ethanoate
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Olfactory receptor, insect / 7tm Odorant receptor / olfactory receptor activity / odorant binding / signal transduction / plasma membrane / Odorant receptor / Odorant receptor
機能・相同性情報
生物種Acyrthosiphon pisum (エンドウヒゲナガアブラムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Wang YD / Qiu L / Guan ZY / Wang Q / Wang GR / Yin P
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Structural basis for odorant recognition of the insect odorant receptor OR-Orco heterocomplex.
著者: Yidong Wang / Liang Qiu / Bing Wang / Zeyuan Guan / Zhi Dong / Jie Zhang / Song Cao / Lulu Yang / Bo Wang / Zhou Gong / Liwei Zhang / Weihua Ma / Zhu Liu / Delin Zhang / Guirong Wang / Ping Yin /
要旨: Insects detect and discriminate a diverse array of chemicals using odorant receptors (ORs), which are ligand-gated ion channels comprising a divergent odorant-sensing OR and a conserved odorant ...Insects detect and discriminate a diverse array of chemicals using odorant receptors (ORs), which are ligand-gated ion channels comprising a divergent odorant-sensing OR and a conserved odorant receptor co-receptor (Orco). In this work, we report structures of the OR5-Orco heterocomplex from the pea aphid alone and bound to its known activating ligand, geranyl acetate. In these structures, three Orco subunits serve as scaffold components that cannot bind the ligand and remain relatively unchanged. Upon ligand binding, the pore-forming helix S7b of OR5 shifts outward from the central pore axis, causing an asymmetrical pore opening for ion influx. Our study provides insights into odorant recognition and channel gating of the OR-Orco heterocomplex and offers structural resources to support development of innovative insecticides and repellents for pest control.
履歴
登録2024年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月19日-
マップ公開2024年6月19日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39858.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39858.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å		1.07 Å/pix.
x 240 pix.
= 256.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-2.6173956 - 4.87328
平均 (標準偏差)0.0067998795 (±0.1287799)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39858_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39858_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OR-Orco heterocomplex

全体名称: OR-Orco heterocomplex
要素
  • 複合体: OR-Orco heterocomplex
    • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor, ApisOrco
    • タンパク質・ペプチド: Odorant receptor, ApisOR5
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: [(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] ethanoate

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超分子 #1: OR-Orco heterocomplex

超分子名称: OR-Orco heterocomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Acyrthosiphon pisum (エンドウヒゲナガアブラムシ)

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分子 #1: Odorant receptor, ApisOrco

分子名称: Odorant receptor, ApisOrco / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acyrthosiphon pisum (エンドウヒゲナガアブラムシ)
分子量理論値: 52.916766 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGYKKDGLIK DLWPNIRLIQ LSGLFISEYY DDYSGLAVLF RKIYSWITAI IIYSQFIFIV IFMVTKSNDS DQLAAGVVTT LFFTHSMIK FVYFSTGTKS FYRTLSCWNN TSPHPLFAES HSRFHAKSLS RMRQLLIIVS IVTIFTTISW TTITFFGESV W KVPDPETF ...文字列:
MGYKKDGLIK DLWPNIRLIQ LSGLFISEYY DDYSGLAVLF RKIYSWITAI IIYSQFIFIV IFMVTKSNDS DQLAAGVVTT LFFTHSMIK FVYFSTGTKS FYRTLSCWNN TSPHPLFAES HSRFHAKSLS RMRQLLIIVS IVTIFTTISW TTITFFGESV W KVPDPETF NQTMYVPVPR LMLHSWYPWD SGHGLGYIVA FVLQFYWVFI TLSHSNLMEL LFSSFLVHAC EQLQHLKEIL NP LIELSAT LDSSVHNPAE IFRANSAKNQ SINGIDHDYN GSYVNEITEY GTKGENEPNR KGPNNLTSNQ EVLVRSAIKY WVE RHKHVV KYVSLITECY GSALLFHMLV STVILTILAY QATKINGVNV FAFSTIGYLM YSFAQIFMFC IHGNELIEES SSVM EAAYG CHWYDGSEEA KTFVQIVCQQ CQKPLIVSGA KFFNVSLDLF ASVLGAVVTY FMVLVQLK

UniProtKB: Odorant receptor

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分子 #2: Odorant receptor, ApisOR5

分子名称: Odorant receptor, ApisOR5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acyrthosiphon pisum (エンドウヒゲナガアブラムシ)
分子量理論値: 42.45407 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MQRIDTINMF LQMTGCTDSK AMLYLTYFEF LITFYYLIAT YASIVHFEQS VTIQLFALLC MLIECVILLN ITFRLYHKNH IREMHQYSR RLGIPDSYRS VINVITKYHL IASNIFVVFP VTYAIFCDSV RVGDPFTFPF LDVLPMHTDN LAIYACKYLV Y AISVYIAH ...文字列:
MQRIDTINMF LQMTGCTDSK AMLYLTYFEF LITFYYLIAT YASIVHFEQS VTIQLFALLC MLIECVILLN ITFRLYHKNH IREMHQYSR RLGIPDSYRS VINVITKYHL IASNIFVVFP VTYAIFCDSV RVGDPFTFPF LDVLPMHTDN LAIYACKYLV Y AISVYIAH VELCFINTTF IYYVGVLKHR LETIVQTIGE AFADNDEQKF KYAIIQHQKL LSYFNTMKIV FSKPILLSMS FN AIYFGLT TSFVIQAIRG YINQAILSIC IASSAAAVIN ITIYTFYGSE LMDLHDKILH VLFDNAFFYV SKSFKSSILI MMT RVTIPL KFTVGYIFTI NLNLLLKILK MSYTVLNVLL SSETIKPHKL S

UniProtKB: Odorant receptor

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分子 #3: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 7 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #4: [(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] ethanoate

分子名称: [(2E)-3,7-dimethylocta-2,6-dienyl] ethanoate / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: SOU
分子量理論値: 196.286 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 399858
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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