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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38242 | |||||||||
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タイトル | Tail tip complex of bacteriophage lambda in the open state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage / caudovirales / siphoviridae / phage lambda / host recognition / LamB / cryo-EM / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage Lambda (λファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Ge XF / Wang JW | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structural mechanism of bacteriophage lambda tail's interaction with the bacterial receptor. 著者: Xiaofei Ge / Jiawei Wang / 要旨: Bacteriophage infection, a pivotal process in microbiology, initiates with the phage's tail recognizing and binding to the bacterial cell surface, which then mediates the injection of viral DNA. ...Bacteriophage infection, a pivotal process in microbiology, initiates with the phage's tail recognizing and binding to the bacterial cell surface, which then mediates the injection of viral DNA. Although comprehensive studies on the interaction between bacteriophage lambda and its outer membrane receptor, LamB, have provided rich information about the system's biochemical properties, the precise molecular mechanism remains undetermined. This study revealed the high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the bacteriophage lambda tail complexed with its irreversible Shigella sonnei 3070 LamB receptor and the closed central tail fiber. These structures reveal the complex processes that trigger infection and demonstrate a substantial conformational change in the phage lambda tail tip upon LamB binding. Providing detailed structures of bacteriophage lambda infection initiation, this study contributes to the expanding knowledge of lambda-bacterial interaction, which holds significance in the fields of microbiology and therapeutic development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38242.map.gz | 118 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38242-v30.xml emd-38242.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_38242_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_38242.png | 193.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38242.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_38242_half_map_1.map.gz emd_38242_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38242 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38242 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_38242_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_38242_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_38242_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_38242_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38242 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-38242 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38242.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38242_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38242_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage lambda tail with LamB
全体 | 名称: Bacteriophage lambda tail with LamB |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacteriophage lambda tail with LamB
超分子 | 名称: Bacteriophage lambda tail with LamB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
-分子 #1: Tail tip protein M
分子 | 名称: Tail tip protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 12.547373 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKTFRWKVKP GMDVASVPSV RKVRFGDGYS QRAPAGLNAN LKTYSVTLSV PREEATVLES FLEEHGGWKS FLWTPPYEWR QIKVTCAKW SSRVSMLRVE FSAEFEQVVN UniProtKB: Tail tip protein M |
-分子 #2: Tip attachment protein J
分子 | 名称: Tip attachment protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 124.550625 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGKGSSKGHT PREAKDNLKS TQLLSVIDAI SEGPIEGPVD GLKSVLLNST PVLDTEGNTN ISGVTVVFRA GEQEQTPPEG FESSGSETV LGTEVKYDTP ITRTITSANI DRLRFTFGVQ ALVETTSKGD RNPSEVRLLV QIQRNGGWVT EKDITIKGKT T SQYLASVV ...文字列: MGKGSSKGHT PREAKDNLKS TQLLSVIDAI SEGPIEGPVD GLKSVLLNST PVLDTEGNTN ISGVTVVFRA GEQEQTPPEG FESSGSETV LGTEVKYDTP ITRTITSANI DRLRFTFGVQ ALVETTSKGD RNPSEVRLLV QIQRNGGWVT EKDITIKGKT T SQYLASVV MGNLPPRPFN IRMRRMTPDS TTDQLQNKTL WSSYTEIIDV KQCYPNTALV GVQVDSEQFG SQQVSRNYHL RG RILQVPS NYNPQTRQYS GIWDGTFKPA YSNNMAWCLW DMLTHPRYGM GKRLGAADVD KWALYVIGQY CDQSVPDGFG GTE PRITCN AYLTTQRKAW DVLSDFCSAM RCMPVWNGQT LTFVQDRPSD KTWTYNRSNV VMPDDGAPFR YSFSALKDRH NAVE VNWID PNNGWETATE LVEDTQAIAR YGRNVTKMDA FGCTSRGQAH RAGLWLIKTE LLETQTVDFS VGAEGLRHVP GDVIE ICDD DYAGISTGGR VLAVNSQTRT LTLDREITLP SSGTALISLV DGSGNPVSVE VQSVTDGVKV KVSRVPDGVA EYSVWE LKL PTLRQRLFRC VSIRENDDGT YAITAVQHVP EKEAIVDNGA HFDGEQSGTV NGVTPPAVQH LTAEVTADSG EYQVLAR WD TPKVVKGVSF LLRLTVTADD GSERLVSTAR TTETTYRFTQ LALGNYRLTV RAVNAWGQQG DPASVSFRIA APAAPSRI E LTPGYFQITA TPHLAVYDPT VQFEFWFSEK QIADIRQVET STRYLGTALY WIAASINIKP GHDYYFYIRS VNTVGKSAF VEAVGRASDD AEGYLDFFKG KITESHLGKE LLEKVELTED NASRLEEFSK EWKDASDKWN AMWAVKIEQT KDGKHYVAGI GLSMEDTEE GKLSQFLVAA NRIAFIDPAN GNETPMFVAQ GNQIFMNDVF LKRLTAPTIT SGGNPPAFSL TPDGKLTAKN A DISGSVNA NSGTLSNVTI AENCTINGTL RAEKIVGDIV KAASAAFPRQ RESSVDWPSG TRTVTVTDDH PFDRQIVVLP LT FRGSKRT VSGRTTYSMC YLKVLMNGAV IYDGAANEAV QVFSRIVDMP AGRGNVILTF TLTSTRHSAD IPPYTFASDV QVM VIKKQA LGISVV UniProtKB: Tip attachment protein J |
-分子 #3: Tail tip assembly protein I
分子 | 名称: Tail tip assembly protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 23.14659 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAATHTLPLA SPGMARICLY GDLQRFGRRI DLRVKTGAEA IRALATQLPA FRQKLSDGWY QVRIAGRDVS TSGLTAQLHE TLPDGAVIH IVPRVAGAKS GGVFQIVLGA AAIAGSFFTA GATLAAWGAA IGAGGMTGIL FSLGASMVLG GVAQMLAPKA R TPRIQTTD ...文字列: MAATHTLPLA SPGMARICLY GDLQRFGRRI DLRVKTGAEA IRALATQLPA FRQKLSDGWY QVRIAGRDVS TSGLTAQLHE TLPDGAVIH IVPRVAGAKS GGVFQIVLGA AAIAGSFFTA GATLAAWGAA IGAGGMTGIL FSLGASMVLG GVAQMLAPKA R TPRIQTTD NGKQNTYFSS LDNMVAQGNV LPVLYGEMRV GSRVVSQEIS TADEGDGGQV VVIGR UniProtKB: Tail tip assembly protein I |
-分子 #4: Tail tip protein L
分子 | 名称: Tail tip protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ) |
分子量 | 理論値: 25.730578 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQDIRQETLN ECTRAEQSAS VVLWEIDLTE VGGERYFFCN EQNEKGEPVT WQGRQYQPYP IQGSGFELNG KGTSTRPTLT VSNLYGMVT GMAEDMQSLV GGTVVRRKVY ARFLDAVNFV NGNSYADPEQ EVISRWRIEQ CSELSAVSAS FVLSTPTETD G AVFPGRIM ...文字列: MQDIRQETLN ECTRAEQSAS VVLWEIDLTE VGGERYFFCN EQNEKGEPVT WQGRQYQPYP IQGSGFELNG KGTSTRPTLT VSNLYGMVT GMAEDMQSLV GGTVVRRKVY ARFLDAVNFV NGNSYADPEQ EVISRWRIEQ CSELSAVSAS FVLSTPTETD G AVFPGRIM LANTCTWTYR GDECGYSGPA VADEYDQPTS DITKDKCSKC LSGCKFRNNV GNFGGFLSIN KLSQ UniProtKB: Tail tip protein L |
-分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER
分子 | 名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: SF4 |
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分子量 | 理論値: 351.64 Da |
Chemical component information | ChemComp-FS1: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |