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- EMDB-37749: In situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37749
タイトルIn situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis
マップデータ
試料
  • 細胞: In situ PBS-PSII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 32種
  • リガンド: x 16種
キーワードcomplex / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / : / : / : / : / : ...: / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Phycocyanin beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrospira platensis (バクテリア) / Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者You X / Zhang X / Xiao YN / Sun S / Sui SF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of in situ PBS-PSII supercomplex at 3.5 Angstroms resolution.
著者: You X / Zhang X / Xiao YN / Sun S / Sui SF
履歴
登録2023年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月31日-
マップ公開2024年7月31日-
更新2024年7月31日-
現状2024年7月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37749.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.63 Å/pix.
x 400 pix.
= 652.8 Å		1.63 Å/pix.
x 400 pix.
= 652.8 Å		1.63 Å/pix.
x 400 pix.
= 652.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.632 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-1.2083731 - 1.7229733
平均 (標準偏差)0.0061444305 (±0.05728168)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 652.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In situ PBS-PSII supercomplex

全体名称: In situ PBS-PSII supercomplex
要素
  • 細胞: In situ PBS-PSII supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: LRC1
    • タンパク質・ペプチド: LCM
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II protein D1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP47 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II CP43 reaction center protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II D2 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b559 subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein H
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein I
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein J
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein K
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein L
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein M
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II extrinsic protein O
    • タンパク質・ペプチド: PsbQ protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Y
    • タンパク質・ペプチド: LPP1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein T
    • タンパク質・ペプチド: PsbU
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II extrinsic protein V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein X
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Psb30
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem II reaction center protein Z
    • タンパク質・ペプチド: LPP2
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta-18 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin-B alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: Phycocyanin beta subunit
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CALCIUM ION

+
超分子 #1: In situ PBS-PSII supercomplex

超分子名称: In situ PBS-PSII supercomplex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
由来(天然)生物種: Arthrospira platensis (バクテリア)

+
分子 #1: LRC1

分子名称: LRC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 29.443213 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MVPLPLLSYT TTSFNTRVAG YEVPGDEQPQ IYTAENMPSG SEWDTLIWAA YRQIFSEHQM LKSNRQTFLE SQLKFGQITV RDFIGGLAT SAPFLERNYQ TNSNYRFAEM CVQRILGRDV YNEREKIAWS IVIANKGPKG FIEELLNSDE YLDNFGYDTV P YQRRRVLP ...文字列:
MVPLPLLSYT TTSFNTRVAG YEVPGDEQPQ IYTAENMPSG SEWDTLIWAA YRQIFSEHQM LKSNRQTFLE SQLKFGQITV RDFIGGLAT SAPFLERNYQ TNSNYRFAEM CVQRILGRDV YNEREKIAWS IVIANKGPKG FIEELLNSDE YLDNFGYDTV P YQRRRVLP QRNVGETPFN LKTPRYNEYH RTQLGFPQVI WQTSVRRFVP QEKQPKAGDP ANFLAMAKQV SRPANTVTRV AL GSINFDT MVPYRQR

+
分子 #2: LCM

分子名称: LCM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 102.100633 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MSVKASGGSS VARPQLYKTV PVSTISQAEQ QDRYLGKTEL SDLATYFSSG AKRLEIAQVL TQNAELIVSR AANRIFTGGS PLAFLERPE EPEMAMAAAG SGDMEVAEGM KLGTISYVDN RGGGFFDGIK SLFQDSGTGP AVFLPPGFRP INVSRYGPGN M TKSLRDLS ...文字列:
MSVKASGGSS VARPQLYKTV PVSTISQAEQ QDRYLGKTEL SDLATYFSSG AKRLEIAQVL TQNAELIVSR AANRIFTGGS PLAFLERPE EPEMAMAAAG SGDMEVAEGM KLGTISYVDN RGGGFFDGIK SLFQDSGTGP AVFLPPGFRP INVSRYGPGN M TKSLRDLS WFLRYTTYAI VAGDPNIIAV NVRGLREIIE NACSSAATLV ALQEMRRSAL GYLQNDKEGQ EIALQYFNVL IS EFEGATP SNKVRQGQSV DQQGLELPQI YFNAAEARQK FVMKSGMSSS EKLDVVKAAY RQVFERDITR AYSQGISDLE SKF KNGEIS TKEFIRRLGK SPLYRQQFYS RFVNSRVVEL AARHFLGRGL SSPEEFSKYF AIVTKGGLAA LVDAMVDSTE YADY FGEET VPYLRGLGTE AQECRNWGPQ IDLFNYSAPF RKVPQFVTLF GDYKQPLRDQ HVYGIGNDPL EIQFGAIFPK ETRSP KNRP APFGKDTRRI LIHNGAGIDN QLSNPGARGN APGSLGPKVF KLDQLPGGYI SSKFSNKGGN SGASVKFSES STQKVI RAA YLQVFGRELY SGQRQTVAEI KLENGDITVR EFIRILAKSD VFRNMYWTSL YVCKAIEYIH RRLLGRPTYG RQEMNSY FD LCSKKGFYAL VDAIIDSVEY NEAFGEDTIP YERYLTPGGL SLRSMRVGTL AEKMTMVKDE PTPRFVELGT PTDQMKGE L EIDNQIKQGV NKRREQSKVF KLTNVTDKVA LQTTIGAIYR QIFERDIDPY VTKKEFTALE SKLGNGEITV KEFVEALGA SALYIREFYT PYPNTKVIEL GTKHFLGRAP LNQAEIRKYN QILASQGLKA FIGAMVNSME YAQVFGEDTV PYRRFPTLPA ANFPNTELL YNQLTKQNDE LVVPSFEPVL ANDRS

+
分子 #3: Allophycocyanin alpha chain

分子名称: Allophycocyanin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 64 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 17.409799 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MSIVTKSIVN ADAEARYLSP GELDRIKSFV TSGERRVRIA ETMTGARERI IKEAGNQLFQ KRPDVVSPGG NAYGEEMTAT CLRDLDYYL RLITYGIVAG DVTPIEEIGV VGVREMYKSL GTPIEAVAEG VRAMKSVATS LLSGEDAAEA GAYFDYLIGA M S

+
分子 #4: Allophycocyanin beta chain

分子名称: Allophycocyanin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 68 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 17.345748 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MQDAITSVIN SSDVQGKYLD ASAIQKLKAY FATGELRVRA ATTISANAAN IVKEAVAKSL LYSDITRPGG NMYTTRRYAA CIRDLDYYL RYATYAMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIGATVQA IQAMKEVTAG LVGADAGKEM GIYFDYICSG L S

+
分子 #5: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 7.775107 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MRSFKVTACV PSQTRIRTQR ELQNTYFTKL VPYDNWFREQ QRIMKMGGKI VKVELATGKP GTNTGLL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZBQ2

+
分子 #6: Photosystem II protein D1

分子名称: Photosystem II protein D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 39.675184 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MTTTLQQREN LNIWEQFCGW VTSTNNRLYV GWFGIVMIPT LLTATICFVL AFVAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITA AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ANIDEWLYNG GPYQLIVFHF LIGIFCYMGR EWELSYRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVLL V YSIGQGSF ...文字列:
MTTTLQQREN LNIWEQFCGW VTSTNNRLYV GWFGIVMIPT LLTATICFVL AFVAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIITA AVVPSSNAI GLHFYPIWEA ANIDEWLYNG GPYQLIVFHF LIGIFCYMGR EWELSYRLGM RPWIAVAYSA PVAAATAVLL V YSIGQGSF SDGLPLGISG TFNFMLVLQA EHNVLMHPFH MLGVAGVFGG ALFSAMHGSL VTSSLVRETT EIESQNRGYR FG QEEETYN IVAAHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLGA WPVVGIWFAS LAVACFAFNL NGFNFNHSVL DSQGKVLNTW ADV INRANL GIEAMHERNV HNFPLDLAST ESKPVNLVAP NIG

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4ENJ6

+
分子 #7: Photosystem II CP47 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP47 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 56.256766 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARLG VTQSWGGWSL TGEVADNPG IWSFEGVAAT HIILSGLLFL AAVWHWVYWD LELFTDPRTG EPALDLPKMF GIHLFLSGLL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV ...文字列:
MGLPWYRVHT VVLNDPGRLI SVHLMHTALV AGWAGSMALY ELAVFDPSDP VLNPMWRQGM FVMPFMARLG VTQSWGGWSL TGEVADNPG IWSFEGVAAT HIILSGLLFL AAVWHWVYWD LELFTDPRTG EPALDLPKMF GIHLFLSGLL CFGFGAFHLT G LFGPGMWV SDPYGLTGSI QPVAPSWGPE GFNPFNAGGI AAHHIAAGIV GIIAGLFHLS VRPPQRLYKA LRMGNIETVL SS SIAAVFF AAFVVAGTMW YGSAATPIEL FGPTRYQWDQ GYFQQEIQRR VQSSIAQGDS PSEAWSKIPE KLAFYDYVGN SPA KGGLFR VGPMNKGDGI AQGWLGHPVF TDAEGRELTV RRLPNFFETF PVILTDADGV IRADIPFRRA ESRYSFEQTG VTVS LYGGE LNGKTFTDPA SVKKYARFAQ QGEPFAFDRE TLGSDGVFRT STRGWFTFGH ACFALLFFFG HIWHGSRTIF RDVFA GVEA DLEEQVEWGN FQKVGDQTTR VQKTV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EP29

+
分子 #8: Photosystem II CP43 reaction center protein

分子名称: Photosystem II CP43 reaction center protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 51.545973 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MYSLRRYYRV VTLSSNSYLG GRDQESTGFA WWSGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMTLFEVSH FVPEKPMYEQ GLILLPHLA TQGWGVGAGG EVINTFPYFV VGVLHLISSA VLGLGGIYHA VRGPEVLEEY SSFFGYDWKD KNQMTNIIGY H LILLGCGA ...文字列:
MYSLRRYYRV VTLSSNSYLG GRDQESTGFA WWSGNARLIN LSGKLLGAHV AHAGLIVFWA GAMTLFEVSH FVPEKPMYEQ GLILLPHLA TQGWGVGAGG EVINTFPYFV VGVLHLISSA VLGLGGIYHA VRGPEVLEEY SSFFGYDWKD KNQMTNIIGY H LILLGCGA LLLVFKAMFL GGVYDTWAPG GGDVRIINNP TLNPLVIFGY LLKAPFGGEG WMIGVDNMED IIGGHIWIGL IC IAGGVWH ILTKPFGWAR RAFIWSGEAY LSYSLGALSL MAFIASAFVW FNNTAYPSEF YGPTNAEASQ AQSFVFLVRD QKL GANIGS AQGPTGLGKY LMRSPTGEII FGGETMRFWD FKGPWLEPLR GPNGLDLNKL KNDIQPWQVR RAAEYMTHAP NGSI NSVGG IITEAQGFNY VNPRAWLAAS HFILAFFFLI GHLWHAGRAR AAVAGFEKGI DRETEPVLAM PDLD

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EL13

+
分子 #9: Photosystem II D2 protein

分子名称: Photosystem II D2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem II
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 39.52127 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MTIAVERPQV TRGWFDVLDD WLKRDRFVFV GWSGILLFPC AYLSIGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLGHSL LFLWGPEAQW DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFCLRQ LEIARLVGIR PYNAIAFTGP IAVFVSVFLM Y PLGQSGWF ...文字列:
MTIAVERPQV TRGWFDVLDD WLKRDRFVFV GWSGILLFPC AYLSIGGWLT GTTFVTSWYT HGLASSYLEG CNFLTAAVST PANSLGHSL LFLWGPEAQW DFTRWCQLGG LWAFVALHGA FALIGFCLRQ LEIARLVGIR PYNAIAFTGP IAVFVSVFLM Y PLGQSGWF FAPSFGVAGI FRFILFFQGF HNWTLNPFHM MGVAGILGGA LLCAIHGATV ENTLFEDGEG SNTFRAFEPT QA EETYSMV TANRFWSQIF GIAFSNKRWL HFFMLFVPVT GLWMCSIGVV GLAVNLRAYD FVSQELRAAE DPEFETFYTK NIL LNEGIR AWMAPADQPH QNFVFPEEVL PRGNAL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EL11

+
分子 #10: Cytochrome b559 subunit alpha

分子名称: Cytochrome b559 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 9.344573 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MAGTTGERPF GDIITSVRYW VIHSLTIPAL FIAGWLFVST GLAYDAFGTP RPNEYFTQER QELPIITERQ DSKTQIQQFI AK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EIR1

+
分子 #11: Cytochrome b559 subunit beta

分子名称: Cytochrome b559 subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.994852 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MTNANQNQPI TYPIFTVRWL AVHTLAVPTV FFLGAIAAMQ FIQR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZAF8

+
分子 #12: Photosystem II reaction center protein H

分子名称: Photosystem II reaction center protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 7.636935 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MAQRTWLGDR LRPLNSEYGK VAPGWGTTPL MGVFMGLFFV FLLIILQIYN SSLILENVSV DWANLTR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZFR1

+
分子 #13: Photosystem II reaction center protein I

分子名称: Photosystem II reaction center protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.414285 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MVTLKIIVNI VVLFFVGLFI FGFLSNDPSR NPKRRDLE

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EN47

+
分子 #14: Photosystem II reaction center protein J

分子名称: Photosystem II reaction center protein J / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 3.914632 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MSGDAKLPLW LIATVAGTGV LVVVGLFFYG AYVGVGSAL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZEX7

+
分子 #15: Photosystem II reaction center protein K

分子名称: Photosystem II reaction center protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.979012 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MEAALLLAKL PEAYSIFSPV VDILPVIPVF FLLLAFVWQA AVGFR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EP73

+
分子 #16: Photosystem II reaction center protein L

分子名称: Photosystem II reaction center protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.581344 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MDRSRNPNKQ PVELNRTSLY LGLLLIFVLG ILFSSYFFN

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZAC5

+
分子 #17: Photosystem II reaction center protein M

分子名称: Photosystem II reaction center protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.128829 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MEVNDLGFVA SILFVLVPSV FLLILYIQTQ SREGKEG

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZMZ9

+
分子 #18: Photosystem II extrinsic protein O

分子名称: Photosystem II extrinsic protein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 30.06477 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: MKYRALVATF LAFCLSVLTA CSESPSAKDP SLLTYDDIRN TGLAVNCPSL PETARGSIPL DQNASYEITG LCLQPTSYFV KEEPANKRQ EAEFVPGRLL TRFTYSLDQV RGLLKFQPDG SLKFTEKDGI DFQPITVLLP GGEQVPFLFT IKGLVATSQP G LTSINTST ...文字列:
MKYRALVATF LAFCLSVLTA CSESPSAKDP SLLTYDDIRN TGLAVNCPSL PETARGSIPL DQNASYEITG LCLQPTSYFV KEEPANKRQ EAEFVPGRLL TRFTYSLDQV RGLLKFQPDG SLKFTEKDGI DFQPITVLLP GGEQVPFLFT IKGLVATSQP G LTSINTST DFSGDFNVPS YRGSTFLDPK ARGLASGYDN AVALPATADE EDYVNANVKL ADTKFKAGHI SLQVAKVDGE TG EIAGIFE SEQPSDNDLG AKEAVEVKIR GAFYARIEPK A

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZRB6

+
分子 #19: PsbQ protein

分子名称: PsbQ protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 18.64141 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MRFVQIGADF KKTILVMKRY RSILACVLAF VTAFVVGCSS PVAVEPPSYS SIQLEKIQEY KSNIVAIRDR STTELVSYIQ KGDWINIDN FAHGPFGTVL QEMNYVVRNL LPNEQPEARK LSREVFEHLQ DMSEAAAKAD RQQAAISYQE ALKDLDLFLS K FPQV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZQ11

+
分子 #20: Photosystem II reaction center protein Y

分子名称: Photosystem II reaction center protein Y / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.189124 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MDLDLRIVVV LLPLIVAGGW ALFKIGSAAI SQAQAFMKK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZG21

+
分子 #21: LPP1

分子名称: LPP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.017944 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #22: Photosystem II reaction center protein T

分子名称: Photosystem II reaction center protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 3.439182 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MESVAYILVL TLALGVLFFA IAFREPPRIG K

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4EP38

+
分子 #23: PsbU

分子名称: PsbU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 10.733153 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
ELNKADAKLG TEFGKKLDLN NSSIREFRQY PGMFPTLAKM IIDAAPYDSV QEVLEIPGLT DAQKEIIERY IGEFTITPVE PILQEGDFR LNTGVY

+
分子 #24: Photosystem II extrinsic protein V

分子名称: Photosystem II extrinsic protein V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 18.16577 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MLKRYIWLAV ATVFFTFQMW VGNANALELT EELRTFPINA QGDTAVLSLK EIKKGQQVFN AACAQCHALG VTKTNPDVNL SPEALALAT PPRDNIAALV DYIKNPTTYD GFVEISELHP SLKSSDIFPK MRNISEDDLY NVAGYILLQP KVRGEQWGGG K YLR

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W4ELM7

+
分子 #25: Photosystem II reaction center protein X

分子名称: Photosystem II reaction center protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 5.427645 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MHSKDLIKMT PSLMNFFYSL LAGLLIIVVP ATVGLIFISQ KDKIIRRS

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZPA1

+
分子 #26: Photosystem II reaction center protein Psb30

分子名称: Photosystem II reaction center protein Psb30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 4.692648 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MDFITNLFSN VNFELIAQLL MLSLIVIAGP VVIVLLAFRG GDL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZL09

+
分子 #27: Photosystem II reaction center protein Z

分子名称: Photosystem II reaction center protein Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 6.84835 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MLTLLFQVLL AALVIVSFLM IVAVPVAYAS PQNWSQSKPL IFIGSGLWAV LVILVGVFNY LVV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZFP8

+
分子 #28: LPP2

分子名称: LPP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 15.788175 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MLAIGKLFGR SKKSDYFLEF DEAKGTTAEP SPTVAPKAEA PKAEAPKAEA PKAEAPKAEA PKAEKPEKTK KSVAKKSPEA AKANVAATP APAAVAKVAS SSAPLNGGMS KTPEGMTFAT DYLLPKSTAN RRRPGPNMNM FRDMARQMSS K

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZJ52

+
分子 #29: Allophycocyanin beta-18 subunit

分子名称: Allophycocyanin beta-18 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 18.446771 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MRDAVTSLIK NYDITGRYLD RDAIDSLKSY FVTGTARVQA AATITANAAE LVKQAASQLF GDLPELIRPG GNAYTTRRYA ACLRDMDYY LRYATYALVA GDTDVLDERV LQGLRETYNS LGVPIGPTVV GIGILKDLAT EKVQAAGIEV GAYLEQPFDH L ISELSETD V

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZN25

+
分子 #30: Allophycocyanin-B alpha subunit

分子名称: Allophycocyanin-B alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 18.022709 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MTVVSQVILK ADDELRYPTT GELKNISDFL KTGEQRLRIV DTLTENEKKI VDRASAQLWK KRPDFIAPGG NAAGQRERSL CLRDYGWYL RVITYGILSG DKDPIESIGL IGVKEMYNSL GVPMPGMVEA IRCLKEASLA LLDDEDAKEA APYFDFIIQA M S

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A9W3ZH43

+
分子 #31: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 72 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 17.616848 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MKTPLTEAVS IADSQGRFLS STEIQVAFGR FRQAKAGLEA AKALTSKADS LISGAAQAVY NKFPYTTQMQ GPNYAADQRG KDKCARDIG YYLRMVTYCL IAGGTGPMDE YLIAGIDEIN RTFELSPSWY IEALKYIKAN HGLSGDAAVE ANSYLDYAIN A LS

+
分子 #32: Phycocyanin beta subunit

分子名称: Phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 72 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
分子量理論値: 18.062441 KDa
組換発現生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
配列文字列:
MFDAFTKVVS QADTRGEMLS TAQIDALSQM VAESNKRLDS VNRITSNAST IVSNAARSLF AEQPQLIAPG GNAYTSRRMA ACLRDMEII LRYVTYAVFA GDASVLEDRC LNGLRETYLA LGTPGSSVAV GVGKMKEAAL AIVNDPAGIT PGDCSALASE I AGYFDRAA AAVS

UniProtKB: Phycocyanin beta subunit

+
分子 #33: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 348 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

+
分子 #34: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 6 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #35: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 12 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #36: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 210 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #37: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 12 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #38: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 27 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #39: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 48 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #40: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 54 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #41: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 6 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #42: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 27 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #43: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 60 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #44: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 24 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #45: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 12 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #46: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 6 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #47: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 12 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #48: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 18 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 6.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 168000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る