+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3837 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of jasplakinolide-stabilized F-actin in complex with ADP-Pi | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / mesenchyme migration / troponin I binding / myosin heavy chain binding / filamentous actin / actin filament bundle / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / actin filament bundle assembly / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Rabbit (ウサギ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Merino F / Pospich S / Funk J / Kuellmer F / Arndt H-D / Bieling P / Raunser S | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018 タイトル: Structural transitions of F-actin upon ATP hydrolysis at near-atomic resolution revealed by cryo-EM. 著者: Felipe Merino / Sabrina Pospich / Johanna Funk / Thorsten Wagner / Florian Küllmer / Hans-Dieter Arndt / Peter Bieling / Stefan Raunser / 要旨: The function of actin is coupled to the nucleotide bound to its active site. ATP hydrolysis is activated during polymerization; a delay between hydrolysis and inorganic phosphate (P) release results ...The function of actin is coupled to the nucleotide bound to its active site. ATP hydrolysis is activated during polymerization; a delay between hydrolysis and inorganic phosphate (P) release results in a gradient of ATP, ADP-P and ADP along actin filaments (F-actin). Actin-binding proteins can recognize F-actin's nucleotide state, using it as a local 'age' tag. The underlying mechanism is complex and poorly understood. Here we report six high-resolution cryo-EM structures of F-actin from rabbit skeletal muscle in different nucleotide states. The structures reveal that actin polymerization repositions the proposed catalytic base, His161, closer to the γ-phosphate. Nucleotide hydrolysis and P release modulate the conformational ensemble at the periphery of the filament, thus resulting in open and closed states, which can be sensed by coronin-1B. The drug-like toxin jasplakinolide locks F-actin in an open state. Our results demonstrate in detail how ATP hydrolysis links to F-actin's conformational dynamics and protein interaction. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3837.map.gz | 85.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3837-v30.xml emd-3837.xml | 23.5 KB 23.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3837.png | 127.9 KB | ||
マスクデータ | emd_3837_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_3837_half_map_1.map.gz emd_3837_half_map_2.map.gz | 71.3 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3837 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3837 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3837_validation.pdf.gz | 476.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_3837_full_validation.pdf.gz | 475.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3837_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3837 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3837 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5oodMC 3835C 3836C 3838C 3839C 4259C 5onvC 5oocC 5ooeC 5oofC 6fhlC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3837.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3837_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3837_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3837_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with...
全体 | 名称: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with ADP-Pi |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with...
超分子 | 名称: Filamentous jasplakinolide-stabilized alpha actin in complex with ADP-Pi タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle |
-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rabbit (ウサギ) / 組織: skeletal muscle |
分子量 | 理論値: 41.875633 KDa |
配列 | 文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: PO4 |
---|---|
分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #4: (4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4...
分子 | 名称: (4~{R},7~{R},10~{S},13~{S},15~{E},19~{S})-10-(4-azanylbutyl)-4-(4-hydroxyphenyl)-7-(1~{H}-indol-3-ylmethyl)-8,13,15,19-tetramethyl-1-oxa-5,8,11-triazacyclononadec-15-ene-2,6,9,12-tetrone タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: 9ZK |
---|---|
分子量 | 理論値: 673.841 Da |
Chemical component information | ChemComp-9ZK: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
詳細: 5 mM Tris pH 7.5, 2 mM NaN3, 1 mM DTT, 100 mM KCl and 2 mM MgCl2, 9.0 %(v/v) DMSO | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 詳細: Manual backside blotting using Whatman filter paper No.5.. | |||||||||||||||||||||
詳細 | Rise 27.39 A, Twist -166.41 degrees |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs-corrected microscope / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER |
詳細 | Cs-corrected microscope |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 実像数: 724 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 78.0 e/Å2 / 詳細: Images were binned twice during motion correction. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Rosetta iterative refinement was combined with MDFF. |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-5ood: |