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- EMDB-39770: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila at near-atomi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39770
タイトルLH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila at near-atomic resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: Anhydrorhodovibrin
  • リガンド: water
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Light-harvesing / purple sulfur bacteria / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antenna complex, beta subunit, conserved site / Antenna complexes beta subunits signature. / Antenna complex, alpha subunit / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex alpha/beta subunit / Light-harvesting complex
類似検索 - ドメイン・相同性
Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein / Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌) / Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Burtseva AD / Baymukhametov TN / Popov VO / Ashikhmin AA / Boyko KM
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation23-74-00062 ロシア
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Near-atomic cryo-EM structure of the light-harvesting complex LH2 from the sulfur purple bacterium Ectothiorhodospira haloalkaliphila.
著者: Anna D Burtseva / Timur N Baymukhametov / Maxim A Bolshakov / Zoya К Makhneva / Andrey V Mardanov / Andrey M Tsedilin / Huawei Zhang / Vladimir O Popov / Aleksandr A Ashikhmin / Konstantin M Boyko /
要旨: Bacteria with the simplest system for solar energy absorption and conversion use various types of light-harvesting complexes for these purposes. Light-harvesting complex 2 (LH2), an important ...Bacteria with the simplest system for solar energy absorption and conversion use various types of light-harvesting complexes for these purposes. Light-harvesting complex 2 (LH2), an important component of the bacterial photosynthetic apparatus, has been structurally well characterized among purple non-sulfur bacteria. In contrast, so far only one high-resolution LH2 structure from sulfur bacteria is known. Here, we report the near-atomic resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the LH2 complex from the purple sulfur bacterium Ectothiorhodospira haloalkaliphila, which allowed us to determine the predominant polypeptide composition of this complex and the identification of the most probable type of its carotenoid. Comparison of our structure with the only known LH2 complex from a sulfur bacterium revealed severe differences in the overall ring-like organization. Expanding the architectural universe of bacterial light-harvesting complexes, our results demonstrate that, as observed for non-sulfur bacteria, the LH2 complexes of sulfur bacteria may also exhibit various types of spatial organization.
履歴
登録2024年4月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年1月1日-
現状2025年1月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39770.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39770.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.67 Å/pix.
x 400 pix.
= 268. Å		0.67 Å/pix.
x 400 pix.
= 268. Å		0.67 Å/pix.
x 400 pix.
= 268. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.67 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.38
最小 - 最大-2.7972505 - 4.536589
平均 (標準偏差)0.00081402477 (±0.061652914)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 268.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_39770_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_39770_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_39770_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39770_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39770_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila

全体名称: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila
要素
  • 複合体: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL A
  • リガンド: Anhydrorhodovibrin
  • リガンド: water

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超分子 #1: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila

超分子名称: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌)

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分子 #1: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

分子名称: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 5.468237 KDa
配列文字列:
MYDNSISGLT EEQAKEFHEQ FKTTFTVFMV LAAAAHFLVF LWRPFY

UniProtKB: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

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分子 #2: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

分子名称: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)
分子量理論値: 7.855903 KDa
配列文字列:
MSEYRPSKPS NPRDDWKLWL VVNPGTWLMP ILMAVLVVAL VVHAFVYSND NYNPLTFDAS AEVAAEEAAE

UniProtKB: Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein

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分子 #3: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 24 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

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分子 #4: Anhydrorhodovibrin

分子名称: Anhydrorhodovibrin / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: A1L0S
分子量理論値: 566.899 Da

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 88 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
詳細: The grids were stored under low vacuum conditions and were not specifically pretreated.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH, Germany).
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7346 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 52.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1589688
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 324434
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8z4v:
LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila at near-atomic resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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