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- EMDB-39799: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylg... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39799
タイトルStructure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
    • タンパク質・ペプチド: Polycystin-1
    • タンパク質・ペプチド: Polycystin-2
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHeterotetrameric TRP channel / Polycystin / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric distal tubule morphogenesis / nitrogen cycle metabolic process / detection of nodal flow / metanephric smooth muscle tissue development / metanephric cortex development / metanephric cortical collecting duct development / metanephric distal tubule development / polycystin complex / mesonephric tubule development / mesonephric duct development ...metanephric distal tubule morphogenesis / nitrogen cycle metabolic process / detection of nodal flow / metanephric smooth muscle tissue development / metanephric cortex development / metanephric cortical collecting duct development / metanephric distal tubule development / polycystin complex / mesonephric tubule development / mesonephric duct development / metanephric part of ureteric bud development / renal tubule morphogenesis / determination of liver left/right asymmetry / lung epithelium development / metanephric ascending thin limb development / lymph vessel morphogenesis / metanephric mesenchyme development / metanephric S-shaped body morphogenesis / basal cortex / renal artery morphogenesis / mitocytosis / metanephric proximal tubule development / HLH domain binding / calcium-independent cell-matrix adhesion / Wnt receptor activity / VxPx cargo-targeting to cilium / genitalia development / cilium organization / migrasome / muscle alpha-actinin binding / regulation of calcium ion import / calcium-induced calcium release activity / detection of mechanical stimulus / voltage-gated monoatomic ion channel activity / placenta blood vessel development / cellular response to hydrostatic pressure / Golgi-associated vesicle membrane / cation channel complex / response to fluid shear stress / metanephric collecting duct development / cellular response to fluid shear stress / outward rectifier potassium channel activity / cartilage development / non-motile cilium / motile cilium / actinin binding / cellular response to osmotic stress / determination of left/right symmetry / digestive tract development / : / neural tube development / voltage-gated monoatomic cation channel activity / voltage-gated sodium channel activity / branching involved in ureteric bud morphogenesis / cartilage condensation / aorta development / ciliary membrane / skin development / branching morphogenesis of an epithelial tube / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterotetramerization / spinal cord development / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / heart looping / establishment of cell polarity / homophilic cell-cell adhesion / centrosome duplication / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / lateral plasma membrane / anatomical structure morphogenesis / voltage-gated potassium channel activity / embryonic placenta development / potassium channel activity / regulation of cell adhesion / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / voltage-gated calcium channel activity / transcription regulator inhibitor activity / monoatomic cation channel activity / cytoskeletal protein binding / regulation of proteasomal protein catabolic process / release of sequestered calcium ion into cytosol / protein export from nucleus / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / cellular response to calcium ion / establishment of localization in cell / cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to cAMP / basal plasma membrane / regulation of mitotic spindle organization / cell-matrix adhesion / sodium ion transmembrane transport / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to reactive oxygen species / kidney development / protein tetramerization / liver development / phosphoprotein binding / calcium ion transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Polycystic kidney disease type 1 protein / PKD/REJ-like domain / Polycystin cation channel / REJ domain / REJ domain / REJ domain profile. / Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. ...Polycystic kidney disease type 1 protein / PKD/REJ-like domain / Polycystin cation channel / REJ domain / REJ domain / REJ domain profile. / Polycystin-1 like, PLAT/LH2 domain / Carbohydrate-binding WSC / WSC domain / WSC domain profile. / present in yeast cell wall integrity and stress response component proteins / Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / : / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin domain / PKD domain / Polycystin domain / Lipoxygenase homology 2 (beta barrel) domain / PLAT/LH2 domain / PLAT/LH2 domain superfamily / PLAT/LH2 domain / PLAT domain profile. / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / : / GPS motif / G-protein-coupled receptor proteolytic site domain / GAIN-B domain profile. / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Voltage-dependent channel domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycystin-1 / Polycystin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chen MY / Su Q / Shi YG
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930059 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81920108015 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
著者: Chen M / Su Q / Shi Y
履歴
登録2024年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39799.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39799.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 260.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0152
最小 - 最大-0.05808125 - 0.1231994
平均 (標準偏差)0.0004090873 (±0.0038407086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 260.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39799_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39799_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylg...

全体名称: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
要素
  • 複合体: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
    • タンパク質・ペプチド: Polycystin-1
    • タンパク質・ペプチド: Polycystin-2
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylg...

超分子名称: Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Polycystin-1

分子名称: Polycystin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 138.627828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG ASLFVPPSHV RFVFPEPTAD VNYIVMLTCA VCLVTYMVMA AILHKLDQLD ASRGRAIPFC GQRGRFKYEI LVKTGWGRG SGTTAHVGIM LYGVDSRSGH RHLDGDRAFH RNSLDIFRIA TPHSLGSVWK IRVWHDNKGL SPAWFLQHVI V RDLQTARS ...文字列:
MDYKDDDDKG ASLFVPPSHV RFVFPEPTAD VNYIVMLTCA VCLVTYMVMA AILHKLDQLD ASRGRAIPFC GQRGRFKYEI LVKTGWGRG SGTTAHVGIM LYGVDSRSGH RHLDGDRAFH RNSLDIFRIA TPHSLGSVWK IRVWHDNKGL SPAWFLQHVI V RDLQTARS AFFLVNDWLS VETEANGGLV EKEVLAASDA ALLRFRRLLV AELQRGFFDK HIWLSIWDRP PRSRFTRIQR AT CCVLLIC LFLGANAVWY GAVGDSAYST GHVSRLSPLS VDTVAVGLVS SVVVYPVYLA ILFLFRMSRS KVAGSPSPTP AGQ QVLDID SCLDSSVLDS SFLTFSGLHA EQAFVGQMKS DLFLDDSKSL VCWPSGEGTL SWPDLLSDPS IVGSNLRQLA RGQA GHGLG PEEDGFSLAS PYSPAKSFSA SDEDLIQQVL AEGVSSPAPT QDTHMETDLL SSLSSTPGEK TETLALQRLG ELGPP SPGL NWEQPQAARL SRTGLVEGLR KRLLPAWCAS LAHGLSLLLV AVAVAVSGWV GASFPPGVSV AWLLSSSASF LASFLG WEP LKVLLEALYF SLVAKRLHPD EDDTLVESPA VTPVSARVPR VRPPHGFALF LAKEEARKVK RLHGMLRSLL VYMLFLL VT LLASYGDASC HGHAYRLQSA IKQELHSRAF LAITRSEELW PWMAHVLLPY VHGNQSSPEL GPPRLRQVRL QEALYPDP P GPRVHTCSAA GGFSTSDYDV GWESPHNGSG TWAYSAPDLL GAWSWGSCAV YDSGGYVQEL GLSLEESRDR LRFLQLHNW LDNRSRAVFL ELTRYSPAVG LHAAVTLRLE FPAAGRALAA LSVRPFALRR LSAGLSLPLL TSVCLLLFAV HFAVAEARTW HREGRWRVL RLGAWARWLL VALTAATALV RLAQLGAADR QWTRFVRGRP RRFTSFDQVA QLSSAARGLA ASLLFLLLVK A AQQLRFVR QWSVFGKTLC RALPELLGVT LGLVVLGVAY AQLAILLVSS CVDSLWSVAQ ALLVLCPGTG LSTLCPAESW HL SPLLCVG LWALRLWGAL RLGAVILRWR YHALRGELYR PAWEPQDYEM VELFLRRLRL WMGLSKVKEF RHKVRFEGME PLP SRSSRG SKVSPDVPPP SAGSDASHPS TSSSQLDGLS VSLGRLGTRC EPEPSRLQAV FEALLTQFDR LNQATEDVYQ LEQQ LHSLQ GRRSSRAPAG SSRGPSPGLR PALPSRLARA SRGVDLATGP SRTPLRAKNK VHPSSTL

UniProtKB: Polycystin-1

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分子 #2: Polycystin-2

分子名称: Polycystin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.555008 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGASSAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGSAAAM VNSSRVQPQQ PGDAKRPPAP RAPDPGRLMA GCAAVGASLA APGGLCEQR GLEIEMQRIR QAAARDPPAG AAASPSPPLS SCSRQAWSRD NPGFEAEEEE EEVEGEEGGM VVEMDVEWRP G SRRSAASS ...文字列:
MGASSAWSHP QFEKGGGSGG GSGGSAWSHP QFEKGSAAAM VNSSRVQPQQ PGDAKRPPAP RAPDPGRLMA GCAAVGASLA APGGLCEQR GLEIEMQRIR QAAARDPPAG AAASPSPPLS SCSRQAWSRD NPGFEAEEEE EEVEGEEGGM VVEMDVEWRP G SRRSAASS AVSSVGARSR GLGGYHGAGH PSGRRRRRED QGPPCPSPVG GGDPLHRHLP LEGQPPRVAW AERLVRGLRG LW GTRLMEE SSTNREKYLK SVLRELVTYL LFLIVLCILT YGMMSSNVYY YTRMMSQLFL DTPVSKTEKT NFKTLSSMED FWK FTEGSL LDGLYWKMQP SNQTEADNRS FIFYENLLLG VPRIRQLRVR NGSCSIPQDL RDEIKECYDV YSVSSEDRAP FGPR NGTAW IYTSEKDLNG SSHWGIIATY SGAGYYLDLS RTREETAAQV ASLKKNVWLD RGTRATFIDF SVYNANINLF CVVRL LVEF PATGGVIPSW QFQPLKLIRY VTTFDFFLAA CEIIFCFFIF YYVVEEILEI RIHKLHYFRS FWNCLDVVIV VLSVVA IGI NIYRTSNVEV LLQFLEDQNT FPNFEHLAYW QIQFNNIAAV TVFFVWIKLF KFINFNRTMS QLSTTMSRCA KDLFGFA IM FFIIFLAYAQ LAYLVFGTQV DDFSTFQECI FTQFRIILGD INFAEIEEAN RVLGPIYFTT FVFFMFFILL NMFLAIIN D TYSEVKSDLA QQKAEMELSD LIRKGYHKAL VKLKLKKNTV DDISESLRQG GGKLNFDELR QDLKGKGHTD AEIEAIFTK YDQDGDQELT EHEHQQMRDD LEKEREDLDL DHSSLPRPMS SRSFPRSLDD SEEDDDEDSG HSSRRRGSIS SGVSYEEFQV LVRRVDRME HSIGSIVSKI DAVIVKLEIM ERAKLKRREV LGRLLDGVAE DERLGRDSEI HREQMERLVR EELERWESDD A ASQISHGL GTPVGLNGQP RPRSSRPSSS QSTEGMEGAG GNGSSNVHV

UniProtKB: Polycystin-2

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分子 #3: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]o...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PGW
分子量理論値: 749.007 Da

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6a70

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 852238
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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