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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37956 | |||||||||
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タイトル | Human erythrocyte catalase with CTAB as additive during EM sample preparation | |||||||||
マップデータ | Relion sharpened full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Catalase / Oxidoreductase / heme / NADP | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to phenylpropanoid / aminoacylase activity / catalase complex / hemoglobin metabolic process / response to inactivity / cellular detoxification of hydrogen peroxide / response to L-ascorbic acid / response to ozone / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / response to light intensity ...response to phenylpropanoid / aminoacylase activity / catalase complex / hemoglobin metabolic process / response to inactivity / cellular detoxification of hydrogen peroxide / response to L-ascorbic acid / response to ozone / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / response to light intensity / catalase / UV protection / response to fatty acid / response to vitamin A / catalase activity / peroxisomal membrane / ureteric bud development / triglyceride metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / antioxidant activity / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / response to vitamin E / response to hyperoxia / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / response to cadmium ion / aerobic respiration / cholesterol metabolic process / response to activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / Peroxisomal protein import / response to lead ion / response to insulin / response to hydrogen peroxide / cellular response to growth factor stimulus / osteoblast differentiation / peroxisome / response to estradiol / NADP binding / secretory granule lumen / response to ethanol / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / heme binding / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Yadav S / Vinothkumar KR | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Factors affecting macromolecule orientations in thin films formed in cryo-EM. 著者: Swati Yadav / Kutti R Vinothkumar / 要旨: The formation of a vitrified thin film embedded with randomly oriented macromolecules is an essential prerequisite for cryogenic sample electron microscopy. Most commonly, this is achieved using the ...The formation of a vitrified thin film embedded with randomly oriented macromolecules is an essential prerequisite for cryogenic sample electron microscopy. Most commonly, this is achieved using the plunge-freeze method first described nearly 40 years ago. Although this is a robust method, the behaviour of different macromolecules shows great variation upon freezing and often needs to be optimized to obtain an isotropic, high-resolution reconstruction. For a macromolecule in such a film, the probability of encountering the air-water interface in the time between blotting and freezing and adopting preferred orientations is very high. 3D reconstruction using preferentially oriented particles often leads to anisotropic and uninterpretable maps. Currently, there are no general solutions to this prevalent issue, but several approaches largely focusing on sample preparation with the use of additives and novel grid modifications have been attempted. In this study, the effect of physical and chemical factors on the orientations of macromolecules was investigated through an analysis of selected well studied macromolecules, and important parameters that determine the behaviour of proteins on cryo-EM grids were revealed. These insights highlight the nature of the interactions that cause preferred orientations and can be utilized to systematically address orientation bias for any given macromolecule and to provide a framework to design small-molecule additives to enhance sample stability and behaviour. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | EMDBマップデータ形式 | |||
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ヘッダ (付随情報) | EMDBヘッダ | |||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37956 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37956_validation.pdf.gz | 956 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37956_full_validation.pdf.gz | 955.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37956_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37956_validation.cif.gz | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37956 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37956 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wzmMC 37952 37953 37954 37955 39808 39809 8wzhC 8wziC 8wzjC 8wzkC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion sharpened full map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Catalase purified from human erythrocytes
全体 | 名称: Catalase purified from human erythrocytes |
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要素 |
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-超分子 #1: Catalase purified from human erythrocytes
超分子 | 名称: Catalase purified from human erythrocytes / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 238 KDa |
-分子 #1: Catalase
分子 | 名称: Catalase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: catalase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 59.836996 KDa |
配列 | 文字列: MADSRDPASD QMQHWKEQRA AQKADVLTTG AGNPVGDKLN VITVGPRGPL LVQDVVFTDE MAHFDRERIP ERVVHAKGAG AFGYFEVTH DITKYSKAKV FEHIGKKTPI AVRFSTVAGE SGSADTVRDP RGFAVKFYTE DGNWDLVGNN TPIFFIRDPI L FPSFIHSQ ...文字列: MADSRDPASD QMQHWKEQRA AQKADVLTTG AGNPVGDKLN VITVGPRGPL LVQDVVFTDE MAHFDRERIP ERVVHAKGAG AFGYFEVTH DITKYSKAKV FEHIGKKTPI AVRFSTVAGE SGSADTVRDP RGFAVKFYTE DGNWDLVGNN TPIFFIRDPI L FPSFIHSQ KRNPQTHLKD PDMVWDFWSL RPESLHQVSF LFSDRGIPDG HRHMNGYGSH TFKLVNANGE AVYCKFHYKT DQ GIKNLSV EDAARLSQED PDYGIRDLFN AIATGKYPSW TFYIQVMTFN QAETFPFNPF DLTKVWPHKD YPLIPVGKLV LNR NPVNYF AEVEQIAFDP SNMPPGIEAS PDKMLQGRLF AYPDTHRHRL GPNYLHIPVN CPYRARVANY QRDGPMCMQD NQGG APNYY PNSFGAPEQQ PSALEHSIQY SGEVRRFNTA NDDNVTQVRA FYVNVLNEEQ RKRLCENIAG HLKDAQIFIQ KKAVK NFTE VHPDYGSHIQ ALLDKYNAEK PKNAIHTFVQ SGSHLAAREK ANL UniProtKB: Catalase |
-分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-分子 #3: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NDP |
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分子量 | 理論値: 745.421 Da |
Chemical component information | ChemComp-NDP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.4 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force, 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Images were collected in EFTEM mode. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 47619 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称) アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 153336 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |