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万見
- PDB-8y2i: Ternary structure of dLesCas12e-sgRNA-dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y2i
タイトルTernary structure of dLesCas12e-sgRNA-dsDNA
要素
  • (DNA (35-MER)) x 2
  • dLesCas12e
  • sgRNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA / Cas12e complex / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Lentisphaerota (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Zhang, S. / Lin, S. / Liu, J.J.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32150018 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32101195 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cas12e orthologs evolve variable structural elements to facilitate dsDNA cleavage.
著者: Danyuan Li / Shouyue Zhang / Shuo Lin / Wenjing Xing / Yun Yang / Fengxia Zhu / Dingding Su / Chunlai Chen / Jun-Jie Gogo Liu /
要旨: Exceptionally diverse type V CRISPR-Cas systems provide numerous RNA-guided nucleases as powerful tools for DNA manipulation. Two known Cas12e nucleases, DpbCas12e and PlmCas12e, are both effective ...Exceptionally diverse type V CRISPR-Cas systems provide numerous RNA-guided nucleases as powerful tools for DNA manipulation. Two known Cas12e nucleases, DpbCas12e and PlmCas12e, are both effective in genome editing. However, many differences exist in their in vitro dsDNA cleavage activities, reflecting the diversity in Cas12e's enzymatic properties. To comprehensively understand the Cas12e family, we identify and characterize six unreported Cas12e members that vary in their CRISPR-locus architectures, PAM preferences, and cleavage efficacies. Interestingly, among all variants, PlmCas12e exhibits the most robust trans-cleavage activity and the lowest salt sensitivity in cis-cleavage. Further structural comparisons reveal that the unique NTSB domain in PlmCas12e is beneficial to DNA unwinding at high salt concentrations, while some NTSB-lacking Cas12e proteins rely on positively charged loops for dsDNA unwinding. These findings demonstrate how divergent evolution of structural elements shapes the nuclease diversity within the Cas12e family, potentially contributing to their adaptations to varying environmental conditions.
履歴
登録2024年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月25日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (35-MER)
D: DNA (35-MER)
A: dLesCas12e
C: sgRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2084
ポリマ－165,2084
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10709.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Target strand / 由来: (合成) Lentisphaerota (バクテリア)
#2: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10828.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Non-target strand / 由来: (合成) Lentisphaerota (バクテリア)
#3: タンパク質 dLesCas12e


分子量: 100370.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentisphaerota (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: RNA鎖 sgRNA


分子量: 43299.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lentisphaerota (バクテリア)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of dVemCas12e-sgRNA-dsDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3-#4, #2 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Verrucomicrobiota (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1346569 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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