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- EMDB-38192: Penton capsomer of the VZV B-Capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38192
タイトルPenton capsomer of the VZV B-Capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Tri2A
    • タンパク質・ペプチド: Tri2B
    • タンパク質・ペプチド: Tri1
キーワードVZV / capsid structures / VIRUS
機能・相同性T=16 icosahedral viral capsid / Herpesvirus major capsid protein / Herpesvirus major capsid protein, upper domain superfamily / Herpes virus major capsid protein / host cell nucleus / structural molecule activity / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Nan W / Lei C / Xiangxi W
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Hlife / 年: 2024
タイトル: Insights into varicella-zoster virus assembly from the B- and C-capsid at near-atomic resolution structures
著者: Cao L / Wang N / Lv Z / Chen W / Chen Z / Song L / Sha X / Wang G / Hu Y / Lian X / Cui G / Fan J / Quan Y / Liu H / Hou H / Wang X
履歴
登録2023年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38192.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38192.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 113.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 310 pix.
= 418.5 Å		1.35 Å/pix.
x 310 pix.
= 418.5 Å		1.35 Å/pix.
x 310 pix.
= 418.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.029236393 - 0.057222866
平均 (標準偏差)0.00046959287 (±0.00423845)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 418.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_38192_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38192_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human alphaherpesvirus 3

全体名称: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
要素
  • ウイルス: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Tri2A
    • タンパク質・ペプチド: Tri2B
    • タンパク質・ペプチド: Tri1

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超分子 #1: Human alphaherpesvirus 3

超分子名称: Human alphaherpesvirus 3 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10335 / 生物種: Human alphaherpesvirus 3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 152.365312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: IPAGIIPTGN VLSTIEVCIF FCIFDFFKQI RSDDNSLYSA QFDILLGTYC NTLNFVRFLE LGLSVACICT KFPELAYVRD GVIQFEVQQ PMIARDGPHP VDQPVHNYMV KRIHKRSLSA AFAIASEALS LLSNTYVAAT EIDSSLRIRA IQQMARNLRT V SDSFERGT ...文字列:
IPAGIIPTGN VLSTIEVCIF FCIFDFFKQI RSDDNSLYSA QFDILLGTYC NTLNFVRFLE LGLSVACICT KFPELAYVRD GVIQFEVQQ PMIARDGPHP VDQPVHNYMV KRIHKRSLSA AFAIASEALS LLSNTYVAAT EIDSSLRIRA IQQMARNLRT V SDSFERGT ADQLLGVLLE KAPPLSLLSP INKFQPEGHL NRVARAALLS DLKRRVCADM FFMTRHAREP RLISAYLSDM VS CTQPSVM VSRITHTNTR GRQVDGVLVT TATLKRQLLQ GILQIDDTAA DVPVTYGEMV LQGTNLVTAL VMGKAVRGMD DVA RHLLDI TDPNTLNIPS IPPQSNSDST TAGLPVNARV PADLVIVGDK LVFLEALERR VYQATRVAYP LIGNIDITFI MPMG VFQAN SMDRYTRHAG DFSTVSEQDP RQFPPQGIFF YNKDGILTQL TLRDAMGTIC HSSLLDVEAT LVALRQQHLD RQCYF GVYV AEGTEDTLDV QMGRFMETWA DMMPHHPHWV NEHLTILQFI APSNPRLRFE LNPAFDFFVA PGDVDLPGPQ RPPEAM PTV NATLRIINGN IPVPLCPISF RDCRGTQLGL GRHTMTPATI KAVKDTFEDR AYPTIFYMLE AVIHGNERNF CALLRLL TQ CIRGYWEQSH RVAFVNNFHM LMYITTYLGN GELPEVCINI YRDLLQHVRA LRQTITDFTI QGEGHNGETS EALNNILT D DTFIAPILWD CDALIYRDEA ARDRLPAIRV SGRNGYQALH FVDMAGHNFQ RRDNVLIHGR PVRGDTGQAI PITPHHDRE WGILSKIYYY IVIPAFSRGS CCTMGVRYDR LYPALQAVIV PEIPADEEAP TTPEDPRHPL HAHQLVPNSL NVYFHNAHLT VDGDALLTL QELMGDMAER TTAILVSSAP DAGAATATTR NMRIYDGALY HGLIMMAYQA YDETIATGTF FYPVPVNPLF A CPEHLASL RGMTNARRVL AKMVPPIPPF LGANHHATIR QPVAYHVTHS KSDFNTLTYS LLGGYFKFTP ISLTHQLRTG FH PGIAFTV VRQDRFATEQ LLYAERASES YFVGQIQVHH HDAIGGVNFT LTQPRAHVDL GVGYTAVCAT AALRCPLTDM GNT AQNLFF SRGGVPMLHD NVTESLRRIT ASGGRLNPTE PLPIFGGLRP ATSAGIARGQ ASVCEFVAMP VSTDLQYFRT ACNP RGRAS GMLYMGDRDA DIEAIMFDHT QSDVAYTDRA TLNPWASQKH SYGDRLYNGT YNLTGASPIY SPCFKFFTPA EVNTN CNTL DRLLMEAKAV ASQSSTDTEY QFKRPPGSTE MTQDPCGLFQ EAYPPLCSSD AAMLRTAHAG ETGADEVHLA QYLIRD ASP LRGCLPL

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Tri2A

分子名称: Tri2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 27.729641 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMPFEIEVLL PGELSPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVYG SADSIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVEDL N LMFSINEG ...文字列:
AMPFEIEVLL PGELSPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVYG SADSIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVEDL N LMFSINEG CLLILALIPR LLALLIPRLL ALVTREAAQL IHPEAPMLML PIYETISSWI STSSRLGDTL GTRAILRVCV FD GPSTVHP GDRTAVIQV

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分子 #3: Tri2B

分子名称: Tri2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 28.721295 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AMPFEIEVLL PGEISPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADEIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVERT A ADVICYNG ...文字列:
AMPFEIEVLL PGEISPAETS ALQKCEGKII TFSTLRHRAS LVDIALSSYY INGAPPDTLS LLEAYRMRFA AVITRVIPGK LLAHAIGVG TPTPGLFIQN TSPVDLCNGD YICLLPPVFG SADEIRLDSV GLEIVFPLTI PQTLMREIIA KVVARAVERT A ADVICYNG RRYELETNLQ HRDGSDAAIR TLVLNLMFSI NEGTTLILTL ITRLLRFPIY EAISSWISTS SRLGDTLGTR AI LRVCVFD GPSTVHPGDR TAVIQV

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分子 #4: Tri1

分子名称: Tri1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human alphaherpesvirus 3 (水痘・帯状疱疹ウイルス)
分子量理論値: 32.26891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FKSTTQLIQQ VSLTDFFRPD IEHAGSTVLI LRHPTDLPAL ARHRAPPGRQ TERLAEAWGQ LLEASRAYVT SLSFIAACRA EEYTDKQAA EANRTAIVSA YGCSRMGARL IRFSECLRAM VQCHVFPHRF ISFFGSLLEY TIQDNLCNIT AVAKGPQEAA R TDKTSTRR ...文字列:
FKSTTQLIQQ VSLTDFFRPD IEHAGSTVLI LRHPTDLPAL ARHRAPPGRQ TERLAEAWGQ LLEASRAYVT SLSFIAACRA EEYTDKQAA EANRTAIVSA YGCSRMGARL IRFSECLRAM VQCHVFPHRF ISFFGSLLEY TIQDNLCNIT AVAKGPQEAA R TDKTSTRR VTANIPACVF WDVDKDLHLS ADGLKHVFLV FVYTQRRQRE GVRLHLALSQ LNEQCFGRGI GFLLGARICM YA AYTLIGT IPSESVRYTR RMERFGGYNV PTIWLEGVVW GGTNTWNEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 267174
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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