[日本語] English
万見
- EMDB-39743: The structure of TGEV RBD and dog APN complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39743
タイトルThe structure of TGEV RBD and dog APN complex
マップデータ
試料
  • 複合体: The PDCoV RBD-dAPN complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase N
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードTGEV / PROTEIN BINDING / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / peptide binding / virus receptor activity / angiogenesis / cell differentiation / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell ...alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / peptide binding / virus receptor activity / angiogenesis / cell differentiation / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain ...Spike glycoprotein, Alphacoronavirus / Spike glycoprotein S1, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1 / Aminopeptidase N-type / ERAP1-like C-terminal domain / : / ERAP1-like C-terminal domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopeptidase N / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ) / TGEV virulent Purdue (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Sun JQ / Niu S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32270157 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Cross-species recognition of two porcine coronaviruses to their cellular receptor aminopeptidase N of dogs and seven other species.
著者: Yuyang Tian / Junqing Sun / Xiaohan Hou / Zhimin Liu / Zeao Chen / Xiaoqian Pan / Ying Wang / Jianle Ren / Ding Zhang / Bo Yang / Longlong Si / Yuhai Bi / Kefang Liu / Guijun Shang / Wen-Xia ...著者: Yuyang Tian / Junqing Sun / Xiaohan Hou / Zhimin Liu / Zeao Chen / Xiaoqian Pan / Ying Wang / Jianle Ren / Ding Zhang / Bo Yang / Longlong Si / Yuhai Bi / Kefang Liu / Guijun Shang / Wen-Xia Tian / Qihui Wang / George Fu Gao / Sheng Niu /
要旨: Porcine deltacoronavirus (PDCoV) and transmissible gastroenteritis coronavirus (TGEV), the two causative agents of porcine diarrhea, have been reported to be at risk of cross-species transmission, ...Porcine deltacoronavirus (PDCoV) and transmissible gastroenteritis coronavirus (TGEV), the two causative agents of porcine diarrhea, have been reported to be at risk of cross-species transmission, including to humans. However, the potential host range in which these two CoVs interact remains unclear. We screened 16 animal counterparts for porcine aminopeptidase N (APN), the receptor of PDCoV and TGEV, and found that APNs from eight of 17 animals could bind to the receptor-binding domains (RBDs) of PDCoV and TGEV. Furthermore, the animal APNs that could bind to the RBDs could mediate cellular infection by both viruses. Dog APN (dAPN) has been identified as the animal receptor with the highest capability to mediate the virus infection. We further resolved the complex structures of dAPN bound to the PDCoV RBD/TGEV RBD, respectively, establishing its divergent receptor-binding modes. We identified R325 of dAPN as an important residue in the PDCoV RBD-dAPN interaction, and found the central role of Q746 and T749 in dAPN in the interaction with the TGEV RBD. These findings provide the molecular basis of the potential cross-species transmission of these two porcine CoVs and shed light on future surveillance of these CoVs.
履歴
登録2024年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_39743.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.69 Å/pix.
x 400 pix.
= 276. Å		0.69 Å/pix.
x 400 pix.
= 276. Å		0.69 Å/pix.
x 400 pix.
= 276. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.126
最小 - 最大-0.36984435 - 1.150758
平均 (標準偏差)0.00076091324 (±0.025732657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 276.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_39743_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_39743_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : The PDCoV RBD-dAPN complex

全体名称: The PDCoV RBD-dAPN complex
要素
  • 複合体: The PDCoV RBD-dAPN complex
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Aminopeptidase N
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: The PDCoV RBD-dAPN complex

超分子名称: The PDCoV RBD-dAPN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)

-
分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: TGEV virulent Purdue (ウイルス)
分子量理論値: 19.363834 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TANLNNGFYP VSSSEVGLVN KSVVLLPSFY THTIVNITID LGMKRSGYGQ PIASTLSNIT LPMQDNNTDV YCIRSDQFSV YVHSTCKSS LWDNIFKRNC TDVLDATAVI KTGTCPFSFD KLNNYLTFNK FCLSLSPVGA NCKFDVAART RTNEQVVRSL Y VIYEEGDN IVGVPSD

UniProtKB: Spike glycoprotein

-
分子 #2: Aminopeptidase N

分子名称: Aminopeptidase N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: membrane alanyl aminopeptidase
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ)
分子量理論値: 107.002961 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EKNKNAESSP VSSPVSSPVS SPVSPTNPST TAATTLAQSK PWNHYRLPKT LIPSSYNVTL RPYLTPNSNG LYTFKGSSTV RFTCKESTS MIIIHSKKLN YTNIQGQRVA LRGVGGSQAP AIDRTELVEV TEYLVVHLRE PLQVNSQYEM DSKFEGELAD D LAGFYRSE ...文字列:
EKNKNAESSP VSSPVSSPVS SPVSPTNPST TAATTLAQSK PWNHYRLPKT LIPSSYNVTL RPYLTPNSNG LYTFKGSSTV RFTCKESTS MIIIHSKKLN YTNIQGQRVA LRGVGGSQAP AIDRTELVEV TEYLVVHLRE PLQVNSQYEM DSKFEGELAD D LAGFYRSE YTENGVKKVL ATTQMQAADA RKSFPCFDEP AMKATFNITL IHPSNLVALS NMLPRGPSVP FTEEPNWNVT EF ETTPIMS TYLLAYIVSE FKNVQENTPS NVLIRIWARP SAMDQGHGNY ALRVTGPILD FFSRHYDTPY PLNKSDQIAL PDF NAGAME NWGLVTYRES ALLYDPQSSS IGNKERVVTV IAHELAHQWF GNLVTLEWWN DLWLNEGFAS YVEYLGADYA EPTW NLKDL IVLNEVYRVM AVDALASSHP LSSPASEVNT PAQISEVFDS ISYSKGASVL RMLSSFLTED LFKKGVASYL HTFAY QNTI YLDLWNHLQW ALGNQTAINL PYTVNAIMDR WILQMGFPVV TVDTTTGTLS QKHFLLDPQS NVTRPSKFNY LWIIPI SSV KSGTQQAHYW MPDNAKVQND LFKTTGDEWV LLNLNVTGYY LVNYDQNNWK KIHTQLQTDL SVIPVINRAQ VIHDTFD LA SAQIVPVTLA LNSTLFLNQE TEYMPWEAAL SSLSYFKLMF DRSEVYGPMK NYLRKQVTPL FNHFEKITQN WTDHPQTL T EQYNEINAVS TACTYGVPKC KDLVSTLFAE WRKNPQNNPI YPNLRSTVYC NAIAQGGEEE WNFVWEQFRN TSLVNEADK LRSALACSTQ VWILNRYLSY TLNPEFIRKQ DVISTLSSIA SNVIGQSLAW DFIQSNWKKL FEDYGTGSFS FSNLIQAVTR RFSTEFELQ QLEQFKANNM DTGFGSGTRA LEQALEKTKA NIKWVKENKE AVLQWFRENS QGGS

UniProtKB: Aminopeptidase N

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 295620
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る