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- EMDB-38088: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus sigB-dependent RNAP-pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38088
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus sigB-dependent RNAP-promoter open complex
マップデータ
試料
  • 複合体: sigB-dependent RNAP-promoter open complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor
    • DNA: DNA (70-mer)
    • DNA: DNA (70-mer)
キーワードRNA polymerase / transcription / Staphylococcus aureus / sigB
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-B factor / RNA polymerase sigma-B/F/G type / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. ...RNA polymerase sigma-B factor / RNA polymerase sigma-B/F/G type / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase sigma factor / Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yuan L / Xu L / Liu Q / Feng Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of promoter recognition by Staphylococcus aureus RNA polymerase.
著者: Linggang Yuan / Qingyang Liu / Liqiao Xu / Bing Wu / Yu Feng /
要旨: Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, ...Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, persistence, cell internalization, membrane transport, and antimicrobial resistance. Besides the sequence difference, the spacers between the -35 element and -10 element of σ regulated promoters are shorter than those of σ regulated promoters. Therefore, how σ recognizes and initiates transcription from target promoters can not be inferred from that of the well studied σ. Here, we report the cryo-EM structures of S. aureus RNAP-promoter open complexes comprising σ and σ, respectively. Structural analyses, in combination with biochemical experiments, reveal the structural basis for the promoter specificity of S. aureus transcription. Although the -10 element of σ regulated promoters is recognized by domain σ as single-stranded DNA, the -10 element of σ regulated promoters is co-recognized by domains σ and σ as double-stranded DNA, accounting for the short spacers of σ regulated promoters. S. aureus RNAP is a validated target of antibiotics, and our structures pave the way for rational drug design targeting S. aureus RNAP.
履歴
登録2023年11月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38088.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.06307855 - 0.10763293
平均 (標準偏差)0.00019492378 (±0.0044690245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 261.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38088_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38088_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : sigB-dependent RNAP-promoter open complex

全体名称: sigB-dependent RNAP-promoter open complex
要素
  • 複合体: sigB-dependent RNAP-promoter open complex
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor
    • DNA: DNA (70-mer)
    • DNA: DNA (70-mer)

+
超分子 #1: sigB-dependent RNAP-promoter open complex

超分子名称: sigB-dependent RNAP-promoter open complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 35.052656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIEIEKPRIE TIEISEDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVKYIEIEG VLHEFSAVDN VVEDVSTIIM NIKQLALKI YSEEDKTLEI DVRDEGEVTA SDITHDSDVE ILNPELKIAT VSKGGHLKIR LVANKGRGYA LAEQNNTSDL P IGVIPVDS ...文字列:
MIEIEKPRIE TIEISEDAKF GKFVVEPLER GYGTTLGNSL RRILLSSLPG AAVKYIEIEG VLHEFSAVDN VVEDVSTIIM NIKQLALKI YSEEDKTLEI DVRDEGEVTA SDITHDSDVE ILNPELKIAT VSKGGHLKIR LVANKGRGYA LAEQNNTSDL P IGVIPVDS LYSPVERVNY TVENTRVGQS SDFDKLTLDV WTNGSITPQE SVSLAAKIMT EHLNIFVGLT DEAQNAEIMI EK EEDQKEK VLEMSIEELD LSVRSYNCLK RAGINSVQEL ADKSEADMMK VRNLGRKSLE EVKYKLEDLG LGLRKED

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 133.381312 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAGQVVQYGR HRKRRNYARI SEVLELPNLI EIQTKSYEWF LREGLIEMFR DISPIEDFTG NLSLEFVDYR LGEPKYDLEE SKNRDATYA APLRVKVRLI IKETGEVKEQ EVFMGDFPLM TDTGTFVING AERVIVSQLV RSPSVYFNEK IDKNGRENYD A TIIPNRGA ...文字列:
MAGQVVQYGR HRKRRNYARI SEVLELPNLI EIQTKSYEWF LREGLIEMFR DISPIEDFTG NLSLEFVDYR LGEPKYDLEE SKNRDATYA APLRVKVRLI IKETGEVKEQ EVFMGDFPLM TDTGTFVING AERVIVSQLV RSPSVYFNEK IDKNGRENYD A TIIPNRGA WLEYETDAKD VVYVRIDRTR KLPLTVLLRA LGFSSDQEIV DLLGDNEYLR NTLEKDGTEN TEQALLEIYE RL RPGEPPT VENAKSLLYS RFFDPKRYDL ASVGRYKTNK KLHLKHRLFN QKLAEPIVNT ETGEIVVEEG TVLDRRKIDE IMD VLESNA NSEVFELHGS VIDEPVEIQS IKVYVPNDDE GRTTTVIGNA FPDSEVKCIT PADIIASMSY FFNLLSGIGY TDDI DHLGN RRLRSVGELL QNQFRIGLSR MERVVRERMS IQDTESITPQ QLINIRPVIA SIKEFFGSSQ LSQFMDQANP LAELT HKRR LSALGPGGLT RERAQMEVRD VHYSHYGRMC PIETPEGPNI GLINSLSSYA RVNEFGFIET PYRKVDLDTH AITDQI DYL TADEEDSYVV AQANSKLDEN GRFMDDEVVC RFRGNNTVMA KEKMDYMDVS PKQVVSAATA CIPFLENDDS NRALMGA NM QRQAVPLMNP EAPFVGTGME HVAARDSGAA ITAKHRGRVE HVESNEILVR RLVEENGVEH EGELDRYPLA KFKRSNSG T CYNQRPIVAV GDVVEYNEIL ADGPSMELGE MALGRNVVVG FMTWDGYNYE DAVIMSERLV KDDVYTSIHI EEYESEARD TKLGPEEITR DIPNVSESAL KNLDDRGIVY IGAEVKDGDI LVGKVTPKGV TELTAEERLL HAIFGEKARE VRDTSLRVPH GAGGIVLDV KVFNREEGDD TLSPGVNQLV RVYIVQKRKI HVGDKMCGRH GNKGVISKIV PEEDMPYLPD GRPIDIMLNP L GVPSRMNI GQVLELHLGM AAKNLGIHVA SPVFDGANDD DVWSTIEEAG MARDGKTVLY DGRTGEPFDN RISVGVMYML KL AHMVDDK LHARSTGPYS LVTQQPLGGK AQFGGQRFGE MEVWALEAYG AAYTLQEILT YKSDDTVGRV KTYEAIVKGE NIS RPSVPE SFRVLMKELQ SLGLDVKVMD EQDNEIEMTD VDDDDVVERK VDLQQNDAPE TQKEVTD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 135.594266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIDVNNFHYM KIGLASPEKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC SCGKYKRVRY KGMVCDRCGV EVTKSKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLLLD MSPRALEEVI YFASYVVVDP GPTGLEKKTL LSEAEFRDYY D KYPGQFVA ...文字列:
MIDVNNFHYM KIGLASPEKI RSWSFGEVKK PETINYRTLK PEKDGLFCER IFGPTKDWEC SCGKYKRVRY KGMVCDRCGV EVTKSKVRR ERMGHIELAA PVSHIWYFKG IPSRMGLLLD MSPRALEEVI YFASYVVVDP GPTGLEKKTL LSEAEFRDYY D KYPGQFVA KMGAEGIKDL LEEIDLDEEL KLLRDELESA TGQRLTRAIK RLEVVESFRN SGNKPSWMIL DVLPIIPPEI RP MVQLDGG RFATSDLNDL YRRVINRNNR LKRLLDLGAP GIIVQNEKRM LQEAVDALID NGRRGRPVTG PGNRPLKSLS HML KGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIAV GPSLKMYQCG LPKEMALELF KPFVMKELVQ REIATNIKNA KSKIERMDDE VWDV LEEVI REHPVLLNRA PTLHRLGIQA FEPTLVEGRA IRLHPLVTTA YNADFDGDQM AVHVPLSKEA QAEARMLMLA AQNIL NPKD GKPVVTPSQD MVLGNYYLTL ERKDAVNTGA IFNNTNEVLK AYANGFVHLH TRIGVHASSF NNPTFTEEQN KKILAT SVG KIIFNEIIPD SFAYINEPTQ ENLERKTPNR YFIDPTTLGE GGLKEYFENE ELIEPFNKKF LGNIIAEVFN RFSITDT SM MLDRMKDLGF KFSSKAGITV GVADIVVLPD KQQILDEHEK LVDRITKQFN RGLITEEERY NAVVEIWTDA KDQIQGEL M QSLDKTNPIF MMSDSGARGN ASNFTQLAGM RGLMAAPSGK IIELPITSSF REGLTVLEYF ISTHGARKGL ADTALKTAD SGYLTRRLVD VAQDVIVREE DCGTDRGLLV SDIKEGTEMI EPFIERIEGR YSKETIRHPE TDEIIIRPDE LITPEIAKKI TDAGIEQMY IRSAFTCNAR HGVCEKCYGK NLATGEKVEV GEAVGTIAAQ SIGEPGTQLT MRTFHTGGVA GSDITQGLPR I QEIFEARN PKGQAVITEI EGVVEDIKLA KDRQQEIVVK GANETRSYLA SGTSRIIVEI GQPVQRGEVL TEGSIEPKNY LS VAGLNAT ESYLLKEVQK VYRMQGVEID DKHVEVMVRQ MLRKVRIIEA GDTKLLPGSL VDIHNFTDAN REAFKHRKRP ATA KPVLLG ITKASLETES FLSAASFQET TRVLTDAAIK GKRDDLLGLK ENVIIGKLIP AGTGMRRYSD VKYEKTAKPV AEVE SQTEV TE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta

分子名称: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 20.89301 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKIQDYTKQM VDEKSFIDMA YTLLNDKGET MNLYDIIDEF RALGDYEYEE IENRVVQFYT DLNTDGRFLN VGENLWGLRD WYSVDDIEE KIAPTIQKFD ILDADDEEDQ NLKLLGEDEM DDDDDIPAQT DDQEELNDPE DEQVEEEINH SDIVIEEDED E LDEDEEVF EDEEDFND

UniProtKB: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.161236 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MLNPPLNQLT SQIKSKYLIA TTAAKRAREI DEQPETELLS EYHSFKPVGR ALEEIADGKI RPVISSDYYG KE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.764739 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAVFKVFYQH NRDEVIVREN TQSLYVEAQT EEQVRRYLKD RNFNIEFITK LEGAHLDYEK ENSEHFNVEI AK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon

+
分子 #7: RNA polymerase sigma factor

分子名称: RNA polymerase sigma factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 29.474559 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKESKSANE VSPEQINQWI KEHQENKNTD AQDKLVKHYQ KLIESLAYKY SKGQSHHEDL VQVGMVGLIG AINRFDMSFE RKFEAFLVP TVIGEIKRYL RDKTWSVHVP RRIKEIGPRI KKVSDELTAE LERSPSISEI ANRLEVSEEE VLEAMEMGQS Y NALSVDHS ...文字列:
MAKESKSANE VSPEQINQWI KEHQENKNTD AQDKLVKHYQ KLIESLAYKY SKGQSHHEDL VQVGMVGLIG AINRFDMSFE RKFEAFLVP TVIGEIKRYL RDKTWSVHVP RRIKEIGPRI KKVSDELTAE LERSPSISEI ANRLEVSEEE VLEAMEMGQS Y NALSVDHS IEADKDGSTV TLLDIMGQQD DHYDLTEKRM ILEKILPILS DREREIIQCT FIEGLSQKET GERIGLSQMH VS RLQRTAI KKLQEAAHK

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor

+
分子 #8: DNA (70-mer)

分子名称: DNA (70-mer) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 21.360715 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT) (DG) (DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DC)

+
分子 #9: DNA (70-mer)

分子名称: DNA (70-mer) / タイプ: dna / ID: 9 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 21.771047 KDa
配列文字列: (DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA) ...文字列:
(DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA) (DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC) (DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DC) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DA) (DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DA)(DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8585

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95089
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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