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- EMDB-37650: SARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein (closed-2 state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37650
タイトルSARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein (closed-2 state)
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Nomai T / Anraku Y / Kita S / Hashiguchi T / Maenaka K
資金援助 日本, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101093 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121037 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR20H8 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JPJSCCA20190008 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05773 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05873 日本
引用
ジャーナル: Microbiol Immunol / 年: 2024
タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 variant.
著者: Shuhei Tsujino / Sayaka Deguchi / Tomo Nomai / Miguel Padilla-Blanco / Arnon Plianchaisuk / Lei Wang / Mst Monira Begum / Keiya Uriu / Keita Mizuma / Naganori Nao / Isshu Kojima / Tomoya ...著者: Shuhei Tsujino / Sayaka Deguchi / Tomo Nomai / Miguel Padilla-Blanco / Arnon Plianchaisuk / Lei Wang / Mst Monira Begum / Keiya Uriu / Keita Mizuma / Naganori Nao / Isshu Kojima / Tomoya Tsubo / Jingshu Li / Yasufumi Matsumura / Miki Nagao / Yoshitaka Oda / Masumi Tsuda / Yuki Anraku / Shunsuke Kita / Hisano Yajima / Kaori Sasaki-Tabata / Ziyi Guo / Alfredo A Hinay / Kumiko Yoshimatsu / Yuki Yamamoto / Tetsuharu Nagamoto / Hiroyuki Asakura / Mami Nagashima / Kenji Sadamasu / Kazuhisa Yoshimura / Hesham Nasser / Michael Jonathan / Olivia Putri / Yoonjin Kim / Luo Chen / Rigel Suzuki / Tomokazu Tamura / Katsumi Maenaka / Takashi Irie / Keita Matsuno / Shinya Tanaka / Jumpei Ito / Terumasa Ikeda / Kazuo Takayama / Jiri Zahradnik / Takao Hashiguchi / Takasuke Fukuhara / Kei Sato / /
要旨: In middle to late 2023, a sublineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron XBB, EG.5.1 (a progeny of XBB.1.9.2), is spreading rapidly around the world. We performed ...In middle to late 2023, a sublineage of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Omicron XBB, EG.5.1 (a progeny of XBB.1.9.2), is spreading rapidly around the world. We performed multiscale investigations, including phylogenetic analysis, epidemic dynamics modeling, infection experiments using pseudoviruses, clinical isolates, and recombinant viruses in cell cultures and experimental animals, and the use of human sera and antiviral compounds, to reveal the virological features of the newly emerging EG.5.1 variant. Our phylogenetic analysis and epidemic dynamics modeling suggested that two hallmark substitutions of EG.5.1, S:F456L and ORF9b:I5T are critical to its increased viral fitness. Experimental investigations on the growth kinetics, sensitivity to clinically available antivirals, fusogenicity, and pathogenicity of EG.5.1 suggested that the virological features of EG.5.1 are comparable to those of XBB.1.5. However, cryo-electron microscopy revealed structural differences between the spike proteins of EG.5.1 and XBB.1.5. We further assessed the impact of ORF9b:I5T on viral features, but it was almost negligible in our experimental setup. Our multiscale investigations provide knowledge for understanding the evolutionary traits of newly emerging pathogenic viruses, including EG.5.1, in the human population.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 variant
著者: Nomai T / Anraku Y / Kita S / Hashiguchi T / Maenaka K
履歴
登録2023年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37650.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37650.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 384 pix.
= 385.92 Å		1.01 Å/pix.
x 384 pix.
= 385.92 Å		1.01 Å/pix.
x 384 pix.
= 385.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.005 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.059
最小 - 最大-0.38174048 - 0.8468601
平均 (標準偏差)-0.00030615693 (±0.016180925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 385.91998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_37650_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_37650_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_37650_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_37650_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein

全体名称: SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein
要素
  • 複合体: SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein

超分子名称: SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 140 KDa

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 138.062094 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LLMGCVAETG SSQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTHDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPAL PFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLDV YQKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ ...文字列:
LLMGCVAETG SSQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTHDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPAL PFNDGVYFA STEKSNIIRG WIFGTTLDSK TQSLLIVNNA TNVVIKVCEF QFCNDPFLDV YQKNNKSWME SEFRVYSSAN N CTFEYVSQ PFLMDLEGKE GNFKNLREFV FKNIDGYFKI YSKHTPINLE RDLPQGFSAL EPLVDLPIGI NITRFQTLLA LH RSYLTPV DSSSGWTAGA AAYYVGYLQP RTFLLKYNEN GTITDAVDCA LDPLSETKCT LKSFTVEKGI YQTSNFRVQP TES IVRFPN ITNLCPFHEV FNATTFASVY AWNRKRISNC VADYSVIYNF APFFAFKCYG VSPTKLNDLC FTNVYADSFV IRGN EVSQI APGQTGNIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNK LDSKPSGNYN YLYRLLRKSK LKPFERDIST EIYQAGNKPC NGVAG PNCY SPLQSYGFRP TYGVGHQPYR VVVLSFELLH APATVCGPKK STNLVKNKCV NFNFNGLTGT GVLTESNKKF LPFQQF GRD IADTTDAVRD PQTLEILDIT PCSFGGVSVI TPGTNTSNQV AVLYQGVNCT EVPVAIHADQ LTPTWRVYST GSNVFQT RA GCLIGAEYVN NSYECDIPIG AGICASYQTQ TKSHGSAGSV ASQSIIAYTM SLGAENSVAY SNNSIAIPTN FTISVTTE I LPVSMTKTSV DCTMYICGDS TECSNLLLQY GSFCTQLKRA LTGIAVEQDK NTQEVFAQVK QIYKTPPIKY FGGFNFSQI LPDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPAL QIPFPMQMAY RFNGIGVTQN VLYENQKLIA NQFNSAIGKI QDSLSSTPSA LGKLQDVVNH NAQALNTLVK Q LSSKFGAI SSVLNDILSR LDPPEAEVQI DRLITGRLQS LQTYVTQQLI RAAEIRASAN LAATKMSECV LGQSKRVDFC GK GYHLMSF PQSAPHGVVF LHVTYVPAQE KNFTTAPAIC HDGKAHFPRE GVFVSNGTHW FVTQRNFYEP QIITTDNTFV SGN CDVVIG IVNNTVYDPL QPELDSFKEE LDKYFKNHTS PDVDLGDISG INASVVNIQK EIDRLNEVAK NLNESLIDLQ ELGK YEQYI ASSGYIPEAP RDGQAYVRKD GEWVLLSTFL EGTKHHHHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 11 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: calcium- and magnesium-free PBS buffer.
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 3240 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.054 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 899573
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 43647
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8iot


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8wmd:
Structure of the SARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein (closed-2 state)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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