+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37900 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with Lys-Leu (outward-facing open) | |||||||||
マップデータ | B-factor sharpened map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Transporter / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / peptidoglycan transport ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / Proton/oligopeptide cotransporters / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / SLC15A4:TASL-dependent IRF5 activation / peptidoglycan transport / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / peptide:proton symporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / peptide transport / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Sakaniwa K / Zhang Z / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of human SLC15A4 in complex with Lys-Leu (outward-facing open) 著者: Zhang Z / Kasai S / Sakaniwa K / Fujimura A / Ohto U / Shimizu T | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37900.map.gz | 28.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-37900-v30.xml emd-37900.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37900.png | 116.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37900.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_37900_additional_1.map.gz emd_37900_half_map_1.map.gz emd_37900_half_map_2.map.gz | 15.2 MB 28.2 MB 28.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37900 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37900_validation.pdf.gz | 775.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_37900_full_validation.pdf.gz | 775.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37900_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37900_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37900 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37900 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wx4MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | B-factor sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.245 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_37900_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37900_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37900_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human SLC15A4 with KL
全体 | 名称: Human SLC15A4 with KL |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human SLC15A4 with KL
超分子 | 名称: Human SLC15A4 with KL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Solute carrier family 15 member 4
分子 | 名称: Solute carrier family 15 member 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 64.856176 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ...文字列: MEGSGGGAGE RAPLLGARRA AAAAAAAGAF AGRRAACGAV LLTELLERAA FYGITSNLVL FLNGAPFCWE GAQASEALLL FMGLTYLGS PFGGWLADAR LGRARAILLS LALYLLGMLA FPLLAAPATR AALCGSARLL NCTAPGPDAA ARCCSPATFA G LVLVGLGV ATVKANITPF GADQVKDRGP EATRRFFNWF YWSINLGAIL SLGGIAYIQQ NVSFVTGYAI PTVCVGLAFV VF LCGQSVF ITKPPDGSAF TDMFKILTYS CCSQKRSGER QSNGEGIGVF QQSSKQSLFD SCKMSHGGPF TEEKVEDVKA LVK IVPVFL ALIPYWTVYF QMQTTYVLQS LHLRIPEISN ITTTPHTLPA AWLTMFDAVL ILLLIPLKDK LVDPILRRHG LLPS SLKRI AVGMFFVMCS AFAAGILESK RLNLVKEKTI NQTIGNVVYH AADLSLWWQV PQYLLIGISE IFASIAGLEF AYSAA PKSM QSAIMGLFFF FSGVGSFVGS GLLALVSIKA IGWMSSHTDF GNINGCYLNY YFFLLAAIQG ATLLLFLIIS VKYDHH RDH QRSRANGVPT SRRAGSIEGR IVKDYKDDDD KHHHHHH UniProtKB: Solute carrier family 15 member 4 |
-分子 #2: LYSINE
分子 | 名称: LYSINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: LYS |
---|---|
分子量 | 理論値: 147.195 Da |
Chemical component information | ChemComp-LYS: |
-分子 #3: LEUCINE
分子 | 名称: LEUCINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: LEU |
---|---|
分子量 | 理論値: 131.173 Da |
Chemical component information | ChemComp-LEU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 280710 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |