+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37944 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | GPCR / 26RFa / GPR103 / pyroglutamylated RFamide peptide / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / orexigenic neuropeptide QRFP receptor binding / neuropeptide Y receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / G alpha (q) signalling events / regulation of feeding behavior / grooming behavior / positive regulation of blood pressure / neuropeptide hormone activity / G-protein activation ...Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / orexigenic neuropeptide QRFP receptor binding / neuropeptide Y receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / G alpha (q) signalling events / regulation of feeding behavior / grooming behavior / positive regulation of blood pressure / neuropeptide hormone activity / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Ca2+ pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (z) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (i) signalling events / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (z) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / photoreceptor outer segment / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / peptide binding / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / GTPase binding / retina development in camera-type eye / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hypoxia / cell body / G alpha (q) signalling events / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.73 Å | |||||||||
データ登録者 | Jin S / Li X / Xu Y / Guo S / Wu C / Zhang H / Yuan Q / Xu HE / Xie X / Jiang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024 タイトル: Structural basis for recognition of 26RFa by the pyroglutamylated RFamide peptide receptor. 著者: Sanshan Jin / Shimeng Guo / Youwei Xu / Xin Li / Canrong Wu / Xinheng He / Benxun Pan / Wenwen Xin / Heng Zhang / Wen Hu / Yuling Yin / Tianwei Zhang / Kai Wu / Qingning Yuan / H Eric Xu / Xin Xie / Yi Jiang / 要旨: The neuropeptide 26RFa, a member of the RF-amide peptide family, activates the pyroglutamylated RF-amide peptide receptor (QRFPR), a class A GPCR. The 26RFa/QRFPR system plays critical roles in ...The neuropeptide 26RFa, a member of the RF-amide peptide family, activates the pyroglutamylated RF-amide peptide receptor (QRFPR), a class A GPCR. The 26RFa/QRFPR system plays critical roles in energy homeostasis, making QRFPR an attractive drug target for treating obesity, diabetes, and eating disorders. However, the lack of structural information has hindered our understanding of the peptide recognition and regulatory mechanism of QRFPR, impeding drug design efforts. In this study, we determined the cryo-EM structure of the G-coupled QRFPR bound to 26RFa. The structure reveals a unique assembly mode of the extracellular region of the receptor and the N-terminus of the peptide, and elucidates the recognition mechanism of the C-terminal heptapeptide of 26RFa by the transmembrane binding pocket of QRFPR. The study also clarifies the similarities and distinctions in the binding pattern of the RF-amide moiety in five RF-amide peptides and the RY-amide segment in neuropeptide Y. These findings deepen our understanding of the RF-amide peptide recognition, aiding in the rational design of drugs targeting QRFPR and other RF-amide peptide receptors. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37944.map.gz | 61.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-37944-v30.xml emd-37944.xml | 24.4 KB 24.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37944.png | 32.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37944.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_37944_additional_1.map.gz emd_37944_additional_2.map.gz emd_37944_half_map_1.map.gz emd_37944_half_map_2.map.gz | 108.4 MB 117.8 MB 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37944 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37944 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37944_validation.pdf.gz | 944.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_37944_full_validation.pdf.gz | 943.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37944_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37944_validation.cif.gz | 16.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37944 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37944 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wz2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_37944_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_37944_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37944_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37944_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor-G pr...
全体 | 名称: Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor-G protein complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor-G pr...
超分子 | 名称: Structure of 26RFa-pyroglutamylated RFamide peptide receptor-G protein complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: G-alpha q
分子 | 名称: G-alpha q / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 41.724383 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RRTLRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRKEFVDIST ASG DGRHIC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC KDIILQMNLR EYNLV |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 37.41693 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 |
-分子 #3: scFV16
分子 | 名称: scFV16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 26.277299 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL |
-分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 7.861143 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 |
-分子 #5: Orexigenic neuropeptide QRFP
分子 | 名称: Orexigenic neuropeptide QRFP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.882194 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: ASGPLGTLAE ELSSYSRRKG GFSFRFG UniProtKB: Orexigenic neuropeptide QRFP |
-分子 #6: Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor
分子 | 名称: Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.54973 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MQALNITPEQ FSRLLRDHNL TREQFIALYR LRPLVYTPEL PGRAKLALVL TGVLIFALAL FGNALVFYVV TRSKAMRTVT NIFICSLAL SDLLITFFCI PVTMLQNISD NWLGGAFICK MVPFVQSTAV VTEILTMTCI AVERHQGLVH PFKMKWQYTN R RAFTMLGV ...文字列: MQALNITPEQ FSRLLRDHNL TREQFIALYR LRPLVYTPEL PGRAKLALVL TGVLIFALAL FGNALVFYVV TRSKAMRTVT NIFICSLAL SDLLITFFCI PVTMLQNISD NWLGGAFICK MVPFVQSTAV VTEILTMTCI AVERHQGLVH PFKMKWQYTN R RAFTMLGV VWLVAVIVGS PMWHVQQLEI KYDFLYEKEH ICCLEEWTSP VHQKIYTTFI LVILFLLPLM VMLILYSKIG YE LWIKKRV GDGSVLRTIH GKEMSKIARK KKRAVIMMVT VVALFAVCWA PFHVVHMMIE YSNFEKEYDD VTIKMIFAIV QII GFSNSI CNPIVYAFMN ENFKKNVLSA VCYCIVNKTF SPAQRHGNSG ITMMRKKAKF SLRENPVEET KGEAFSDGNI EVKL CEQTE EKKKLKRHLA LFRSELAENS PLDSGH UniProtKB: Pyroglutamylated RF-amide peptide receptor |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 202884 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |