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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3785 | |||||||||
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タイトル | Structure of Watermelon mosaic virus potyvirus. | |||||||||
マップデータ | Cryoelectron microscopy map of Watermelon mosaic virus filament. Resulting map from Relion postprocessing. | |||||||||
試料 |
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キーワード | filamentous virus / potyvirus / plant pathogen / virus | |||||||||
機能・相同性 | Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Watermelon mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zamora M / Mendez-Lopez E | |||||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017 タイトル: Potyvirus virion structure shows conserved protein fold and RNA binding site in ssRNA viruses. 著者: Miguel Zamora / Eduardo Méndez-López / Xabier Agirrezabala / Rebeca Cuesta / José L Lavín / M Amelia Sánchez-Pina / Miguel A Aranda / Mikel Valle / 要旨: Potyviruses constitute the second largest genus of plant viruses and cause important economic losses in a large variety of crops; however, the atomic structure of their particles remains unknown. ...Potyviruses constitute the second largest genus of plant viruses and cause important economic losses in a large variety of crops; however, the atomic structure of their particles remains unknown. Infective potyvirus virions are long flexuous filaments where coat protein (CP) subunits assemble in helical mode bound to a monopartite positive-sense single-stranded RNA [(+)ssRNA] genome. We present the cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of the potyvirus watermelon mosaic virus at a resolution of 4.0 Å. The atomic model shows a conserved fold for the CPs of flexible filamentous plant viruses, including a universally conserved RNA binding pocket, which is a potential target for antiviral compounds. This conserved fold of the CP is widely distributed in eukaryotic viruses and is also shared by nucleoproteins of enveloped viruses with segmented (-)ssRNA (negative-sense ssRNA) genomes, including influenza viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3785.map.gz | 42.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3785-v30.xml emd-3785.xml | 17.2 KB 17.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3785_fsc.xml | 7.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3785.png | 245.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-3785.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_3785_additional.map.gz emd_3785_half_map_1.map.gz emd_3785_half_map_2.map.gz | 17.4 MB 35.5 MB 35.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3785 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3785_validation.pdf.gz | 498.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3785_full_validation.pdf.gz | 498 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3785_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3785 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3785 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryoelectron microscopy map of Watermelon mosaic virus filament. Resulting map from Relion postprocessing. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Cryoelectron microscopy map of Watermelon mosaic virus filament....
ファイル | emd_3785_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryoelectron microscopy map of Watermelon mosaic virus filament. Map generated by applying helical symmetry parameters to Relion postprocessing resulting map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half 1 map of Watermelon mosaic virus...
ファイル | emd_3785_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half 1 map of Watermelon mosaic virus filament resulting from Relion 3D Refine. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half 2 map of Watermelon mosaic virus...
ファイル | emd_3785_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half 2 map of Watermelon mosaic virus filament resulting from Relion 3D Refine. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Watermelon mosaic virus
全体 | 名称: Watermelon mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Watermelon mosaic virus
超分子 | 名称: Watermelon mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 146500 / 生物種: Watermelon mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: coat protein
分子 | 名称: coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: 57 residues from N-terminus and 17 residues from C-terminus are not present in our pdb model due to the absence of densities for them in the cryo-electron microscopy map as a consequence of ...詳細: 57 residues from N-terminus and 17 residues from C-terminus are not present in our pdb model due to the absence of densities for them in the cryo-electron microscopy map as a consequence of being high flexible regions in the protein. コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Watermelon mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 31.463412 KDa |
配列 | 文字列: SGKEAVENLD AGKESKKDTS GKGDKPQNSQ TGQGSKEQTK TGTVSKDVNV GSKGKEVPRL QKITKKMNLP TVGGKIILSL DHLLEYKPN QVDLFNTRAT KTQFESWYSA VKVEYDLNDE QMGVIMNGFM VWCIDNGTSP DVNGVWVMMD GEEQVEYPLK P IVENAKPT ...文字列: SGKEAVENLD AGKESKKDTS GKGDKPQNSQ TGQGSKEQTK TGTVSKDVNV GSKGKEVPRL QKITKKMNLP TVGGKIILSL DHLLEYKPN QVDLFNTRAT KTQFESWYSA VKVEYDLNDE QMGVIMNGFM VWCIDNGTSP DVNGVWVMMD GEEQVEYPLK P IVENAKPT LRQIMHHFSD AAEAYIEMRN SESPYMPRYG LLRNLRDREL ARYAFDFYEV TSKTPNRARE AIAQMKAAAL AG INSRLFG LDGNISTNSE NTERHTARDV NQNMHTLLGM GPPQ UniProtKB: Coat protein |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 24 |
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由来(天然) | 生物種: Watermelon mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.485872 KDa |
配列 | 文字列: UUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-27 / 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |