PDB-8z4v: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila at near-atomi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8z4v

タイトル

LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila at near-atomic resolution

要素

Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain
Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

キーワード

PHOTOSYNTHESIS / Light-harvesing / purple sulfur bacteria / cryo-EM

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Burtseva, A.D. / Baymukhametov, T.N. / Popov, V.O. / Ashikhmin, A.A. / Boyko, K.M.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Near-atomic cryo-EM structure of the light-harvesting complex LH2 from the sulfur purple bacterium Ectothiorhodospira haloalkaliphila.
著者: Anna D Burtseva / Timur N Baymukhametov / Maxim A Bolshakov / Zoya К Makhneva / Andrey V Mardanov / Andrey M Tsedilin / Huawei Zhang / Vladimir O Popov / Aleksandr A Ashikhmin / Konstantin M Boyko /

要旨: Bacteria with the simplest system for solar energy absorption and conversion use various types of light-harvesting complexes for these purposes. Light-harvesting complex 2 (LH2), an important ...

履歴

登録	2024年4月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8z4v.cif.gz	213.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8z4v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8z4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8z4v_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8z4v_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8z4v_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	8z4v_validation.cif.gz	72.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/8z4v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39770MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

C: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

D: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

E: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

G: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

H: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

J: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

K: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

M: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

N: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

P: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

Q: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

S: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

T: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

V: Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta

W: Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain

ヘテロ分子

133 kDa, 16 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
2	1	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
3	2	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
4	2	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
5	3	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
6	3	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
7	4	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
8	4	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
9	5	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
10	5	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
11	6	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
12	6	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
13	7	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	4 - 46	4 - 46
14	7	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
15	8	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
16	8	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
17	9	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
18	9	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
19	10	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
20	10	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
21	11	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
22	11	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
23	12	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
24	12	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
25	13	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
26	13	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
27	14	GLU	GLU	PHE	PHE	C	B	3 - 57	3 - 57
28	14	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57
29	15	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
30	15	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
31	16	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
32	16	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
33	17	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
34	17	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
35	18	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
36	18	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
37	19	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
38	19	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
39	20	ASN	ASN	TYR	TYR	D	C	4 - 46	4 - 46
40	20	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
41	21	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
42	21	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
43	22	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
44	22	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
45	23	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
46	23	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
47	24	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
48	24	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
49	25	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
50	25	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
51	26	GLU	GLU	PHE	PHE	E	D	3 - 57	3 - 57
52	26	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57
53	27	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
54	27	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
55	28	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
56	28	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
57	29	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
58	29	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
59	30	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
60	30	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
61	31	ASN	ASN	TYR	TYR	G	E	4 - 46	4 - 46
62	31	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
63	32	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
64	32	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
65	33	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
66	33	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
67	34	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
68	34	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
69	35	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
70	35	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
71	36	GLU	GLU	PHE	PHE	H	F	3 - 57	3 - 57
72	36	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57
73	37	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
74	37	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
75	38	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
76	38	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
77	39	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
78	39	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
79	40	ASN	ASN	TYR	TYR	J	G	4 - 46	4 - 46
80	40	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
81	41	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
82	41	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
83	42	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
84	42	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
85	43	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
86	43	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
87	44	GLU	GLU	PHE	PHE	K	H	3 - 57	3 - 57
88	44	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57
89	45	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
90	45	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
91	46	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
92	46	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
93	47	ASN	ASN	TYR	TYR	M	I	4 - 46	4 - 46
94	47	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
95	48	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
96	48	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
97	49	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
98	49	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
99	50	GLU	GLU	PHE	PHE	N	J	3 - 57	3 - 57
100	50	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57
101	51	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
102	51	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
103	52	ASN	ASN	TYR	TYR	P	K	4 - 46	4 - 46
104	52	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
105	53	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
106	53	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
107	54	GLU	GLU	PHE	PHE	Q	L	3 - 57	3 - 57
108	54	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57
109	55	ASN	ASN	TYR	TYR	S	M	4 - 46	4 - 46
110	55	ASN	ASN	TYR	TYR	V	O	4 - 46	4 - 46
111	56	GLU	GLU	PHE	PHE	T	N	3 - 57	3 - 57
112	56	GLU	GLU	PHE	PHE	W	P	3 - 57	3 - 57

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30
16	Local NCS retraints between domains: 31 32
17	Local NCS retraints between domains: 33 34
18	Local NCS retraints between domains: 35 36
19	Local NCS retraints between domains: 37 38
20	Local NCS retraints between domains: 39 40
21	Local NCS retraints between domains: 41 42
22	Local NCS retraints between domains: 43 44
23	Local NCS retraints between domains: 45 46
24	Local NCS retraints between domains: 47 48
25	Local NCS retraints between domains: 49 50
26	Local NCS retraints between domains: 51 52
27	Local NCS retraints between domains: 53 54
28	Local NCS retraints between domains: 55 56
29	Local NCS retraints between domains: 57 58
30	Local NCS retraints between domains: 59 60
31	Local NCS retraints between domains: 61 62
32	Local NCS retraints between domains: 63 64
33	Local NCS retraints between domains: 65 66
34	Local NCS retraints between domains: 67 68
35	Local NCS retraints between domains: 69 70
36	Local NCS retraints between domains: 71 72
37	Local NCS retraints between domains: 73 74
38	Local NCS retraints between domains: 75 76
39	Local NCS retraints between domains: 77 78
40	Local NCS retraints between domains: 79 80
41	Local NCS retraints between domains: 81 82
42	Local NCS retraints between domains: 83 84
43	Local NCS retraints between domains: 85 86
44	Local NCS retraints between domains: 87 88
45	Local NCS retraints between domains: 89 90
46	Local NCS retraints between domains: 91 92
47	Local NCS retraints between domains: 93 94
48	Local NCS retraints between domains: 95 96
49	Local NCS retraints between domains: 97 98
50	Local NCS retraints between domains: 99 100
51	Local NCS retraints between domains: 101 102
52	Local NCS retraints between domains: 103 104
53	Local NCS retraints between domains: 105 106
54	Local NCS retraints between domains: 107 108
55	Local NCS retraints between domains: 109 110
56	Local NCS retraints between domains: 111 112

#1: タンパク質・ペプチド	Light-harvesting protein B:800-850 subunit beta 分子量: 5468.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: W8KQR0
#2: タンパク質	Light-harvesting protein B-800/850 alpha chain / Antenna complex alpha/beta subunit domain-containing protein 分子量: 7855.903 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Ectothiorhodospira haloalkaliphila ATCC 51935 (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: W8KE12
#3: 化合物	... ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A 分子量: 911.504 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄MgN₄O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-A1L0S / Anhydrorhodovibrin / (6~{E},8~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{E},24~{E},26~{E},28~{E})-31-methoxy-2,6,10,14,19,23,27,31-octamethyl-dotriaconta-2,6,8,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaene 分子量: 566.899 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₅₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: LH2 complex from Ectothiorhodospira haloalkaliphila / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Ectothiorhodospira haloalkaliphila (紅色硫黄細菌)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	詳細: The grids were stored under low vacuum conditions and were not specifically pretreated. グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結	装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually.
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 52.5 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7346
電子光学装置	エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 15 eV 球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs corrector (CEOS GmbH, Germany).
画像スキャン	横: 5760 / 縦: 4092

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	バージョン	カテゴリ
1	Warp	1.0.9	粒子像選択
2	SerialEM	4.0.4	画像取得
4	Warp	1.0.9	CTF補正
7	Coot	0.9.8.92	モデルフィッティング
9	cryoSPARC	4.4.1	初期オイラー角割当
10	cryoSPARC	4.4.1	最終オイラー角割当
12	cryoSPARC	4.4.1	３次元再構成
19	Servalcat	1.6.0	モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

粒子像の選択

選択した粒子像数: 1589688

対称性

点対称性: C₈ (8回回転対称)

3次元再構成

解像度: 1.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 324434 / 対称性のタイプ: POINT

原子モデル構築

プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

精密化

解像度: 1.7→93.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / WR_factor R_work: 0.239 / SU B: 1.442 / SU ML: 0.042 / Average fsc overall: 0.8484 / Average fsc work: 0.8484 / ESU R: 0.073 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.2387	281392	-
all	0.239	-	-
R_free	-	-	0 %
obs	-	-	100 %

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.95 Å²

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_refined_d	0.013	0.014	8368
ELECTRON MICROSCOPY	r_bond_other_d	0.025	0.018	7912
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_refined_deg	4.122	1.947	11768
ELECTRON MICROSCOPY	r_angle_other_deg	1.415	1.838	17880
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_1_deg	5.412	5	760
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_2_deg	26.483	17.143	448
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_3_deg	11.572	15	872
ELECTRON MICROSCOPY	r_dihedral_angle_4_deg	5.163	15	8
ELECTRON MICROSCOPY	r_chiral_restr	0.09	0.2	1000
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	9472
ELECTRON MICROSCOPY	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1992
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbd_refined	0.216	0.2	3696
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbd_other	0.155	0.2	15634
ELECTRON MICROSCOPY	r_nbtor_refined	0.183	0.2	7952
ELECTRON MICROSCOPY	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	6858
ELECTRON MICROSCOPY	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	288
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_it	2.257	3.251	3104
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcbond_other	2.258	3.25	3103
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_it	3.436	4.864	3848
ELECTRON MICROSCOPY	r_mcangle_other	3.435	4.865	3849
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_it	2.633	3.487	5264
ELECTRON MICROSCOPY	r_scbond_other	2.633	3.487	5265
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_it	4.024	5.062	7920
ELECTRON MICROSCOPY	r_scangle_other	4.024	5.063	7921
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_it	6.654	59.154	31282
ELECTRON MICROSCOPY	r_lrange_other	6.654	59.155	31279
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_1	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_2	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_3	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_4	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_5	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_6	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_7	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_8	0	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_9	0	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_10	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_11	0.033	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_12	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_13	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_14	0	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_15	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_16	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_17	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_18	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_19	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_20	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_21	0	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_22	0.031	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_23	0.032	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_24	0.031	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_25	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_26	0	0.05	3308
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_27	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_28	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_29	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_30	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_31	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_32	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_33	0.033	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_34	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_35	0.031	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_36	0	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_37	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_38	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_39	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_40	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_41	0.002	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_42	0	0.05	3308
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_43	0.001	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_44	0.031	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_45	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_46	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_47	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_48	0.002	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_49	0.002	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_50	0.032	0.05	3304
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_51	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_52	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_53	0.001	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_54	0.031	0.05	3306
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_55	0	0.05	2750
ELECTRON MICROSCOPY	r_ncsr_local_group_56	0.031	0.05	3304

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
1	2	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
2	3	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00011	0.05006
2	4	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00011	0.05006
3	5	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
3	6	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
4	7	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00011	0.05006
4	8	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00011	0.05006
5	9	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
5	10	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
6	11	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00011	0.05006
6	12	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00011	0.05006
7	13	A	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
7	14	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
8	15	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
8	16	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
9	17	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	7.0E-5	0.05009
9	18	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	7.0E-5	0.05009
10	19	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03124	0.05009
10	20	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03124	0.05009
11	21	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0325	0.05009
11	22	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.0325	0.05009
12	23	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03126	0.05009
12	24	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03126	0.05009
13	25	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03073	0.05009
13	26	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03073	0.05009
14	27	C	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
14	28	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
15	29	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
15	30	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
16	31	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
16	32	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
17	33	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
17	34	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
18	35	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	3.0E-5	0.05006
18	36	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	3.0E-5	0.05006
19	37	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
19	38	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00046	0.05006
20	39	D	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
20	40	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
21	41	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
21	42	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
22	43	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03121	0.05009
22	44	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03121	0.05009
23	45	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03248	0.05009
23	46	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03248	0.05009
24	47	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03123	0.05009
24	48	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03123	0.05009
25	49	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03072	0.05009
25	50	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03072	0.05009
26	51	E	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	7.0E-5	0.05009
26	52	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	7.0E-5	0.05009
27	53	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
27	54	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
28	55	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
28	56	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
29	57	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
29	58	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
30	59	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	4.0E-5	0.05006
30	60	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	4.0E-5	0.05006
31	61	G	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
31	62	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
32	63	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03124	0.05009
32	64	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03124	0.05009
33	65	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03251	0.05009
33	66	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03251	0.05009
34	67	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03127	0.05009
34	68	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03127	0.05009
35	69	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03074	0.05009
35	70	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03074	0.05009
36	71	H	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
36	72	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00021	0.05009
37	73	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00044	0.05006
37	74	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00044	0.05006
38	75	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
38	76	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
39	77	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
39	78	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
40	79	J	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	4.0E-5	0.05006
40	80	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	4.0E-5	0.05006
41	81	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00179	0.05009
41	82	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00179	0.05009
42	83	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	7.0E-5	0.05009
42	84	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	7.0E-5	0.05009
43	85	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00075	0.05009
43	86	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00075	0.05009
44	87	K	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03121	0.05009
44	88	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03121	0.05009
45	89	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00044	0.05006
45	90	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00044	0.05006
46	91	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
46	92	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
47	93	M	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
47	94	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
48	95	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00178	0.05009
48	96	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00178	0.05009
49	97	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00246	0.05009
49	98	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00246	0.05009
50	99	N	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03248	0.05009
50	100	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03248	0.05009
51	101	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
51	102	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
52	103	P	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
52	104	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	5.0E-5	0.05006
53	105	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00076	0.05009
53	106	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00076	0.05009
54	107	Q	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03124	0.05009
54	108	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03124	0.05009
55	109	S	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
55	110	V	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.00045	0.05006
56	111	T	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03072	0.05009
56	112	W	ELECTRON MICROSCOPY	Local ncs	0.03072	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection R_free: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	WR_factor R_work
1.7-1.744	1.035	20839	1.035	20839	0.464	1.035
1.744-1.792	0.779	20398	0.779	20398	0.564	0.779
1.792-1.844	0.643	19633	0.643	19633	0.681	0.643
1.844-1.901	0.595	19061	0.595	19061	0.754	0.595
1.901-1.963	0.515	18647	0.515	18647	0.831	0.515
1.963-2.032	0.335	17922	0.335	17922	0.901	0.335
2.032-2.108	0.245	17339	0.245	17339	0.929	0.245
2.108-2.195	0.212	16623	0.212	16623	0.949	0.212
2.195-2.292	0.203	16082	0.203	16082	0.961	0.203
2.292-2.404	0.195	15325	0.195	15325	0.966	0.195
2.404-2.534	0.182	14516	0.182	14516	0.967	0.182
2.534-2.687	0.19	13764	0.19	13764	0.964	0.19
2.687-2.873	0.178	12899	0.178	12899	0.968	0.178
2.873-3.103	0.163	12126	0.163	12126	0.971	0.163
3.103-3.398	0.165	11000	0.165	11000	0.972	0.165
3.398-3.799	0.154	10009	0.154	10009	0.975	0.154
3.799-4.385	0.161	8812	0.161	8812	0.971	0.161
4.385-5.368	0.196	7434	0.196	7434	0.959	0.196
5.368-7.579	0.291	5774	0.291	5774	0.921	0.291
7.579-93.8	0.46	3189	0.46	3189	0.949	0.46

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-電子顕微鏡撮影

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
電子顕微鏡撮影

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)