+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3790 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | yeast / Tra1 / SAGA / activator target / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / SAGA complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / histone acetyltransferase complex / transferase activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Komagataella pastoris (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Sharov G / Voltz K | |||||||||
資金援助 | フランス, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Structure of the transcription activator target Tra1 within the chromatin modifying complex SAGA. 著者: Grigory Sharov / Karine Voltz / Alexandre Durand / Olga Kolesnikova / Gabor Papai / Alexander G Myasnikov / Annick Dejaegere / Adam Ben Shem / Patrick Schultz / 要旨: The transcription co-activator complex SAGA is recruited to gene promoters by sequence-specific transcriptional activators and by chromatin modifications to promote pre-initiation complex formation. ...The transcription co-activator complex SAGA is recruited to gene promoters by sequence-specific transcriptional activators and by chromatin modifications to promote pre-initiation complex formation. The yeast Tra1 subunit is the major target of acidic activators such as Gal4, VP16, or Gcn4 but little is known about its structural organization. The 430 kDa Tra1 subunit and its human homolog the transformation/transcription domain-associated protein TRRAP are members of the phosphatidyl 3-kinase-related kinase (PIKK) family. Here, we present the cryo-EM structure of the entire SAGA complex where the major target of activator binding, the 430 kDa Tra1 protein, is resolved with an average resolution of 5.7 Å. The high content of alpha-helices in Tra1 enabled tracing of the majority of its main chain. Our results highlight the integration of Tra1 within the major epigenetic regulator SAGA. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3790.map.gz | 7.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3790-v30.xml emd-3790.xml | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3790_fsc.xml | 11.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3790.png | 214.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3790.cif.gz | 8.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3790 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3790 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3790_validation.pdf.gz | 235.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_3790_full_validation.pdf.gz | 235 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3790_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3790 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3790 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3790.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tra1 subunit of SAGA complex
全体 | 名称: Tra1 subunit of SAGA complex |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Tra1 subunit of SAGA complex
超分子 | 名称: Tra1 subunit of SAGA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
分子量 | 理論値: 400 KDa |
-分子 #1: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA
分子 | 名称: Tra1 subunit within the chromatin modifying complex SAGA タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
分子量 | 理論値: 438.055344 KDa |
配列 | 文字列: MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANSP ENKLRNITLE ILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK AITTLHKTFK ASLQEKVHPF IDIVIEIYSN IPQVVEEQFN G NQIDSKEN ...文字列: MLHVVQLDDF ATRLKAAEDY QSKHSVLSEI CDSLETFNAA QDYEYFLKSL IPLFIDVLKE VPVSFVANSP ENKLRNITLE ILHRIPAND ALQAYSNEIV DTLMDLLKVE NELNGILCMK AITTLHKTFK ASLQEKVHPF IDIVIEIYSN IPQVVEEQFN G NQIDSKEN VDSTSRPNSP SFSSQSDDSK QLAQAMFSFK TLAESPITMV SLYSSYKELA ASSLGNFIPH VMKVLSLEVA KQ AEARKAA EEKGIILVNV CKEITNRANY GEFIIGQVKA ASFLAYLFIR RQAQTFLEPY QQAIPDIIIR LLQDCPSELS AAR KELLHA TRHILSTDFR KMFIPKIDLL FDLRVLIGEG FTAYETLRPL AYSTVADFIH NVRDHLTPAQ LWKSVSIYCK NLQD DSLAL TVQIMSAKLL LNLIEKIMRS ESKTESRQLL MVIIDAYTKR FKMLNSRYNG IMKQHATYEK EKQEKQNQER LLTNK LDGT TPSPSDDKKV ELIDEDQDVK MEDPTPEISD QETIKGDNDA STEPQDSEQQ LADFMSLQEY LPIQVSVPPE IDLLKD SRY LFKTLMTFLK TIMIGLKNSN PPSSQNHFNA QNWNETARGF SNEDINILKS LFRECILALR FFSTSKTSLP ASSMKQS FD ITGPNLPITS TKEEKDLMEI FATMFIHIDP ASFNEIVREE LPFMYKQMLD FASLLHIPQF FLASVITSSS FSGILITF L KSKLVDLGEV NIIKSNILIR LFKLCFMSVS LFPAANESVI LPHLNELILK SLKLSTTAKE PLVYFYLIRT LFRSIGGGR FENLYKEIMP LLQVLLESLS KLIHEARRPQ ERDIYVELCL TVPVRLSVLV PHLSYLMKPL VYALNGSQES VSQGLRTLEL CVDNLTAEY FDPIIEPVID DVMEALSKHL KPLPYYHQHS HTTLRILGKL GGRNRTFIKP VDNLKTDSEL FQNVEAMFKI H GLPNEVPL SITPGLSAAF SLLTDPRPRI HYRINSFKYI SGIFQLFLGA TQLPDDYANR LKESMDIILE DTIAPDEPLN KL HHFPVKD IAKYDSQMEL LVKLLESIFY AVSLQEVREE SKALIRGTCN HFILLYFNKM VIDKRKFVRK FSVDNHEGNL FLN ENCIFD AIIYALSSDN SAVRSMGLES VQLIYDSCVE LFGNIDCALK FAPLNVMCSK FIHCCFEEPY HKKLAGCIGL EMML NSLDI PMKYFNARQL EIIRALFYVL RDTAPELPCE VTNTAKRLIL NSLKEWNKEL TRNDVFSSVF QNLVSSLIVD LPNAN EIVR ATAQEALRTL SETTQVPIAT MISPCKHILL APIFGKPLRA LPFQMQIGNI DAITFCMGLE NSFLEYNEEL NRLVQE ALA LVDAEDESLV SAHRISEHKT SEQLVRLRVV CIQLLSLAIT KPEFAAAQQR SNIRVKILVV FFKSLCGRSI EIIRAAH GG LKAVIDLKMK LPKELLQNGL RPMLMNLSDH KKLTVASLEA LSGLLKLFIS YFKVGIGSKL LDHLLAWAQP RTLQQLGS Q DLENNSTVQI IVAILDVFHL LPPTAHKFMN DLMNALLYLE NNLHRCQYSP FREPLAKFLD RFPDESFEYF FNEFSKREI TTRFVYFVGL DSCSSLRAKV LESLPRVRGL LHQEGSAEEK CVRFSNLVDL CESLAASDKE WIKDKEELLG ELLDAGSVCL TLKRSSNVV SPLYFQVDQG FETLQLLYIE YFKSQPLGHE KVFNFIDKIS KEGLPFVLEF DDFIFNEVVK CQDIPTVQQT L DTIIRMTP QVSSLDARVY LYKRIFLPIC IYESEMHGDL SRLSQTENNE LPAWLKSFDS DVWKATGPLV DDYTSTLEDR YR LELMQLT ALLIKGAPTA LTDMRKDIIK FSWNYIKLDD NTSKQAAYVV TAYFISRFDT PSELTTRIFV ALLRCHQIDT RYL VKQALE LLAPVLSERT NSELDWLKWP RRVLSEDGFN ITQVANIYQL IVKFPDLFYP ARDHFIPNII TAMGKLTVMS NTSL ENQQL AIDLAELILK WETKLPKSEK LGSAEETEKE KSVSEDKMDI DVKEETKEDI AERPKAEDQI GGDDSDSSNI LTSED YEVS FAQREACVTF LIRYICISTQ RPSENELGKR ALNILYELLG PKYWSEVTVK LQFFERFLMS SDLNQPSLLG YCLNAL EVL AVALKWKPTT WIIENVSYLQ KLLEKCLRSD NQDIQEILQK VLGIILEAIN KETQGSEEDE PEEVTNFISL IVNIIGE DL SNMTSVAAGV SLCWTLSLYR PNALDSLLPS IMRTFNKLCR DHIAISLQGN QPQSGDFANI EFEAKVTTNL LEKILNLC A ARISSLDDQR RVFLSLLAQL IDRSVDKDML LKVINIVTEW IFKTDFYPTT KEKAGILGKM MIFDLRGEPE LSKKFNQVI VDIFESKELA HTELTARMET AFLFGTRLSD VSIRKKLMSI LSDSLELDID KRLFYIIKDQ NWEYLSDYPW LNQALQLLYG SFHLDSPIR LSPEENTLSP LQSITEGLAR EKSPVEKAPQ NIIDFVAKHN EFLDSVRSLT AGDILNPLID ISYQSAETIH N AWVVVFPV AYSAIESRYE LEFTRALVKL LFKDYHIRQQ DARPNVIKSL LDGVGKCPGL HLPPHLVKYL GSNYNAWYGA IK LLEELSE GQGIDNQKIS DANQDALLEV YMSLQEDDMF YGTWRRRAKY FETNAALSYE QIGIWDKALQ LYEAAQIKAR SGV FPFGES EYSLWEDHWI YCAEKLQHWE ILTELAKHEG FTDLLLECGW RGADWIADRE PLEQSVKTVM DIPTPRRQIF QTFL ALQGF SQQKDTLQDV SRLCDEGIQL TLRKWNALPQ RVTRAHIGLL HTFQQYVELM EASQVYSSLV TTNAQNLDVK SQELK RVLQ AWRERLPNVW DDINIWNDLV TWRQHVFGVI NRVYMPFVPV LQQSNGTNNG NSYAYRGYHE MAWVINRFAH VARKHE MPE VCINQLTKIY TLPNIEIQEA FLKLREQAKC HYQNSSELNT GLDVISNTNL VYFATQQKAE FFTLKGMFLA KLNAKDE AN QAFATAVQID LNLPKAWAEW GFFNDRRFKE NPEEIFHAKN AISCYLQAAG LYKDGKTRKL LCRILWLISL DDAAGSLA K TFEDHHGESP VWYWITFVPQ LLTSLSHKEA KIVRHILIQI AKSYPQSLHF QLRTTKEDYQ AIQRQAMAVN RAEEQSSNK QDTADSVLKN TNTPQPQTRT ETSGTTAESD KKPSIPPKEE QGSPQPSRPA TTQASPQAQS QENGESSQKH PPEIPTTDSR QPWQDVEEI MGILKTAYPL LALSLESLVD QLNQRFKCNA DEDAYRLVIV LYNDGVQQMN RVANPREEVK LPAATEASIS R FADSVLPK NIREVFEQDI IACNPNLETY ISKLRKWRDC LEEKLDRSYG KADLERVSLH LSLFHHQKFE DIEIPGQYLL HK DNNNHFI KIERFLPTLD LVRGSNGCYK RMTIRGNDGS LHPFAVQFPA ARHCRREERI FQLFRIFDDA LSRKVQSRRR NIS LTLPIA VPLSPHIRIL NDDKRYTTLM GIYEEFCRRK GQSRDEPFAY TIQKLRAAFD PRLPKPDIVS VRAEVLASIQ STLV PSTLL KDYYTEKFSN YENYWLFRKQ FTAQYASFIF MTYIMCINSR QPQKIHINEG SGNIWTSEML PTKVATGKTH STAYN NSTL DPAVKAGAPI FYNTESVPFR LTPNIQKFIG EAGLEGILSV YILVIANSLS DSEFDMEQYL SLFVRDEVIS WFAQQH RAS AQTNQLREIV RVNVELLTKR VLQLNHIPNS QNVATQFVLN LISQAVNPRN LAYTDSAWMA YL UniProtKB: SAGA and NuA4 histone acetyltransferase complexes subunits |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.018000000000000002 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 1 second before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 80.0 K |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope has a Cs corrector |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-8 / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 8505 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode at 17 frames per second, frame 1 was not acquired. Every two frames were joined together, producing 8 frames per second. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.4 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.4000000000000001 µm 倍率(補正後): 127272 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: B / Chain - Residue range: 1385-2549 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
---|---|
詳細 | Secondary structure restraints were applied in Phenix. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-5oej: |