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- EMDB-38842: Cryo-EM structure of human ABCA7 in DOPS-bound state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38842
タイトルCryo-EM structure of human ABCA7 in DOPS-bound state
マップデータ
試料
  • 複合体: ABCA7
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase ABCA7
  • リガンド: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
キーワードDOPS-bound / lipid transporter / lipid flippase / ABC transporter / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane raft organization / apolipoprotein A-I receptor activity / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / phospholipid transporter activity / ABC transporters in lipid homeostasis / phosphatidylserine floppase activity / floppase activity / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / positive regulation of phospholipid efflux ...plasma membrane raft organization / apolipoprotein A-I receptor activity / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / negative regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / phospholipid transporter activity / ABC transporters in lipid homeostasis / phosphatidylserine floppase activity / floppase activity / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / positive regulation of phospholipid efflux / peptide cross-linking / phospholipid efflux / phosphatidylcholine floppase activity / positive regulation of amyloid-beta clearance / negative regulation of endocytosis / high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of protein localization to cell surface / P-type phospholipid transporter / regulation of amyloid precursor protein catabolic process / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / cholesterol efflux / phospholipid translocation / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / amyloid-beta formation / regulation of lipid metabolic process / glial cell projection / positive regulation of cholesterol efflux / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / phagocytic cup / protein localization to nucleus / negative regulation of MAPK cascade / phagocytosis / ABC-type transporter activity / positive regulation of phagocytosis / visual learning / memory / ruffle membrane / cell junction / early endosome membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter A / : / ABCA1-like, C-terminal R1 regulatory domain / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...ABC transporter A / : / ABCA1-like, C-terminal R1 regulatory domain / ABC-2 family transporter protein / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase ABCA7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Fang SC
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0509302 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human ABCA7 in DOPS-bound state
著者: Fang SC / Zhou CZ / Hou WT / Chen Y
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月12日-
マップ公開2025年2月12日-
更新2025年2月12日-
現状2025年2月12日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38842.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.425
最小 - 最大-3.7978947 - 5.547204
平均 (標準偏差)-0.002152833 (±0.09233263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38842_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38842_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABCA7

全体名称: ABCA7
要素
  • 複合体: ABCA7
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase ABCA7
  • リガンド: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: ABCA7

超分子名称: ABCA7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: DOPS-bound ABCA7 complex
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase ABCA7

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase ABCA7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 234.598578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAFWTQLMLL LWKNFMYRRR QPVQLLVELL WPLFLFFILV AVRHSHPPLE HHECHFPNKP LPSAGTVPWL QGLICNVNNT CFPQLTPGE EPGRLSNFND SLVSRLLADA RTVLGGASAH RTLAGLGKLI ATLRAARSTA QPQPTKQSPL EPPMLDVAEL L TSLLRTES ...文字列:
MAFWTQLMLL LWKNFMYRRR QPVQLLVELL WPLFLFFILV AVRHSHPPLE HHECHFPNKP LPSAGTVPWL QGLICNVNNT CFPQLTPGE EPGRLSNFND SLVSRLLADA RTVLGGASAH RTLAGLGKLI ATLRAARSTA QPQPTKQSPL EPPMLDVAEL L TSLLRTES LGLALGQAQE PLHSLLEAAE DLAQELLALR SLVELRALLQ RPRGTSGPLE LLSEALCSVR GPSSTVGPSL NW YEASDLM ELVGQEPESA LPDSSLSPAC SELIGALDSH PLSRLLWRRL KPLILGKLLF APDTPFTRKL MAQVNRTFEE LTL LRDVRE VWEMLGPRIF TFMNDSSNVA MLQRLLQMQD EGRRQPRPGG RDHMEALRSF LDPGSGGYSW QDAHADVGHL VGTL GRVTE CLSLDKLEAA PSEAALVSRA LQLLAEHRFW AGVVFLGPED SSDPTEHPTP DLGPGHVRIK IRMDIDVVTR TNKIR DRFW DPGPAADPLT DLRYVWGGFV YLQDLVERAA VRVLSGANPR AGLYLQQMPY PCYVDDVFLR VLSRSLPLFL TLAWIY SVT LTVKAVVREK ETRLRDTMRA MGLSRAVLWL GWFLSCLGPF LLSAALLVLV LKLGDILPYS HPGVVFLFLA AFAVATV TQ SFLLSAFFSR ANLAAACGGL AYFSLYLPYV LCVAWRDRLP AGGRVAASLL SPVAFGFGCE SLALLEEQGE GAQWHNVG T RPTADVFSLA QVSGLLLLDA ALYGLATWYL EAVCPGQYGI PEPWNFPFRR SYWCGPRPPK SPAPCPTPLD PKVLVEEAP PGLSPGVSVR SLEKRFPGSP QPALRGLSLD FYQGHITAFL GHNGAGKTTT LSILSGLFPP SGGSAFILGH DVRSSMAAIR PHLGVCPQY NVLFDMLTVD EHVWFYGRLK GLSAAVVGPE QDRLLQDVGL VSKQSVQTRH LSGGMQRKLS VAIAFVGGSQ V VILDEPTA GVDPASRRGI WELLLKYREG RTLILSTHHL DEAELLGDRV AVVAGGRLCC CGSPLFLRRH LGSGYYLTLV KA RLPLTTN EKADTDMEGS VDTRQEKKNG SQGSRVGTPQ LLALVQHWVP GARLVEELPH ELVLVLPYTG AHDGSFATLF REL DTRLAE LRLTGYGISD TSLEEIFLKV VEECAADTDM EDGSCGQHLC TGIAGLDVTL RLKMPPQETA LENGEPAGSA PETD QGSGP DAVGRVQGWA LTRQQLQALL LKRFLLARRS RRGLFAQIVL PALFVGLALV FSLIVPPFGH YPALRLSPTM YGAQV SFFS EDAPGDPGRA RLLEALLQEA GLEEPPVQHS SHRFSAPEVP AEVAKVLASG NWTPESPSPA CQCSRPGARR LLPDCP AAA GGPPPPQAVT GSGEVVQNLT GRNLSDFLVK TYPRLVRQGL KTKKWVNEVR YGGFSLGGRD PGLPSGQELG RSVEELW AL LSPLPGGALD RVLKNLTAWA HSLDAQDSLK IWFNNKGWHS MVAFVNRASN AILRAHLPPG PARHAHSITT LNHPLNLT K EQLSEGALMA SSVDVLVSIC VVFAMSFVPA SFTLVLIEER VTRAKHLQLM GGLSPTLYWL GNFLWDMCNY LVPACIVVL IFLAFQQRAY VAPANLPALL LLLLLYGWSI TPLMYPASFF FSVPSTAYVV LTCINLFIGI NGSMATFVLE LFSDQKLQEV SRILKQVFL IFPHFCLGRG LIDMVRNQAM ADAFERLGDR QFQSPLRWEV VGKNLLAMVI QGPLFLLFTL LLQHRSQLLP Q PRVRSLPL LGEEDEDVAR ERERVVQGAT QGDVLVLRNL TKVYRGQRMP AVDRLCLGIP PGECFGLLGV NGAGKTSTFR MV TGDTLAS RGEAVLAGHS VAREPSAAHL SMGYCPQSDA IFELLTGREH LELLARLRGV PEAQVAQTAG SGLARLGLSW YAD RPAGTY SGGNKRKLAT ALALVGDPAV VFLDEPTTGM DPSARRFLWN SLLAVVREGR SVMLTSHSME ECEALCSRLA IMVN GRFRC LGSPQHLKGR FAAGHTLTLR VPAARSQPAA AFVAAEFPGA ELREAHGGRL RFQLPPGGRC ALARVFGELA VHGAE HGVE DFSVSQTMLE EVFLYFSKDQ GKDEDTEEQK EAGVGVDPAP GLQHPKRVSQ FLDDPSTAET VL

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase ABCA7

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分子 #2: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy...

分子名称: O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 17F
分子量理論値: 788.043 Da
Chemical component information

ChemComp-17F:
O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / ジオレオイルホスファチジルセリン / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 473349
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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