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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37849 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CB1-beta-arrestin1 complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | cannabinoid receptor / arrestin / biased signal / class A GPCR / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / MAP2K and MAPK activation / Vasopressin-like receptors / cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / Activation of SMO / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / MAP2K and MAPK activation / Vasopressin-like receptors / cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / Activation of SMO / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cannabinoid receptor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / AP-2 adaptor complex binding / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / clathrin heavy chain binding / negative regulation of dopamine secretion / Ub-specific processing proteases / clathrin coat of coated pit / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of serotonin secretion / regulation of feeding behavior / hemostasis / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of systemic arterial blood pressure / telencephalon development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of action potential / inositol hexakisphosphate binding / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / G protein-coupled receptor internalization / regulation of metabolic process / acetylcholine receptor binding / axonal fasciculation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / positive regulation of intracellular signal transduction / G alpha (s) signalling events / regulation of synaptic transmission, GABAergic / clathrin binding / negative regulation of Notch signaling pathway / small molecule binding / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of insulin secretion / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of vasoconstriction / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / endocytic vesicle / GABA-ergic synapse / maternal process involved in female pregnancy / activation of adenylate cyclase activity / response to nutrient / cellular response to hormone stimulus / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / visual perception / negative regulation of blood pressure / peptide binding / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / response to cocaine / response to cytokine / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / response to nicotine / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / memory / positive regulation of neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / glucose homeostasis / Clathrin-mediated endocytosis / actin cytoskeleton / protein transport / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / growth cone / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / molecular adaptor activity / positive regulation of protein phosphorylation / membrane raft / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Liao Y / Zhang H / Shen Q / Cai C | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Cryo-EM structure of CB1-beta-arrestin1 complex 著者: Liao Y / Zhang H / Shen Q / Cai C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37849.map.gz | 59.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37849-v30.xml emd-37849.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37849.png | 55.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37849.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_37849_half_map_1.map.gz emd_37849_half_map_2.map.gz | 39.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37849 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37849 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wu1MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.93 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37849_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37849_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of human cannabinoid receptor 1 with effector p...
全体 | 名称: Cryo-EM structure of human cannabinoid receptor 1 with effector protein |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of human cannabinoid receptor 1 with effector p...
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of human cannabinoid receptor 1 with effector protein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: MDMB-Fubinaca, cannabinoid receptor 1, arrestin2, Fab30 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Beta-arrestin-1
分子 | 名称: Beta-arrestin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 44.135273 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVEPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI ...文字列: MGDKGTRVFK KASPNGKLTV YLGKRDFVDH IDLVEPVDGV VLVDPEYLKE RRVYVTLTCA FRYGREDLDV LGLTFRKDLF VANVQSFPP APEDKKPLTR LQERLIKKLG EHAYPFTFEI PPNLPCSVTL QPGPEDTGKA CGVDYEVKAF CAENLEEKIH K RNSVRLVI EKVQYAPERP GPQPTAETTR QFLMSDKPLH LEASLDKEIY YHGEPISVNV HVTNNTNKTV KKIKISVRQY AD ICLFNTA QYKCPVAMEE ADDTVAPSST FCKVYTLTPF LANNREKRGL ALDGKLKHED TNLASSTLLR EGANREILGI IVS YKVKVK LVVSRGGLLG DLASSDVAVE LPFTLMHPKP KEEPPHREVP EHETPVDTNL IELDTNDDDA AAEDFAR UniProtKB: Beta-arrestin-1 |
-分子 #2: Fab30 heavy chain
分子 | 名称: Fab30 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.650502 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYYGY TYYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARSRQFWYSG LDYWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYFPEP V TVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KKVEPKSCDK THHHHHHHHH |
-分子 #3: Fab30 light chain
分子 | 名称: Fab30 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.435064 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYKYVPVTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: Cannabinoid receptor 1,Vasopressin V2 receptor
分子 | 名称: Cannabinoid receptor 1,Vasopressin V2 receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.310129 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MKSILDGLAD TTFRTITTDL LYVGSNDIQY EDIKGDMASK LGYFPQKFPL TSFRGSPFQE KMTAGDNPQL VPADQVNITE FYNKSLSSF KENEENIQCG ENFMDIECFM VLNPSQQLAI AVLSLTLGTF TVLENLLVLC VILHSRSLRC RPSYHFIGSL A VADLLGSV ...文字列: MKSILDGLAD TTFRTITTDL LYVGSNDIQY EDIKGDMASK LGYFPQKFPL TSFRGSPFQE KMTAGDNPQL VPADQVNITE FYNKSLSSF KENEENIQCG ENFMDIECFM VLNPSQQLAI AVLSLTLGTF TVLENLLVLC VILHSRSLRC RPSYHFIGSL A VADLLGSV IFVYSFIDFH VFHRKDSRNV FLFKLGGVTA SFTASVGSLF LTAIDRYISI HRPLAYKRIV TRPKAVVAFC LM WTIAIVI AVLPLLGWNC EKLQSVCSDI FPHIDETYLM FWIGVTSVLL LFIVYAYMYI LWKAHSHAVR MIQRGTQKSI IIH TSEDGK VQVTRPDQAR MDIRLAKTLV LILVVLIICW GPLLAIMVYD VFGKMNKLIK TVFAFCSMLC LLNSTVNPII YALR SKDLR HAFRSMFPCA RGRTPPSLGP QDE(SEP)C(TPO)(TPO)A(SEP)(SEP) (SEP)LAKDTSS UniProtKB: Cannabinoid receptor 1, Vasopressin V2 receptor |
-分子 #5: methyl N-{1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1H-indazole-3-carbonyl}-3-me...
分子 | 名称: methyl N-{1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1H-indazole-3-carbonyl}-3-methyl-L-valinate タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: KCA |
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分子量 | 理論値: 397.443 Da |
Chemical component information | ChemComp-KCA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110196 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |