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- EMDB-38768: Ternary structure of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38768
タイトルTernary structure of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA
    • DNA: DNA (35-MER)
    • DNA: DNA (35-MER)
    • タンパク質・ペプチド: dVemCas12e
    • RNA: RNA (147-MER)
キーワードCas12e complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
生物種Verrucomicrobiota (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Zhang S / Lin S / Liu JJG
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32150018 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32101195 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cas12e orthologs evolve variable structural elements to facilitate dsDNA cleavage.
著者: Danyuan Li / Shouyue Zhang / Shuo Lin / Wenjing Xing / Yun Yang / Fengxia Zhu / Dingding Su / Chunlai Chen / Jun-Jie Gogo Liu /
要旨: Exceptionally diverse type V CRISPR-Cas systems provide numerous RNA-guided nucleases as powerful tools for DNA manipulation. Two known Cas12e nucleases, DpbCas12e and PlmCas12e, are both effective ...Exceptionally diverse type V CRISPR-Cas systems provide numerous RNA-guided nucleases as powerful tools for DNA manipulation. Two known Cas12e nucleases, DpbCas12e and PlmCas12e, are both effective in genome editing. However, many differences exist in their in vitro dsDNA cleavage activities, reflecting the diversity in Cas12e's enzymatic properties. To comprehensively understand the Cas12e family, we identify and characterize six unreported Cas12e members that vary in their CRISPR-locus architectures, PAM preferences, and cleavage efficacies. Interestingly, among all variants, PlmCas12e exhibits the most robust trans-cleavage activity and the lowest salt sensitivity in cis-cleavage. Further structural comparisons reveal that the unique NTSB domain in PlmCas12e is beneficial to DNA unwinding at high salt concentrations, while some NTSB-lacking Cas12e proteins rely on positively charged loops for dsDNA unwinding. These findings demonstrate how divergent evolution of structural elements shapes the nuclease diversity within the Cas12e family, potentially contributing to their adaptations to varying environmental conditions.
履歴
登録2024年1月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38768.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38768.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-4.8884163 - 7.34805
平均 (標準偏差)-0.0019354273 (±0.088086836)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38768_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38768_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA

全体名称: Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA
    • DNA: DNA (35-MER)
    • DNA: DNA (35-MER)
    • タンパク質・ペプチド: dVemCas12e
    • RNA: RNA (147-MER)

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超分子 #1: Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA

超分子名称: Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota (バクテリア)

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分子 #1: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 1 / 詳細: Target strand / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota (バクテリア)
分子量理論値: 10.709873 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)

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分子 #2: DNA (35-MER)

分子名称: DNA (35-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / 詳細: Non-target strand / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota (バクテリア)
分子量理論値: 10.828958 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)

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分子 #3: dVemCas12e

分子名称: dVemCas12e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota (バクテリア)
分子量理論値: 100.942008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKTKNRSNSI HASLRQLLAL GLSKSSSAEP QRITRTVKFK INTDIRPDLI PVLNRHFDFF EKFRRKVLAE LEALWNKDQK SFQAMVQCS AKKPYQKKTS CYAWLDTHFI TEAKESLDLP RKPATSLLYN LSGGLKSFLT RRETVAEDIQ KRFNDNLREW N GDLSQLAS ...文字列:
MKTKNRSNSI HASLRQLLAL GLSKSSSAEP QRITRTVKFK INTDIRPDLI PVLNRHFDFF EKFRRKVLAE LEALWNKDQK SFQAMVQCS AKKPYQKKTS CYAWLDTHFI TEAKESLDLP RKPATSLLYN LSGGLKSFLT RRETVAEDIQ KRFNDNLREW N GDLSQLAS DLKAPLPPAP PNLDFENLIE KAIEKYNDWV GRTRAWCNLI LVQQKKVERR DACLPRYLKG YPGFFGSQRY AT TAGLAEN LKKLEQVARE QSKKMPTRFA KLTPEIWTAI QERFSPPEVC EAGEKRRPRT AHQTVCLRFA ALRAAHPEWT PVQ LAEEIL AGIFRGAEKL KKHLAANGFT DRPAVIKLAN LYNVAAAFSL DPIRAAGDYI LFYEEETPKR NAFGDVRGGL HQPS DESAA IEIMGFGLQK ESGKPLYNGL LVCKKSEKEH DDSWAFLYCH TEGQTFELAN EKAKLRGKLL TDWTGFASRG GSRKK AEAS AKQLARGRVW ISEKTPPTVL PLAFGSRQGR EYLWHFDRDL REKNEWVLGN GRLLRIMPPG QPNAADFYLA ITLERQ VPP LADIKAERFI GIARGEAIPA AYAVIDELGK LLASGKIAES YRKQQREFND AKRELQRTQG GYTRWLRSKE RNRARAL SG EVTRAVLALA AEHRAPVVLA NLNSSLAMRG GKKTMMSLMQ YQPVQRALEQ KFLEAGLWEA PKRKQKFPKK DNGFIKLI D AWWTSRTCSQ CGNTHSSEFY EKLGETLTHA PDEKWCVTVC ERPFVLPDTY QYRFRGEDKV GNTNERLQSL LKGKQIKEL TGKQREHLIE FLERLLSFRP QQANFRCLKC GYETNAAVQA ALTIARKYLF ELEHPPKKGE KDRRLKWQAW YQEKLRTVWK

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分子 #4: RNA (147-MER)

分子名称: RNA (147-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: sgRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota (バクテリア)
分子量理論値: 47.083691 KDa
配列文字列:
GUUAGCUGUC UCUUCGGAGG CAGAUUUACU UUGAUUCUUU GCGCCUUUAC GUCCCACGUA UUUGACGCAA CUCGCGAACU UCAGCGGUU CUUCGGAAUC GCUGACGCUC GCGGGGCUGG UUUCAAAGAG GGCGACACCC UGGUGAAC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 805135
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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