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万見
- EMDB-39356: Cryo-EM structure of human GPR156-Gi3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39356
タイトルCryo-EM structure of human GPR156-Gi3 complex
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: GPR156-Gi3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Probable G-protein coupled receptor 156
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
  • タンパク質・ペプチド: Probable G-protein coupled receptor 156
  • リガンド: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGPCR / class C / GPR156 / cryo-EM / homodimer / active state / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


stereocilium bundle organization / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma ...stereocilium bundle organization / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / GTP metabolic process / G alpha (i) signalling events / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (q) signalling events / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / G alpha (i) signalling events / spectrin binding / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / positive regulation of macroautophagy / photoreceptor outer segment / Adenylate cyclase inhibitory pathway / photoreceptor inner segment / cardiac muscle cell apoptotic process / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / GDP binding / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell body / GTPase binding / retina development in camera-type eye / midbody / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to hypoxia / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / ciliary basal body / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / cell division / GTPase activity / synapse / dendrite / centrosome / protein-containing complex binding / GTP binding / nucleolus / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
GPR156, 7TM domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G protein beta WD-40 repeat protein / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit ...GPR156, 7TM domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G protein beta WD-40 repeat protein / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Probable G-protein coupled receptor 156
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ma XY / Chen LN / Liao MH / Zhang LY / Xi K / Guo JM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into the activation mechanism of GPR156 in maintaining auditory function.
著者: Xiangyu Ma / Li-Nan Chen / Menghui Liao / Liyan Zhang / Kun Xi / Jiamin Guo / Cangsong Shen / Dan-Dan Shen / Pengjun Cai / Qingya Shen / Jieyu Qi / Huibing Zhang / Shao-Kun Zang / Ying-Jun ...著者: Xiangyu Ma / Li-Nan Chen / Menghui Liao / Liyan Zhang / Kun Xi / Jiamin Guo / Cangsong Shen / Dan-Dan Shen / Pengjun Cai / Qingya Shen / Jieyu Qi / Huibing Zhang / Shao-Kun Zang / Ying-Jun Dong / Luwei Miao / Jiao Qin / Su-Yu Ji / Yue Li / Jianfeng Liu / Chunyou Mao / Yan Zhang / Renjie Chai /
要旨: The class C orphan G-protein-coupled receptor (GPCR) GPR156, which lacks the large extracellular region, plays a pivotal role in auditory function through G. Here, we firstly demonstrate that GPR156 ...The class C orphan G-protein-coupled receptor (GPCR) GPR156, which lacks the large extracellular region, plays a pivotal role in auditory function through G. Here, we firstly demonstrate that GPR156 with high constitutive activity is essential for maintaining auditory function, and further reveal the structural basis of the sustained role of GPR156. We present the cryo-EM structures of human apo GPR156 and the GPR156-G complex, unveiling a small extracellular region formed by extracellular loop 2 (ECL2) and the N-terminus. The GPR156 dimer in both apo state and G protein-coupled state adopt a transmembrane (TM)5/6-TM5/6 interface, indicating the high constitutive activity of GPR156 in the apo state. Furthermore, C-terminus in G-bound subunit of GPR156 plays a dual role in promoting G protein binding within G-bound subunit while preventing the G-free subunit from binding to additional G protein. Together, these results explain how GPR156 constitutive activity is maintained through dimerization and provide a mechanistic insight into the sustained role of GPR156 in maintaining auditory function.
履歴
登録2024年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月5日-
マップ公開2025年2月5日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39356.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å		0.93 Å/pix.
x 256 pix.
= 238.08 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.93 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.14
最小 - 最大-0.49383894 - 1.3232607
平均 (標準偏差)-0.0038144505 (±0.038770434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 238.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39356_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39356_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPR156-Gi3 complex

全体名称: GPR156-Gi3 complex
要素
  • 細胞器官・細胞要素: GPR156-Gi3 complex
    • タンパク質・ペプチド: Probable G-protein coupled receptor 156
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
  • タンパク質・ペプチド: Probable G-protein coupled receptor 156
  • リガンド: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: GPR156-Gi3 complex

超分子名称: GPR156-Gi3 complex / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Probable G-protein coupled receptor 156

分子名称: Probable G-protein coupled receptor 156 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.797066 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RPLHDLCKTT ITSSHHSSKT ISSLSPVLLG IVWTFLSCGL LLILFFLAFT IHCRKNRIVK MSSPNLNIVT LLGSCLTYSS AYLFGIQDV LVGSSMETLI QTRLSMLCIG TSLVFGPILG KSWRLYKVFT QRVPDKRVII KDLQLLGLVA ALLMADVILL M TWVLTDPI ...文字列:
RPLHDLCKTT ITSSHHSSKT ISSLSPVLLG IVWTFLSCGL LLILFFLAFT IHCRKNRIVK MSSPNLNIVT LLGSCLTYSS AYLFGIQDV LVGSSMETLI QTRLSMLCIG TSLVFGPILG KSWRLYKVFT QRVPDKRVII KDLQLLGLVA ALLMADVILL M TWVLTDPI QCLQILSVSM TVTGKDVSCT STSTHFCASR YSDVWIALIW GCKGLLLLYG AYLAGLTGHV SSPPVNQSLT IM VGVNLLV LAAGLLFVVT RYLHSWPNLV FGLTSGGIFV CTTTINCFIF IPQLKQWKAF E

UniProtKB: Probable G-protein coupled receptor 156

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 37.198656 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG HTGYLSCCRF LDDNQIVTSS G DTTCALWD ...文字列:
ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLVS ASQDGKLIIW DSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG HTGYLSCCRF LDDNQIVTSS G DTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TFTGHESDIN AICFFPNGNA FA TGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKADRAGVLA GHDNRVSCLG VTD DGMAVA TGSWDSFLKI WN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 6.28924 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
ASIAQARKLV EQLKMEANID RIKVSKAAAD LMAYCEAHAK EDPLLTPVPA SENPFRE

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.078512 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAKEVK LLLLGAGESG KNTIVKQMKI IHEDGYSEDE CKQYKVVVYS NTIQSIIAII RAMGRLKID FGEAARADDA RQLFVLAGSA EEGVMTPELA GVIKRLWRDG GVQACFSRSR EYQLNDSASY YLNDLDRISQ S NYIPTQQD ...文字列:
SAEDKAAVER SKMIDRNLRE DGEKAAKEVK LLLLGAGESG KNTIVKQMKI IHEDGYSEDE CKQYKVVVYS NTIQSIIAII RAMGRLKID FGEAARADDA RQLFVLAGSA EEGVMTPELA GVIKRLWRDG GVQACFSRSR EYQLNDSASY YLNDLDRISQ S NYIPTQQD VLRTRVKTTG IVETHFTFKD LYFKMFDVGA QRSERKKWIH CFEGVTAIIF CVALSDYDLV LAEDEEMNRM HA SMKLFDS ICNNKWFTET SIILFLNKKD LFEEKIKRSP LTICYPEYTG SNTYEEAAAY IQCQFEDLNR RKDTKEIYTH FTC STDTKN VQFVFDAVTD VIIKNNLKEC GLY

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3

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分子 #5: Probable G-protein coupled receptor 156

分子名称: Probable G-protein coupled receptor 156 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.083629 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: RPLHDLCKTT ITSSHHSSKT ISSLSPVLLG IVWTFLSCGL LLILFFLAFT IHCRKNRIVK MSSPNLNIVT LLGSCLTYSS AYLFGIQDV LVGSSMETLI QTRLSMLCIG TSLVFGPILG KSWRLYKVFT QRVPDKRVII KDLQLLGLVA ALLMADVILL M TWVLTDPI ...文字列:
RPLHDLCKTT ITSSHHSSKT ISSLSPVLLG IVWTFLSCGL LLILFFLAFT IHCRKNRIVK MSSPNLNIVT LLGSCLTYSS AYLFGIQDV LVGSSMETLI QTRLSMLCIG TSLVFGPILG KSWRLYKVFT QRVPDKRVII KDLQLLGLVA ALLMADVILL M TWVLTDPI QCLQILSVSM TVTGKDVSCT STSTHFCASR YSDVWIALIW GCKGLLLLYG AYLAGLTGHV SSPPVNQSLT IM VGVNLLV LAAGLLFVVT RYLHSWPNLV FGLTSGGIFV CTTTINCFIF IPQLKQWKAF EEENQTIRRM AKYFSTPNKS

UniProtKB: Probable G-protein coupled receptor 156

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分子 #6: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24l...

分子名称: (21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MW9
分子量理論値: 777.06 Da
Chemical component information

ChemComp-MW9:
(21R,24R,27S)-24,27,28-trihydroxy-18,24-dioxo-19,23,25-trioxa-24lambda~5~-phosphaoctacosan-21-yl (9Z)-octadec-9-enoate / (2S)-3-(1-O-ステアロイル-2-O-オレオイル-L-グリセロ-3-ホスホオキシ)-1,2-プロパンジオ-ル

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 11 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1153971
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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