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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38697 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 | |||||||||
試料 |
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キーワード | ADP-MuB complex / D10 symmetry / Ring / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA transposition / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / DNA integration / DNA replication / host cell cytoplasm / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage Mu (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao X / Zhang K / Li S | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Elucidating the Architectural dynamics of MuB filaments in bacteriophage Mu DNA transposition. 著者: Xiaolong Zhao / Yongxiang Gao / Qingguo Gong / Kaiming Zhang / Shanshan Li / 要旨: MuB is a non-specific DNA-binding protein and AAA+ ATPase that significantly influences the DNA transposition process of bacteriophage Mu, especially in target DNA selection for transposition. While ...MuB is a non-specific DNA-binding protein and AAA+ ATPase that significantly influences the DNA transposition process of bacteriophage Mu, especially in target DNA selection for transposition. While studies have established the ATP-dependent formation of MuB filament as pivotal to this process, the high-resolution structure of a full-length MuB protomer and the underlying molecular mechanisms governing its oligomerization remain elusive. Here, we use cryo-EM to obtain a 3.4-Å resolution structure of the ATP(+)-DNA(+)-MuB helical filament, which encapsulates the DNA substrate within its axial channel. The structure categorizes MuB within the initiator clade of the AAA+ protein family and precisely locates the ATP and DNA binding sites. Further investigation into the oligomeric states of MuB show the existence of various forms of the filament. These findings lead to a mechanistic model where MuB forms opposite helical filaments along the DNA, exposing potential target sites on the bare DNA and then recruiting MuA, which stimulates MuB's ATPase activity and disrupts the previously formed helical structure. When this happens, MuB generates larger ring structures and dissociates from the DNA. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38697.map.gz | 203 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38697-v30.xml emd-38697.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38697.png | 57.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38697.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_38697_additional_1.map.gz emd_38697_additional_2.map.gz emd_38697_half_map_1.map.gz emd_38697_half_map_2.map.gz | 102.8 MB 202.9 MB 200.1 MB 200.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38697 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38697 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38697_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38697_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38697_validation.xml.gz | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38697_validation.cif.gz | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38697 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38697 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8xvdMC 8xvbC 8xvcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38697.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10
ファイル | emd_38697_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 monomer
ファイル | emd_38697_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 monomer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10
ファイル | emd_38697_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10
ファイル | emd_38697_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 in Bacteriophage Mu DNA Transp...
全体 | 名称: ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 in Bacteriophage Mu DNA Transposition |
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要素 |
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-超分子 #1: ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 in Bacteriophage Mu DNA Transp...
超分子 | 名称: ADP-DNA-MuB conformation2 with D10 in Bacteriophage Mu DNA Transposition タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Mu (ファージ) |
-分子 #1: ATP-dependent target DNA activator B
分子 | 名称: ATP-dependent target DNA activator B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Mu (ファージ) |
分子量 | 理論値: 35.153133 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNISDIRAGL RTLVENEETT FKQIALESGL STGTISSFIN DKYNGDNERV SQMLQRWLEK YHAVAELPEP PRFVETQTVK QIWTSMRFA SLTESIAVVC GNPGVGKTEA AREYRRTNNN VWMITITPSC ASVLECLTEL AFELGMNDAP RRKGPLSRAL R RRLEGTQG ...文字列: MNISDIRAGL RTLVENEETT FKQIALESGL STGTISSFIN DKYNGDNERV SQMLQRWLEK YHAVAELPEP PRFVETQTVK QIWTSMRFA SLTESIAVVC GNPGVGKTEA AREYRRTNNN VWMITITPSC ASVLECLTEL AFELGMNDAP RRKGPLSRAL R RRLEGTQG LVIIDEADHL GAEVLEELRL LQESTRIGLV LMGNHRVYSN MTGGNRTVEF ARLFSRIAKR TAINKTKKAD VK AIADAWQ INGEKELELL QQIAQKPGAL RILNHSLRLA AMTAHGKGER VNEDYLRQAF RELDLDVDIS TLLRN UniProtKB: ATP-dependent target DNA activator B |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 20 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 9510 / 平均電子線量: 60.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67932 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |