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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-39460 | |||||||||
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タイトル | Structure of HKU1A RBD with TMPRSS2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HKU1A / RBD / TMPRSS2 / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell ...transmembrane protease serine 2 / protein autoprocessing / Attachment and Entry / serine-type peptidase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral translation / Induction of Cell-Cell Fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Candidatus Accumulibacter adiacens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
データ登録者 | Gao X / Cui S / Ding W / Shang K / Zhu H / Zhu K | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural basis for the interaction between human coronavirus HKU1 spike receptor binding domain and its receptor TMPRSS2. 著者: Xiaopan Gao / Kaixiang Zhu / Lin Wang / Kun Shang / Lei Hua / Bo Qin / Hongtao Zhu / Wei Ding / Sheng Cui / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_39460.map.gz | 58 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-39460-v30.xml emd-39460.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_39460.png | 44.6 KB | ||
マスクデータ | emd_39460_msk_1.map | 115.9 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-39460.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_39460_half_map_1.map.gz emd_39460_half_map_2.map.gz | 107.6 MB 107.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39460 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_39460_validation.pdf.gz | 744.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_39460_full_validation.pdf.gz | 744.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_39460_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_39460_validation.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39460 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39460 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8yoyMC 8yqqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_39460.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_39460_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_39460_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_39460_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : HKU1A-RBD with TMPRSS2 receptor
全体 | 名称: HKU1A-RBD with TMPRSS2 receptor |
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要素 |
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-超分子 #1: HKU1A-RBD with TMPRSS2 receptor
超分子 | 名称: HKU1A-RBD with TMPRSS2 receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike protein S1
分子 | 名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Sequence reference for Candidatus Accumulibacter adiacens (2954378) is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt ID Q5MQD0. コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Candidatus Accumulibacter adiacens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 41.425062 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
配列 | 文字列: SGFTVKPVAT VHRRIPDLPD CDIDKWLNNF NVPSPLNWER KIFSNCNFNL STLLRLVHTD SFSCNNFDES KIYGSCFKSI VLDKFAIPN SRRSDLQLGS SGFLQSSNYK IDTTSSSCQL YYSLPAINVT INNYNPSSWN RRYGFNNFNL SSHSVVYSRY C FSVNNTFC ...文字列: SGFTVKPVAT VHRRIPDLPD CDIDKWLNNF NVPSPLNWER KIFSNCNFNL STLLRLVHTD SFSCNNFDES KIYGSCFKSI VLDKFAIPN SRRSDLQLGS SGFLQSSNYK IDTTSSSCQL YYSLPAINVT INNYNPSSWN RRYGFNNFNL SSHSVVYSRY C FSVNNTFC PCAKPSFASS CKSHKPPSAS CPIGTNYRSC ESTTVLDHTD WCRCSCLPDP ITAYDPRSCS QKKSLVGVGE HC AGFGVDE EKCGVLDGSY NVSCLCSTDA FLGWSYDTCV SNNRCNIFSN FILNGINSGT TCSNDLLQPN TEVFTDVCVD YDL YGITGQ GIFKEVSAVY YNSWQNLLYD SNGNIIGFKD FVTNKTYNIF PCYAG UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: Transmembrane protease serine 2
分子 | 名称: Transmembrane protease serine 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: transmembrane protease serine 2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 42.381848 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
配列 | 文字列: MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFIL QVYSSQRKSW HPVCQDDWNE NYGRAACRDM GYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH SDACSSKAVV SLRCIACGVN LNSSRQSRIV GGESALPGAW P WQVSLHVQ ...文字列: MGSKCSNSGI ECDSSGTCIN PSNWCDGVSH CPGGEDENRC VRLYGPNFIL QVYSSQRKSW HPVCQDDWNE NYGRAACRDM GYKNNFYSS QGIVDDSGST SFMKLNTSAG NVDIYKKLYH SDACSSKAVV SLRCIACGVN LNSSRQSRIV GGESALPGAW P WQVSLHVQ NVHVCGGSII TPEWIVTAAH CVEKPLNNPW HWTAFAGILR QSFMFYGAGY QVEKVISHPN YDSKTKNNDI AL MKLQKPL TFNDLVKPVC LPNPGMMLQP EQLCWISGWG ATEEKGKTSE VLNAAKVLLI ETQRCNSRYV YDNLITPAMI CAG FLQGNV DSCQGDAGGP LVTSKNNIWW LIGDTSWGSG CAKAYRPGVY GNVMVFTDWI YRQMRADG UniProtKB: Transmembrane protease serine 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 423131 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |