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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38740 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of ET-1 bound ETBR-DNGI complex | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ENDOTHELIN / RECEPTOR / Gi / COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / aldosterone metabolic process / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation ...enteric smooth muscle cell differentiation / response to endothelin / aldosterone metabolic process / positive regulation of prostaglandin-endoperoxide synthase activity / negative regulation of neuron maturation / endothelin A receptor binding / protein kinase C deactivation / chordate pharynx development / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / rhythmic excitation / endothelin B receptor binding / endothelin receptor activity / peptide hormone secretion / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / positive regulation of artery morphogenesis / body fluid secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / regulation of fever generation / sympathetic neuron axon guidance / response to prostaglandin F / glomerular endothelium development / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / histamine secretion / positive regulation of renal sodium excretion / leukocyte activation / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / maternal process involved in parturition / positive regulation of penile erection / neuroblast migration / heparin metabolic process / rough endoplasmic reticulum lumen / pharyngeal arch artery morphogenesis / posterior midgut development / regulation of D-glucose transmembrane transport / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / response to leptin / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / negative regulation of hormone secretion / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / response to ozone / developmental pigmentation / podocyte differentiation / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / renal sodium ion absorption / artery smooth muscle contraction / response to sodium phosphate / glomerular filtration / melanocyte differentiation / protein transmembrane transport / renal sodium excretion / enteric nervous system development / axonogenesis involved in innervation / positive regulation of cation channel activity / renin secretion into blood stream / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / positive regulation of prostaglandin secretion / cellular response to luteinizing hormone stimulus / negative regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / cellular response to mineralocorticoid stimulus / renal albumin absorption / basal part of cell / positive regulation of smooth muscle contraction / respiratory gaseous exchange by respiratory system / peripheral nervous system development / regulation of pH / response to salt / positive regulation of urine volume / positive regulation of hormone secretion / negative regulation of adenylate cyclase activity / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / vasoconstriction / : / regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of blood coagulation / type 1 angiotensin receptor binding / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / axon extension / superoxide anion generation / establishment of endothelial barrier / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of signaling receptor activity / cartilage development / middle ear morphogenesis / : / neural crest cell migration / cellular response to glucocorticoid stimulus / negative regulation of protein metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / cellular response to fatty acid / nitric oxide transport / positive regulation of heart rate / branching involved in blood vessel morphogenesis 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Tani K / Maki-Yonekura S / Kanno R / Negami T / Hamaguchi T / Hall M / Mizoguchi A / Humbel BM / Terada T / Yonekura K / Doi T | ||||||||||||
資金援助 | 日本, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Structure of endothelin ETB receptor-Gi complex in a conformation stabilized by the unique NPxxL motif 著者: Tani K / Maki-Yonekura S / Kanno R / Negami T / Hamaguchi T / Hall M / Mizoguchi A / Humbel BM / Terada T / Yonekura K / Doi T | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38740.map.gz | 25.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38740-v30.xml emd-38740.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38740_fsc.xml | 6.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38740.png | 56.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38740.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_38740_half_map_1.map.gz emd_38740_half_map_2.map.gz | 20.6 MB 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38740 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38740_validation.pdf.gz | 782.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38740_full_validation.pdf.gz | 782.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38740_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38740_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38740 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38740_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38740_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX
全体 | 名称: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX |
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要素 |
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-超分子 #1: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX
超分子 | 名称: ET-1 BOUND ETBR-GI COMPLEX / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Endothelin receptor type B
分子 | 名称: Endothelin receptor type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 38.808262 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: PGGGLAPAEV PKGDRTAGSP PRTISPPPCQ GPIEIKETFK YINTVVSCLV FVLGIIGNST LLYIIYKNKC MRNGPNILIA SLALGDLLH IVIDIPINVY KLLAEDWPFG AEMCKLVPFI QKASVGITVL SLCALSIDRY RAVASWSRIK GIGVPKWTAV E IVLIWVVS ...文字列: PGGGLAPAEV PKGDRTAGSP PRTISPPPCQ GPIEIKETFK YINTVVSCLV FVLGIIGNST LLYIIYKNKC MRNGPNILIA SLALGDLLH IVIDIPINVY KLLAEDWPFG AEMCKLVPFI QKASVGITVL SLCALSIDRY RAVASWSRIK GIGVPKWTAV E IVLIWVVS VVLAVPEAIG FDIITMDYKG SYLRICLLHP VQKTAFMQFY KTAKDWWLFS FYFCLPLAIT AFFYTLMTCE ML RKKSGMQ IALNDHLKQR REVAKTVFCL VLVFALCWLP LHLSRILKLT LYNQNDPNRC ELLSFLLVLD YIGINMASLN SCI NPIALY LVSKRFKNAF KSALCCWAQS UniProtKB: Endothelin receptor type B |
-分子 #2: Endothelin-1
分子 | 名称: Endothelin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.497951 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: CSCSSLMDKE CVYFCHLDII W UniProtKB: Endothelin-1 |
-分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.414047 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKNTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGAQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHASM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCS TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.671102 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT ...文字列: PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HESDINAICF FP NGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAGVLAGHDN RVS CLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #6: SCFV16
分子 | 名称: SCFV16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 29.39893 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP ...文字列: MVSAIVLYVL LAAAAHSAFA DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFT ISRDDPKNTL FLQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV M TQATSSVP VTPGESVSIS CRSSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LE AEDVGVY YCMQHLEYPL TFGAGTKLEL KGSLEVLFQG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | This sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8xwp: |