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万見
- EMDB-38741: Cryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38741
タイトルCryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin receptor type B
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: SCFV16
キーワードENDOTHELIN / RECEPTOR / Gi / COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / aldosterone metabolic process / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / aldosterone metabolic process / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / endothelin receptor activity / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / positive regulation of artery morphogenesis / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / body fluid secretion / neural crest cell fate commitment / regulation of fever generation / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / positive regulation of renal sodium excretion / histamine secretion / leukocyte activation / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of penile erection / rough endoplasmic reticulum lumen / neuroblast migration / heparin metabolic process / posterior midgut development / developmental pigmentation / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hormone secretion / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / Weibel-Palade body / response to leptin / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / artery smooth muscle contraction / response to sodium phosphate / glomerular filtration / renal sodium excretion / protein transmembrane transport / enteric nervous system development / axonogenesis involved in innervation / positive regulation of cation channel activity / renin secretion into blood stream / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / melanocyte differentiation / : / regulation of pH / positive regulation of prostaglandin secretion / renal albumin absorption / regulation of epithelial cell proliferation / respiratory gaseous exchange by respiratory system / basal part of cell / cellular response to mineralocorticoid stimulus / peripheral nervous system development / positive regulation of smooth muscle contraction / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / negative regulation of adenylate cyclase activity / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / negative regulation of blood coagulation / type 1 angiotensin receptor binding / embryonic heart tube development / : / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / establishment of endothelial barrier / superoxide anion generation / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of signaling receptor activity / cartilage development / middle ear morphogenesis / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of protein metabolic process / neural crest cell migration / cGMP-mediated signaling / prostaglandin biosynthetic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / positive regulation of heart rate / branching involved in blood vessel morphogenesis
類似検索 - 分子機能
Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / G-protein alpha subunit, group I ...Endothelin receptor B / Endothelin receptor family / Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / : / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endothelin-1 / Endothelin receptor type B / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Tani K / Maki-Yonekura S / Kanno R / Negami T / Hamaguchi T / Hall M / Mizoguchi A / Humbel BM / Terada T / Yonekura K / Doi T
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101118 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP23ama121004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03210 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of endothelin ET receptor-G complex in a conformation stabilized by unique NPxxL motif.
著者: Kazutoshi Tani / Saori Maki-Yonekura / Ryo Kanno / Tatsuki Negami / Tasuku Hamaguchi / Malgorzata Hall / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Tohru Terada / Koji Yonekura / Tomoko Doi /
要旨: Endothelin type B receptor (ETR) plays a crucial role in regulating blood pressure and humoral homeostasis, making it an important therapeutic target for related diseases. ETR activation by the ...Endothelin type B receptor (ETR) plays a crucial role in regulating blood pressure and humoral homeostasis, making it an important therapeutic target for related diseases. ETR activation by the endogenous peptide hormones endothelin (ET)-1-3 stimulates several signaling pathways, including G, G, G, G, and β-arrestin. Although the conserved NPxxY motif in transmembrane helix 7 (TM7) is important during GPCR activation, ETR possesses the lesser known NPxxL motif. In this study, we present the cryo-EM structure of the ETR-G complex, complemented by MD simulations and functional studies. These investigations reveal an unusual movement of TM7 to the intracellular side during ETR activation and the essential roles of the diverse NPxxL motif in stabilizing the active conformation of ETR and organizing the assembly of the binding pocket for the α5 helix of G protein. These findings enhance our understanding of the interactions between GPCRs and G proteins, thereby advancing the development of therapeutic strategies.
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38741.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38741.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 194 pix.
= 212.236 Å		1.09 Å/pix.
x 194 pix.
= 212.236 Å		1.09 Å/pix.
x 194 pix.
= 212.236 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.094 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.07543513 - 0.12573291
平均 (標準偏差)0.0001405013 (±0.00585329)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ194194194
Spacing194194194
セルA=B=C: 212.236 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: even

ファイルemd_38741_half_map_1.map
注釈even
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: odd

ファイルemd_38741_half_map_2.map
注釈odd
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX

全体名称: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX
要素
  • 複合体: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin receptor type B
    • タンパク質・ペプチド: Endothelin-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: SCFV16

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超分子 #1: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX

超分子名称: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endothelin receptor type B

分子名称: Endothelin receptor type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.808262 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: PGGGLAPAEV PKGDRTAGSP PRTISPPPCQ GPIEIKETFK YINTVVSCLV FVLGIIGNST LLYIIYKNKC MRNGPNILIA SLALGDLLH IVIDIPINVY KLLAEDWPFG AEMCKLVPFI QKASVGITVL SLCALSIDRY RAVASWSRIK GIGVPKWTAV E IVLIWVVS ...文字列:
PGGGLAPAEV PKGDRTAGSP PRTISPPPCQ GPIEIKETFK YINTVVSCLV FVLGIIGNST LLYIIYKNKC MRNGPNILIA SLALGDLLH IVIDIPINVY KLLAEDWPFG AEMCKLVPFI QKASVGITVL SLCALSIDRY RAVASWSRIK GIGVPKWTAV E IVLIWVVS VVLAVPEAIG FDIITMDYKG SYLRICLLHP VQKTAFMQFY KTAKDWWLFS FYFCLPLAIT AFFYTLMTCE ML RKKSGMQ IALNDHLKQR REVAKTVFCL VLVFALCWLP LHLSRILKLT LYNQNDPNRC ELLSFLLVLD YIGINMASLN SCI NPIALY LVSKRFKNAF KSALCCWAQS

UniProtKB: Endothelin receptor type B

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分子 #2: Endothelin-1

分子名称: Endothelin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.497951 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
CSCSSLMDKE CVYFCHLDII W

UniProtKB: Endothelin-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.415031 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.671102 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT ...文字列:
PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HESDINAICF FP NGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAGVLAGHDN RVS CLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #6: SCFV16

分子名称: SCFV16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 29.39893 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP ...文字列:
MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP VTPGESVSIS CRSSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LE AEDVGVY YCMQHLEYPL TFGAGTKLEL KGSLEVLFQG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.9 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 278209
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8xwq:
Cryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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