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- EMDB-37964: Structure of the Mumps Virus L Protein (state2) Bound by Phosphop... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37964
タイトルStructure of the Mumps Virus L Protein (state2) Bound by Phosphoprotein Tetramer (composite map)
マップデータ
試料
  • 複合体: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: ZINC ION
キーワードMumps virus polymerase complex / RNA-dependent RNA synthesis / Large protein / phosphoprotein. / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, paramyxovirus / P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Mononegavirales RNA-directed RNA polymerase catalytic domain / Mononegavirus L protein 2-O-ribose methyltransferase / Mononegavirales mRNA-capping domain V / RNA-directed RNA polymerase L, C-terminal / Mononegavirales RNA dependent RNA polymerase / Mononegavirales mRNA-capping region V / RdRp of negative ssRNA viruses with non-segmented genomes catalytic domain profile. / Mononegavirus L protein 2'-O-ribose methyltransferase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoprotein / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Mumps orthorubulavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Li TH / Shen QT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of the mumps virus polymerase complex via cryo-electron microscopy.
著者: Tianhao Li / Mingdong Liu / Zhanxi Gu / Xin Su / Yunhui Liu / Jinzhong Lin / Yu Zhang / Qing-Tao Shen /
要旨: The viral polymerase complex, comprising the large protein (L) and phosphoprotein (P), is crucial for both genome replication and transcription in non-segmented negative-strand RNA viruses (nsNSVs), ...The viral polymerase complex, comprising the large protein (L) and phosphoprotein (P), is crucial for both genome replication and transcription in non-segmented negative-strand RNA viruses (nsNSVs), while structures corresponding to these activities remain obscure. Here, we resolved two L-P complex conformations from the mumps virus (MuV), a typical member of nsNSVs, via cryogenic-electron microscopy. One conformation presents all five domains of L forming a continuous RNA tunnel to the methyltransferase domain (MTase), preferably as a transcription state. The other conformation has the appendage averaged out, which is inaccessible to MTase. In both conformations, parallel P tetramers are revealed around MuV L, which, together with structures of other nsNSVs, demonstrates the diverse origins of the L-binding X domain of P. Our study links varying structures of nsNSV polymerase complexes with genome replication and transcription and points to a sliding model for polymerase complexes to advance along the RNA templates.
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.53 Å/pix.
x 440 pix.
= 233.2 Å		0.53 Å/pix.
x 440 pix.
= 233.2 Å		0.53 Å/pix.
x 440 pix.
= 233.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.53 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.124
最小 - 最大-1.092698 - 1.6258049
平均 (標準偏差)-0.0016169422 (±0.049278546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 233.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with ...

全体名称: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins
要素
  • 複合体: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins
    • タンパク質・ペプチド: Phosphoprotein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase L
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with ...

超分子名称: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1
詳細: The MuV polymerase complex expressed in Sf9 cells and purified by affinity chromatography and size-exlusive chromatography sequentially.
由来(天然)生物種: Mumps orthorubulavirus (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn

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分子 #1: RNA-directed RNA polymerase L

分子名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Mumps orthorubulavirus (ウイルス)
分子量理論値: 256.833094 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAGLNEILLP EVHLNSPIVR YKLFYYILHG QLPNDLEPDD LGPLANQNWK AIRAEESQVH ARLKQIRVEL IARIPSLRWT RSQREIAIL IWPRILPILQ AYDLRQSMQL PTVWEKLTQS TVNLISDGLE RVVLHISNQL TGKPNLFTRS RAGQDTKDYS I PSTRELSQ ...文字列:
MAGLNEILLP EVHLNSPIVR YKLFYYILHG QLPNDLEPDD LGPLANQNWK AIRAEESQVH ARLKQIRVEL IARIPSLRWT RSQREIAIL IWPRILPILQ AYDLRQSMQL PTVWEKLTQS TVNLISDGLE RVVLHISNQL TGKPNLFTRS RAGQDTKDYS I PSTRELSQ IWFNNEWSGS VKTWLMIKYR MRQLITNQKT GELTDLVTIV DTRSTLCIIT PELVALYSSE HKALTYLTFE MV LMVTDML EGRLNVSSLC TASHYLSPLK KRIEVLLTLV DDLALLMGDK VYGIVSSLES FVYAQLQYGD PVIDIKGTFY GFI CNEILD LLTEDNIFTE EEANKVLLDL TSQFDNLSPD LTAELLCIMR LWGHPTLTAS QAASKVRESM CAPKVLDFQT IMKT LAFFH AILINGYRRS HNGIWPPTTL HGNAPKSLIE MRHDNSELKY EYVLKNWKSI SMLRIHKCFD ASPDEDLSIF MKDKA ISCP RQDWMGVFRR SLIKQRYRDA NRPLPQPFNR RLLLNFLEDD RFDPIKELEY VTSGEYLRDP EFCASYSLKE KEIKAT GRI FAKMTKRMRS CQVIAESLLA NHAGKLMREN GVVLDQLKLT KSLLTMNQIG IISEHSRRST ADNMTLAHSG SNKHRIN NS QFKKNKDNKH EMPDDGFEIA ACFLTTDLTK YCLNWRYQVI IPFARTLNSM YGIPHLFEWI HLRLMRSTLY VGDPFNPP S DPTQLDLDTA LNDDIFIVSP RGGIEGLCQK LWTMISISTI ILSATEANTR VMSMVQGDNQ AIAITTRVVR SLSHSEKKE QAYKASKLFF ERLRANNHGI GHHLKEQETI LSSDFFIYSK RVFYKGRILT QALKNVSKMC LTADILGDCS QASCSNLATT VMRLTENGV EKDLCYFLNA FMTIRQLCYD LVFPQTKSLS QDITNAYLNH PILISRLCLL PSQLGGLNFL SCSRLFNRNI G DPLVSAIA DVKRLIKAGC LDIWVLYNIL GRRPGKGKWS TLAADPYTLN IDYLVPSTTF LKKHAQYTLM ERSVNPMLRG VF SENAAEE EEELAQYLLD REVVMPRVAH VILAQSSCGR RKQIQGYLDS TRTIIRYSLE VRPLSAKKLN TVIEYNLLYL SYN LEIIEK PNIVQPFLNA INVDTCSIDI ARSLRKLSWA TLLNGRPIEG LETPDPIELV HGCLIIGSDE CEHCSSGDDK FTWF FLPKG IRLDDDPASN PPIRVPYIGS KTDERRVASM AYIKGASVSL KSALRLAGVY IWAFGDTEES WQDAYELAST RVNLT LEQL QSLTPLPTSA NLVHRLDDGT TQLKFTPASS YAFSSFVHIS NDCQILEIDD QVTDSNLIYQ QVMITGLALI ETWNNP PIN FSVYETTLHL HTGSSCCIRP VESCVVNPPL LPVPLINVPQ MNKFVYDPEP LSLLEMEKIE DIAYQTRIGG LDQIPLL EK IPLLAHLTAK QMVNSITGLD EATSIMNDAV VQADYTSNWI SECCYTYIDS VFVYSGWALL LELSYQMYYL RIQGIQGI L DYVYMTLRRI PGMAITGISS TISHPRILRR CINLDVIAPI NSPHIASLDY TKLSIDAVMW GTKQVLTNIS QGIDYEIVV PSESQLTLSD RVLNLVARKL SLLAIIWANY NYPPKVKGMS PEDKCQALTT HLLQTVEYVE YIQIEKTNIR RMIIEPKLTA YPSNLFYLS RKLLNAIRDS EEGQFLIASY YNSFGYLEPI LMESKIFNLS SSESASLTEF DFILNLELSD ASLEKYSLPS L LMTAENMD NPFPQPPLHH VLRPLGLSST SWYKTISVLN YISHMKISDG AHLYLAEGSG ASMSLIETFL PGETIWYNSL FN SGENPPQ RNFAPLPTQF IESVPYRLIQ AGIAAGNGIV QSFYPLWNGN SDITDLSTKT SVEYIIHKVG ADTCALVHVD LEG VPGSMN SMLERAQVHA LLITVTVLKP GGLLILKASW EPFNRFSFLL TVLWQFFSTI RILRSSYSDP NNHEVYIIAT LAVD PTTSS FTTALNRART LNEQGFSLIP PELVSEYWRK RVEQGQIIQD CIDKVISECV RDQYLADNNI ILQAGGTPST RKWLD LPDY SSFNELQSEM ARLITIHLKE VIEILKGQAS DHDTLLFTSY NVGPLGKINT ILRLIVERIL MYTVRNWCIL PTQTRL TLR QSIELGEFRL RDVITPMEIL KLSPNRKYLK SALNQSTFNH LMGETSDILL NRAYQKRIWK AIGCVIYCFG LLTPDVE GS ERIDVDNDIP DYDIHGDII

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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分子 #2: Phosphoprotein

分子名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mumps orthorubulavirus (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn
分子量理論値: 41.651066 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDQFIKQDET GDLIETGMNV ANHFLSTPIQ GTNSLSKASI LPGVAPVLIG NPEQKNIQHP TASHQGSKTK GRGSGVRSII VSPSEAGNG GTQIPEPLFA QTGQGGIVTT VYQDPTIQPT GSYRSVELAK IGKERMINRF VEKPRTSTPV TEFKRGGPGA A AQGQTIQE ...文字列:
MDQFIKQDET GDLIETGMNV ANHFLSTPIQ GTNSLSKASI LPGVAPVLIG NPEQKNIQHP TASHQGSKTK GRGSGVRSII VSPSEAGNG GTQIPEPLFA QTGQGGIVTT VYQDPTIQPT GSYRSVELAK IGKERMINRF VEKPRTSTPV TEFKRGGPGA A AQGQTIQE EGIDGNGASA GSKERSGSLS GATLYAHLSL PQQDSTPANV GIAPQSAISA NEIMDLLRGM DARLQHLEQK VD KVLAQGS MVTQIKNELS TVKTTLATIE GMMATVKIMD PGNPTGVPVD ELRRSFSDHV TIVSGPGDVS FSSSEKPTLY LDE LARPVS KPRPAKQTKS QPVKDLAGQK VMITKMITDC VANPQMKQAF EQRLAKASTE DALNDIKRDI IRSAI

UniProtKB: Phosphoprotein

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris-HClTRIS hydrochloride
6.0 mMMgCl2magnesium chloride
1.0 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.75 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 477568
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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