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- EMDB-37659: The structure of PSI-14CAC complex at stationary growth phase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37659
タイトルThe structure of PSI-14CAC complex at stationary growth phase
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-14CAC(L-phase)
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
  • リガンド: x 13種
キーワードphotosynthesis / chlorophyll c / alloxanthin / growth phase
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodomonas salina (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Zhang SM / Si L / Li M
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / : 2024
タイトル: Growth phase-dependent reorganization of cryptophyte photosystem I antennae.
著者: Shumeng Zhang / Long Si / Xiaodong Su / Xuelin Zhao / Xiaomin An / Mei Li /
要旨: Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. ...Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. Cryptophytes go through logarithmic and stationary growth phases, and may adjust their light-harvesting capability according to their particular growth state. How cryptophytes change the type/arrangement of the photosynthetic antenna proteins to regulate their light-harvesting remains unknown. Here we solve four structures of cryptophyte photosystem I (PSI) bound with CACs that show the rearrangement of CACs at different growth phases. We identify a cryptophyte-unique protein, PsaQ, which harbors two chlorophyll molecules. PsaQ specifically binds to the lumenal region of PSI during logarithmic growth phase and may assist the association of PBPs with photosystems and energy transfer from PBPs to photosystems.
履歴
登録2023年10月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.023
最小 - 最大-0.099540465 - 0.20583145
平均 (標準偏差)0.0006036291 (±0.0063523063)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 332.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37659_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_37659_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : PSI-14CAC(L-phase)

全体名称: PSI-14CAC(L-phase)
要素
  • 複合体: PSI-14CAC(L-phase)
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: chain s
    • タンパク質・ペプチド: CAC-c
    • タンパク質・ペプチド: CAC-a
    • タンパク質・ペプチド: CAC-b
    • タンパク質・ペプチド: CAC-h
    • タンパク質・ペプチド: CAC-m, CAC-f
    • タンパク質・ペプチド: CAC-e
    • タンパク質・ペプチド: CAC-l
    • タンパク質・ペプチド: CAC-k
    • タンパク質・ペプチド: CAC-i
    • タンパク質・ペプチド: CAC-d
    • タンパク質・ペプチド: CAC-g
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: CAC-n
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water

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超分子 #1: PSI-14CAC(L-phase)

超分子名称: PSI-14CAC(L-phase) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)

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分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 83.431523 KDa
配列文字列: MTISSKEQEA KKVSITVDRD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADVHDFD SHTNSLEDIS RKIFSAHFGQ LSIIFLWLS GMYFHGARFS NYSAWLSNPT AVKPSAQVVW PIVGQEVLNG DVGGGFQGVQ VTSGFFQIWR SSGITSEVEL Y WCALAGLI ...文字列:
MTISSKEQEA KKVSITVDRD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADVHDFD SHTNSLEDIS RKIFSAHFGQ LSIIFLWLS GMYFHGARFS NYSAWLSNPT AVKPSAQVVW PIVGQEVLNG DVGGGFQGVQ VTSGFFQIWR SSGITSEVEL Y WCALAGLI MSGLMIFAGW FHYHKAAPKL EWFQNAESML NHHLSGLLGL GCLSWAGHQI HVSLPVNKLL DAGVAPQEIP LP HEFLVNR DLMAQLYPSF SKGLVPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HLALAVLFIV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LAMLGSVSII VAHHMYAMPP YPYIATDYPT QLSIFTHHMW IGGF CVCGG AAHAGIFMVR DYNPAQNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWIC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRTQDMFSDT AIQLK PVFA QWVQSIHTLA PGNTTPNALA TASYAFGGDV VAVGNKVAMM PISLGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFSRNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQSSAWDSVF LGLFWMYNCI SVVIFHFSWK MQSDVWGTVQ SDGTVTHITG GNFAQSA IT INGWLRDFLW AQASQVIQSY GSALSAYGLI FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLNVAP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW AFFLARIISV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 82.069711 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGLATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAVIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQP AVKAFTKGGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RSNTDLYAGS LFLLFLAGVF LFAGWLHLQP K FRPGLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGLATAHD LESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAVIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKVKPIAH AIWDPHFGQP AVKAFTKGGV SYPVNIATSG VYHWWYTIGM RSNTDLYAGS LFLLFLAGVF LFAGWLHLQP K FRPGLSWF KNNESRLNHH LSGLFGFSSL AWSAHLIHVA IPEARGQHVC WDNFTKVAPH PAGLQPFFTG NWGAYAASPD TT NHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQA LWLTDIAHHH LAIGVVFIFA GHMYRTNWGI GHSLKEILDA HRPPGGRLGA GHK GIFETL TNSLHFQLGL ALASLGVITS LVAQHMYALP SYAFIAKDYV TQSALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EQNKN NVLARILDHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG IYVHNDVVVA FGTPEKQILV EPVFAQWIQA SSGKALYGFD VLLSS TNSV AANASSNIWL PGWLEAINSG KNSLFLPIGP GDFLIHHAIA LALHTTTLIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YAFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSMFWM LNTIGWVTFY WHWKHITIWQ GNAGQFNESS TYIMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNPFGM NS LSVWSWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLVWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLIH FTAGYIFT Y AAFVIASTTG KFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 8.759131 KDa
配列文字列:
MSHSVKVYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVS WDGCKAGQIA SAPRTEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG GETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 15.585724 KDa
配列文字列:
MAETLNLQIP SPTFEGSTGG WLRAAEVEEK YAITWTSPKE QVFEMPTGGA AIMRQGENLL YLARKEQCLA LATQVKNSFK ITDYKVYRI FPSGEVQYLH PKDGVFPEKV NAGRVGVGNV SHSIGKNLNP AQIKFTSKSF NG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 7.309363 KDa
配列文字列:
MVKRGSKVRI LRKESYWYQD IGTVATIDTS GIRYPVVVRF EKVSYSGVNT NNFSLDEVVE VVAK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 20.817162 KDa
配列文字列:
MEIFFVKNWV SMLLVCSFLA FPSLAKADVA GLTPCGESKE FARRLDGSVK KLQTRLSKYE AGTPPALALQ KQIDKTKNRF DRYGKAGLL CGTDGLPHLI TDGRWTHSGE FVIPGLLFLY VAGWIGWVGR SYVLFARTAD KPTEKEIIID VPVALSFVST G FIWPFSAF KEFTSGNLIV PADEITVSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 3.927708 KDa
配列文字列:
MTAAYLPSIL VPIIGLIFPG LVMAFAFIYI EQDEVA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 4.974812 KDa
配列文字列:
MDSNFLKYLS TAPVLFTVWL SFTASFIIEA NRFFPDMLYF PM

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 16.475051 KDa
配列文字列:
MSQFIKPYND DPFVGNLATP VSTSSFTKSL LSNLPAYRAG LSPLLRGVEI GLTHGYFLVG PFYKLGPLRN SDVALLSGFF SALGLIVIL VACLTIYGVV SFEETEAKDQ LQTAKGWRQF TSGWLVGSVG GASFAYILIS NIPFLQTAGM SMLK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 3.31807 KDa
配列文字列:
MISDTQIFIA LILALVSLVL AIRLGRALYQ

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #11: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 15.133567 KDa
配列文字列:
IFLAVLASAS AFAPAAMPTQ LGKPAAFTPS LRAARVAPSP LSVVAQSKSD FEISDGTPYT LNVPLVGAAS FIGWVVPTLL PSQIALYGG KGLSTAFFAS IGTNLAKFPA PPGMTDPFWL LCFIWHSGLF ATMILGSIGY NGYAGKK

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 8.715256 KDa
配列文字列:
MNADLLIALV PQTVAWSAKT GAVMVLSNIL CIVAGRYVIQ VKGTGPSLPI SGSFAGFGLP ELLASTSLGH IVGSGAILGL SYVGVLS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK

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分子 #13: chain s

分子名称: chain s / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 27.96693 KDa
配列文字列: RTSVLILAGV AVAQAFSPAV VSTGGLTSLR MAQGPPPSTG KPLPKAKIEA LEVNKKQWGI EGGAAAPAAA APPAPKKAAA KKAAAPAGD TTGFSGVPSQ FARPESGVYP AEPTEQTFLG MRGPRAPGHR ENFGGKHTAT MLAIAALLWQ PVSEAGMYRM G ADGALTKS ...文字列:
RTSVLILAGV AVAQAFSPAV VSTGGLTSLR MAQGPPPSTG KPLPKAKIEA LEVNKKQWGI EGGAAAPAAA APPAPKKAAA KKAAAPAGD TTGFSGVPSQ FARPESGVYP AEPTEQTFLG MRGPRAPGHR ENFGGKHTAT MLAIAALLWQ PVSEAGMYRM G ADGALTKS SFSNMEVPGF GNMKKAPTIE SLFPFAKNGF DASPALFGKG SMIVVEDPRD GCGAYANSGA CHTFLDEIGD AL KKTPESL PRSEAKATYS FPWMYEHAAW KK

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分子 #14: CAC-c

分子名称: CAC-c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.781504 KDa
配列文字列: LRTALIAACV ASASAFVPAS GFAPMAMKSR TSAVSSMRMQ EGDFSAAVPF LKRPSNLDGA YIGDVGFDPL GFSDVFDLRV LREAELKHG RFAMLAVLGF IVQELYTFPF FPKMAPVDAH DYFVKQGGGS QIIFWISFVE LFGVVALFET LQGKREPGDF A FDPLGLAK ...文字列:
LRTALIAACV ASASAFVPAS GFAPMAMKSR TSAVSSMRMQ EGDFSAAVPF LKRPSNLDGA YIGDVGFDPL GFSDVFDLRV LREAELKHG RFAMLAVLGF IVQELYTFPF FPKMAPVDAH DYFVKQGGGS QIIFWISFVE LFGVVALFET LQGKREPGDF A FDPLGLAK DEATLERYRL AEVKHARLAM IAIGGFIHQY WVTKQTVLEQ LGNFKSLA

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分子 #15: CAC-a

分子名称: CAC-a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.330691 KDa
配列文字列: RTPVLVLAGA AAVSAFAPAA NLAGLRTSST RAAIARGPQM QEMSEAIPFM PKPANIDSSM PGYAGFDPLG FTDYYSAKWM QEAEIKHGR VCMLAALGMV FPEFAKFPQF ASFSTNPLEA FYQVSPAGWG QIFLFIGVLE TFSYEKSFYN FEGGAPGALG F DPLRMSSN ...文字列:
RTPVLVLAGA AAVSAFAPAA NLAGLRTSST RAAIARGPQM QEMSEAIPFM PKPANIDSSM PGYAGFDPLG FTDYYSAKWM QEAEIKHGR VCMLAALGMV FPEFAKFPQF ASFSTNPLEA FYQVSPAGWG QIFLFIGVLE TFSYEKSFYN FEGGAPGALG F DPLRMSSN PASAKQYAAA EVRNGRLAMI GFSGMLHHAI VSKQGPITQI VEQNFYPK

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分子 #16: CAC-b

分子名称: CAC-b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.503363 KDa
配列文字列: SYAFTASPAL IRAGAATRAT SGISGMKMQA KSKAVPFLSQ PEALDGSMAG DVGFDPFGIS SVIDIKWLRE SELKHGRICM LAATGCLVQ EVVHLPGPAF SQKMALNAWA AAPRGGMISI LVAIGLIEMI SNRFALTATD MFANPNRVPG DLGFDPLSLG A NPANRARF ...文字列:
SYAFTASPAL IRAGAATRAT SGISGMKMQA KSKAVPFLSQ PEALDGSMAG DVGFDPFGIS SVIDIKWLRE SELKHGRICM LAATGCLVQ EVVHLPGPAF SQKMALNAWA AAPRGGMISI LVAIGLIEMI SNRFALTATD MFANPNRVPG DLGFDPLSLG A NPANRARF ELSEVIHGRA AMMGFSGMVH QMIVSKQAPI EQLMHFKAVD SSLMKLGGAA GNLGY

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分子 #17: CAC-h

分子名称: CAC-h / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.132781 KDa
配列文字列: STVALALVAG ATAFAPAAMG PGLSLRAQGA AQRAPARAGL SALSMAQNPM SKAVADFAES SPEFGGRGLG VTVNAERWNG RHAMFGIFA MVMTSYMKGH GLIPDADKVL DIAQWGPLAA VWDGAGNGIS NERAIILIAH VHVLVVSVIA AIAPFGFQDT L VKEKGYTP ...文字列:
STVALALVAG ATAFAPAAMG PGLSLRAQGA AQRAPARAGL SALSMAQNPM SKAVADFAES SPEFGGRGLG VTVNAERWNG RHAMFGIFA MVMTSYMKGH GLIPDADKVL DIAQWGPLAA VWDGAGNGIS NERAIILIAH VHVLVVSVIA AIAPFGFQDT L VKEKGYTP ESPAGLIPPF KTGLTAEAEL INGRLAMLGV ISIVTASLFT GTSVVDTINL GMGKILY

+
分子 #18: CAC-m, CAC-f

分子名称: CAC-m, CAC-f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 22.272936 KDa
配列文字列: VAAVACVASA AAFAPSAPMG VKATTRAVSS IGPRMQAMSE SVPFLKKPEA LDSSMAGYAG FDPLGLSSIA DIKFLQESEI KHCRIAMLA AAGSIAQDIF TFPGVSKVVG TAKMTGVHDV LVKQGAMGQI LLWTSFLEVF GTIALLETLD GKRAPGDFKF D PLGFSKNA ...文字列:
VAAVACVASA AAFAPSAPMG VKATTRAVSS IGPRMQAMSE SVPFLKKPEA LDSSMAGYAG FDPLGLSSIA DIKFLQESEI KHCRIAMLA AAGSIAQDIF TFPGVSKVVG TAKMTGVHDV LVKQGAMGQI LLWTSFLEVF GTIALLETLD GKRAPGDFKF D PLGFSKNA ETAKRYQLSE IKNGRLAMLA TGGMVHGYFI TGKGPLELLT NFGK

+
分子 #19: CAC-e

分子名称: CAC-e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 21.787338 KDa
配列文字列: ATLACVASAS AFAPSALLPQ AGVRAAKTGM RMQENLAVPF LKAPAKLDSS MPGYAGFDPL GCSDFYDVKW LQEAEIKNGR VAMLGVVGL LVPEFFHLPM YTAGATPYES YTTVPAFALI QIFLGCGAVE YFTHKGKISP DNMFDGGRVP GEFGWGKADM T MQTKEIKN ...文字列:
ATLACVASAS AFAPSALLPQ AGVRAAKTGM RMQENLAVPF LKAPAKLDSS MPGYAGFDPL GCSDFYDVKW LQEAEIKNGR VAMLGVVGL LVPEFFHLPM YTAGATPYES YTTVPAFALI QIFLGCGAVE YFTHKGKISP DNMFDGGRVP GEFGWGKADM T MQTKEIKN GRLAMLAFGG ILHQQLFTKM GTIAHLTGGF KPLTF

+
分子 #20: CAC-l

分子名称: CAC-l / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 25.908721 KDa
配列文字列: PSEDIQSRAG VMDKHADIET EKSCIPGRIP RSRRCTLISI PRRVSDGCTL CSAAAIARGP TMQDNAMPFL ERPPKLDGSL AGDVGFDPV GFSNYFDLRW LRESELKHGR VCMLGVTGLL VQEAVCLPQF SNGKTPVDDF FVVPAAGLWQ VFFAIGAVEF F SHGFKLTP ...文字列:
PSEDIQSRAG VMDKHADIET EKSCIPGRIP RSRRCTLISI PRRVSDGCTL CSAAAIARGP TMQDNAMPFL ERPPKLDGSL AGDVGFDPV GFSNYFDLRW LRESELKHGR VCMLGVTGLL VQEAVCLPQF SNGKTPVDDF FVVPAAGLWQ VFFAIGAVEF F SHGFKLTP GDMFSEGREA GDFGFDPLGC GKNPDALARR RLVEVKNGRL AMIAFGGLLH QQLLTGQGTF EQLANFKAIA

+
分子 #21: CAC-k

分子名称: CAC-k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 25.588902 KDa
配列文字列: TTLLVGAVGA ASAFAPAALP SMARTTSRSG VSMQLYKDGV LQGKGMRAVP FAPAPDCLPE NIPGYMGFDP LGLSTLCNVE WLREAEIKH CRVAMLAAAG SIAQDLYQFP GVEKIVGSAK MTGVHDKILA AASTGDYKAQ AMSQILFWTS FLEIVTLPAV F ETMNGGPR ...文字列:
TTLLVGAVGA ASAFAPAALP SMARTTSRSG VSMQLYKDGV LQGKGMRAVP FAPAPDCLPE NIPGYMGFDP LGLSTLCNVE WLREAEIKH CRVAMLAAAG SIAQDLYQFP GVEKIVGSAK MTGVHDKILA AASTGDYKAQ AMSQILFWTS FLEIVTLPAV F ETMNGGPR KPGVFFFDPL GLGKGDKMGE MELKEIKNGR LAMIGVGGMV HHYLLTGKGP IQFLSGIPNY KSCIEPHIGA LC Q

+
分子 #22: CAC-i

分子名称: CAC-i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 23.078553 KDa
配列文字列: ATLVAACVAT ASAFSASPVL LKAGTRSATS GLSGMKMQDM SASVPFLPRP AALDGSMVGD VGFDPLGFTT KYDIKWLRES ELKHGRVCM LASLGCIVQE IVHLPFEATS NPVASEAFFQ VPAGGLWQIF AGIGIVEHFS NNFKMSGSTM FSEGRAPGNL G FDPLNFGK ...文字列:
ATLVAACVAT ASAFSASPVL LKAGTRSATS GLSGMKMQDM SASVPFLPRP AALDGSMVGD VGFDPLGFTT KYDIKWLRES ELKHGRVCM LASLGCIVQE IVHLPFEATS NPVASEAFFQ VPAGGLWQIF AGIGIVEHFS NNFKMSGSTM FSEGRAPGNL G FDPLNFGK NPSARARYEL AEIKNGRLAM LGFGGMIHGC FITGKGPIGA LTSMDWHQSF

+
分子 #23: CAC-d

分子名称: CAC-d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 22.391033 KDa
配列文字列: RLSLCAAIVA SASAFAPSGV LPTAPRRAGA VSAMKMQLPT AIPPLGRPET DMFDGSVPGD AGFDPLTISA WLDSRWLREA EIKHCRVAM LAAAGCIAQD IFQFPGAATV YKASTKMTAL HDAAVKAGSM GQMLFWIGFV EAISTAATIQ MLQGSGRAPG D FGFDPLGL ...文字列:
RLSLCAAIVA SASAFAPSGV LPTAPRRAGA VSAMKMQLPT AIPPLGRPET DMFDGSVPGD AGFDPLTISA WLDSRWLREA EIKHCRVAM LAAAGCIAQD IFQFPGAATV YKASTKMTAL HDAAVKAGSM GQMLFWIGFV EAISTAATIQ MLQGSGRAPG D FGFDPLGL GKGPGRARME LSEIKNGRLA MIGFSGMVHH YFITGKGPIE LLTSR

+
分子 #24: CAC-g

分子名称: CAC-g / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 26.979537 KDa
配列文字列: VLVAAVIGYA SAFTAPVLPS THAVGRTNAM SGMRMQAKSK AIPFLDAPPA LSESMPGYVG FDPLWVSSML PDAGYVKFLQ EAEIKHGRV AMLAAAGAIV QDIFTFPGVK SVIGDVKMTS VHDKFLSMEA GSGKGDMAAM HQLLLWLGLL EIATSVAIIQ S FKGETSRG ...文字列:
VLVAAVIGYA SAFTAPVLPS THAVGRTNAM SGMRMQAKSK AIPFLDAPPA LSESMPGYVG FDPLWVSSML PDAGYVKFLQ EAEIKHGRV AMLAAAGAIV QDIFTFPGVK SVIGDVKMTS VHDKFLSMEA GSGKGDMAAM HQLLLWLGLL EIATSVAIIQ S FKGETSRG PGEFGFDPLN FGKGNSAGSD SYKLKEIKNG RLAMIGIGGM VHHYLLTGKG PLQFLGGIPN YKSCVSHPDS LL PWLFKAV GPVLPKIC

+
分子 #25: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 13.318223 KDa
配列文字列:
LRCTVLLLAV ASASAFVSGP ATLALRSNTR AAISRGPQMF SPVPSPEGTK ETYWETKAPS SDVLGIGAGV SSGNFAAASV FAALVGGYC TGQVIPLTVE PNPLFLAGSF LLPYSWALHV AAWIQKNNGK

+
分子 #26: CAC-n

分子名称: CAC-n / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
分子量理論値: 22.876436 KDa
配列文字列: RSVAACACLA SAAAFAPSAV LPRAAPRAAA SNAPTMQLWN EGKIQGKGVS VIPLFPRPAS LDGTFPGDQG FDPFGFSSWV NMKFVAEAE IKHCRLAMLA FAGIMVESAG ISFPGATSVL GSSKNIFEIH DKAVASGAMG QILLWVSFFE VVAGVPAMNE M LNGESSRI ...文字列:
RSVAACACLA SAAAFAPSAV LPRAAPRAAA SNAPTMQLWN EGKIQGKGVS VIPLFPRPAS LDGTFPGDQG FDPFGFSSWV NMKFVAEAE IKHCRLAMLA FAGIMVESAG ISFPGATSVL GSSKNIFEIH DKAVASGAMG QILLWVSFFE VVAGVPAMNE M LNGESSRI PGYYAFDPLG QGKGDKMGRM QLSEIQNGRL AMLAVSGIVH HTLITGKGPL G

+
分子 #27: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 253 / : CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #28: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / : PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #29: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 22 / : LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #30: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tet...

分子名称: 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene
タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 29 / : WVN
分子量理論値: 536.873 Da

+
分子 #31: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 4 / : LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #32: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / : SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #33: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / : DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 7 / : LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #35: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 53 / : II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

+
分子 #36: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 12 / : IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

+
分子 #37: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 20 / : KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #38: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / : LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 137 / : HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42423
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る